Dies ist der Befehl diffseqe, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
diffseq – Merkmale zweier ähnlicher Sequenzen vergleichen und melden
ZUSAMMENFASSUNG
diffseq -eine Sequenz Reihenfolge -bfolge Reihenfolge -Wortgröße ganze Zahl
[-Globale Unterschiede boolean] -outfile berichten -aoutfeat Leistung -boutfeat Leistung
diffseq -Hilfe
BESCHREIBUNG
diffseq ist ein Kommandozeilenprogramm von EMBOSS („the European Molecular Biology Open
Software-Suite“). Es ist Teil der Befehlsgruppe(n) „Ausrichtung:Unterschiede“.
OPTIONAL
zufuhr Abschnitt
-eine Sequenz Reihenfolge
-bfolge Reihenfolge
Erforderlich Abschnitt
-Wortgröße ganze Zahl
Die ähnlichen Bereiche zwischen den beiden Sequenzen werden durch Erstellen einer Hash-Tabelle gefunden
'wordsize'd Teilsequenzen. 10 ist ein angemessener Standardwert. Diesen Wert vergrößern (20?)
kann das Programm etwas beschleunigen, bedeutet aber, dass zwei beliebige Unterschiede darin bestehen
„Wortgröße“ voneinander werden als ein einziger Differenzbereich gruppiert. Dieser Wert
kann kleiner gemacht werden (4?), um die Auflösung nahegelegener Unterschiede zu verbessern, aber die
Das Programm wird viel langsamer laufen. Standardwert: 10
Zusätzliche Abschnitt
-Globale Unterschiede boolean
Normalerweise findet dieses Programm Identitätsbereiche, die der Länge von entsprechen
die angegebene Wortgröße oder größer und meldet dann die Unterschiede zwischen den Bereichen
diese passenden Regionen. Das funktioniert gut und ist das, was die meisten Menschen wollen, wenn sie es wollen
Arbeiten mit langen überlappenden Nukleinsäuresequenzen. Normalerweise hat man kein Interesse
in den nicht überlappenden Enden dieser Sequenzen. Wenn Sie Proteinsequenzen oder Kurzschlüsse haben
Bei RNA-Sequenzen werden Sie jedoch an den Unterschieden ganz am Ende interessiert sein. Es
Wenn diese Option auf „true“ gesetzt ist, werden auch die Unterschiede an den Enden gemeldet.
Standardwert: N
Output Abschnitt
-outfile berichten
-aoutfeat Leistung
Datei zur Ausgabe der Merkmale der ersten Sequenz. Standardwert: $(asequence.name).diffgff
-boutfeat Leistung
Datei zur Ausgabe der Features der zweiten Sequenz. Standardwert: $(bsequence.name).diffgff
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