dialign2-2 – Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

dialign2-2 – Mehrfachausrichtungsprogramm mit dem Segment-zu-Segment-Ansatz

ZUSAMMENFASSUNG

dialign2-2 [Optionen] [seq_file]

seq_file ist der Name der Eingabesequenzdatei; Dies muss eine mehrfache FASTA-Datei sein (all
Sequenzen in einer Datei).

BESCHREIBUNG

dialign2-2 ist ein Programm, das Alignments aus lückenlosen Paaren ähnlicher Segmente erstellt
der Sequenzen. Wenn (möglicherweise) kodierende Nukleinsäuresequenzen ausgerichtet werden sollen, DIALIGN
Übersetzt optional die verglichenen „Nukleinsäuresegmente“ in „Peptidsegmente“.
zum genetischen Code – ohne einen der drei möglichen Leserahmen vorauszusetzen, also
Alle Leserahmenkombinationen werden auf signifikante Ähnlichkeit überprüft.

Standardmäßig erstellt DIALIGN eine einzelne Datei mit

· Eine Ausrichtung der Eingabesequenzen im DIALIGN-Format.

· Die gleiche Ausrichtung im FASTA-Format.

· Ein Sequenzbaum im PHYLIP-Format. Dieser Baum wird durch Anwendung des UPGMA erstellt
Clustering-Methode zu den DIALIGN-Ähnlichkeitswerten. Es spiegelt in etwa den Unterschied wider
Ähnlichkeitsgrade zwischen Sequenzen. Für eine detaillierte phylogenetische Analyse bieten wir
empfehlen die üblichen Methoden zur phylogenetischen Rekonstruktion.

Das Format der Ausgabedateien ist dokumentiert in /usr/share/doc/dialign/USER_GUIDE.gzdem „Vermischten Geschmack“. Seine
Optional sind die Ausgabeformate FASTA, CLUSTALW und MSF verfügbar (siehe OPTIONEN).

OPTIONAL

-afc
Erstellt eine zusätzliche Ausgabedatei „*.afc“, die Daten aller berücksichtigten Fragmente enthält
Ausrichtung. ACHTUNG: Diese Datei kann RIESIG sein!

-afc_v
Mögen "-afc" aber ausführlich: Fragmente werden explizit gedruckt. WARNUNG: Diese Datei kann sein
NOCH GRÖSSER!

-anc
Verankerte Ausrichtung. Erfordert eine Datei seq_file.anc mit Ankerpunkten.

-cs
Wenn Segmente übersetzt werden, wird nicht nur der „Watson-Strang“, sondern auch der „Crick-Strang“ übersetzt
wird angeschaut.

CW
Zusätzliche Ausgabedatei im CLUSTAL W-Format.

-ds
„Beschleunigung der DNA-Ausrichtung“. Berücksichtigt werden nichttranslatierte Nukleinsäurefragmente
nur, wenn sie mit mindestens zwei Spielen beginnen. Beschleunigt die DNA-Ausrichtung auf Kosten
der Sensibilität.

-Fa
Zusätzliche Ausgabedatei im FASTA-Format.

-ff
Erstellt eine Datei *.BRD enthält Informationen über alle Fragmente, die Teil der sind
jeweilige optimale paarweise Ausrichtungen sowie Informationen zur Konsistenz in der
Mehrfachausrichtung.

-fn out_file
Ausgabedateien werden benannt out_file.extension.

-Geck
Erstellt eine Datei *.Geck Enthält die Koordinaten aller Fragmente, die Teil der sind
jeweiligen paarweisen Ausrichtungen.

-fsm
Erstellt eine Datei *.fsm Enthält die Koordinaten aller Fragmente, die Teil des Finales sind
Ausrichtung

-NS
Überlappungsgewichte ausgeschaltet (standardmäßig werden Überlappungsgewichte bis zu 35 verwendet
Sequenzen sind ausgerichtet). Diese Option beschleunigt die Ausrichtung, kann jedoch zu einer Reduzierung führen
Ausrichtungsqualität.

-lgs
„Lange genomische Sequenzen“ – kombiniert die folgenden Optionen: -meine, -thr 2, -lmax 30,
-smin 8, -nta, -ff, -Geck, -ff, -cs, -ds, -PST.

-lgs_t
Mögen "-lgs", wobei jedoch alle Segmentpaare auf Peptidebene bewertet werden (statt
´gemischte Ausrichtungen´ wie bei der Option „-lgs“). Daher schneller als -lgs, aber nicht sehr
empfindlich für nicht-kodierende Regionen.

-lmax x
Maximale Fragmentlänge = x (Standard: x = 40 oder x = 120 für „übersetzte“ Fragmente).
Kürzere x beschleunigt das Programm, kann jedoch die Ausrichtungsqualität beeinträchtigen.

es
(Lange Ausgabe) Zusätzliche Datei * .log mit Informationen zu ausgewählten Fragmenten
paarweise Ausrichtung und über Konsistenz bei der Mehrfachausrichtung.

-meine
„gemischte Alignments“, bestehend aus P-Fragmenten und N-Fragmenten von Nukleinsäuresequenzen
Sind ausgerichtet.

-Maske
Reste, die nicht zu ausgewählten Fragmenten gehören, werden in der Ausgabe durch „*“-Zeichen ersetzt
Ausrichtung (anstatt in Kleinbuchstaben gedruckt zu werden)

-Matte
Erstellt eine Datei *Matte mit Substitutionszahlen, die aus den Fragmenten abgeleitet wurden
zur Ausrichtung ausgewählt.

-mat_thr t
Wie „-mat“, aber nur Fragmente mit der Gewichtung > t gelten als.

-max_link
„Maximum Linkage“-Clustering zur Erstellung des Sequenzbaums (anstelle von UPGMA).

-min_link
Clustering mit „minimaler Verknüpfung“ wird verwendet.

-mot
Option „Motiv“.

-msf
Separate Ausgabedatei im MSF-Format.

-n
Eingabesequenzen sind Nukleinsäuresequenzen. Keine Übersetzung von Fragmenten.

-nt
Eingabesequenzen sind Nukleinsäuresequenzen und „Nukleinsäuresegmente“ werden übersetzt
zu „Peptidsegmenten“.

-nta
„Keine Textausrichtung“. Textausrichtung unterdrückt. Diese Option ist ggf. sinnvoll
Ausgabedateien sind von Interesse – z. B. die mit erstellten Fragmentdateien -ff, -Geck, -fsm or
es.

-o
Schnelle Version, resultierende Ausrichtungen können leicht abweichen.

-au
Überlappungsgewichte erzwungen (Standardmäßig werden Überlappungsgewichte nur verwendet, wenn bis zu 35
Sequenzen werden ausgerichtet, da die Berechnung von Überlappungsgewichten zeitaufwändig ist. Warnung:
Überlappungsgewichte verbessern im Allgemeinen die Ausrichtungsqualität, aber die Laufzeit erhöht sich
die Ordnung O(n^4) mit der Anzahl der Folgen. Aus diesem Grund kommt es standardmäßig zu Überschneidungen
Gewichte werden nur für Sequenzsätze mit < 36 Sequenzen verwendet.

-PST
„Druckstatus“. Erstellt und aktualisiert eine Datei *.sta mit Informationen zum aktuellen Stand
Status des Programmlaufs. Diese Option wird empfohlen, wenn große Datensätze abgeglichen werden
da es dem Benutzer ermöglicht, die verbleibende Laufzeit abzuschätzen.

-smin x
Minimaler Ähnlichkeitswert für das erste Restpaar (oder Codonpaar) in Fragmenten. Geschwindigkeiten
Protein-Alignment oder Alignment translatierter DNA-Fragmente auf Kosten von
Empfindlichkeit.

-Sterne x
Maximale Anzahl von „*“-Zeichen, die den Grad der lokalen Ähnlichkeit angeben
Sequenzen. Standardmäßig werden keine Sterne, sondern Zahlen zwischen 0 und 9 verwendet.

-stdo
Ergebnisse werden in die Standardausgabe geschrieben.

- das
Standardmäßige Textausrichtung wird gedruckt (überschreibt die Unterdrückung von Textausrichtungen in
spezielle Optionen, z. B. -lgs).

-thr x
Schwelle T = x.

-xfr
„Fragmente ausschließen“. Es kann eine Liste von Fragmenten angegeben werden, die NICHT berücksichtigt werden
paarweise Ausrichtung.

Allgemeiner Hinweis: Wenn widersprüchliche Optionen verwendet werden, überschreiben nachfolgende Optionen die vorherigen
diejenigen, zB: dialign2-2 -nt -n seq_file führt das Programm mit der Option „-n“ aus (Nr
Übersetzung!), während dialign2-2 -n -nt seq_file führt es mit der Option „-nt“ aus
(Übersetzung!).

Nutzen Sie dialign2-2 online über die Dienste von onworks.net