Dies ist der Befehl domainseqse, der im kostenlosen OnWorks-Hosting-Provider mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, Windows-Online-Emulator oder MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
domainseqs - Fügt Sequenzdatensätze zu einer DCF-Datei hinzu.
ZUSAMMENFASSUNG
Domainseqs -dcfindatei im Ordner -dpdbdir Verzeichnis -Getswiss Umschalten -pdbtospfile im Ordner
-Datendatei Matrixf -gapopen schweben -gaapextend schweben -dcfoutfile Outfile
-Logdatei Outfile
Domainseqs -Hilfe
BESCHREIBUNG
Domainseqs ist ein Kommandozeilenprogramm von EMBOSS („the European Molecular Biology Open
Software-Suite“). Es ist Teil der Befehlsgruppe(n) "Utils:Datenbankerstellung".
OPTIONAL
zufuhr Abschnitt
-dcfindatei im Ordner
Diese Option gibt den Namen der DCF-Datei (Domänenklassifizierungsdatei) (Eingabe) an. EIN
'Domain-Klassifizierungsdatei' enthält Klassifizierungs- und andere Daten für Domains von
SCOP oder CATH, im DCF-Format (EMBL-ähnlich). Die Dateien werden mit SCOPPARSE . generiert
und KATHPARE. Informationen zur Domänensequenz können der Datei mithilfe von . hinzugefügt werden
DOMAINSENQS.
-dpdbdir Verzeichnis
Diese Option gibt den Speicherort der Domänen-CCF-Datei (saubere Koordinatendateien) an.
(Eingang). Eine 'saubere Koordinatendatei' enthält Koordinaten- und andere Daten für eine einzelne PDB
Datei oder eine einzelne Domäne von SCOP oder CATH, im CCF-Format (EMBL-ähnlich). Die Dateien,
generiert mit PDBPARSE (PDB-Dateien) oder DOMAINER (Domains), enthalten 'bereinigt'
Daten, die in sich konsistent und fehlerkorrigiert sind. Aufzeichnungen für Lösungsmittelrückstände
Zugänglichkeit und Sekundärstruktur werden der Datei mithilfe von PDBPLUS hinzugefügt. Standard
Wert: ./
-Getswiss Umschalten
Standardwert: N
-pdbtospfile im Ordner
Diese Option gibt den Namen des pdbcodes für die Indexdatei von swissprot an. Die
swissprot:PDB-Äquivalenzdatei wird von PDBTOSP generiert
-Datendatei Matrixf
Diese Option gibt die Restsubstitutionsmatrix an, die für Sequenzen verwendet wird
Vergleich. Standardwert: EBLOSUM62
Erforderlich Abschnitt
Zusätzliche Abschnitt
-gapopen schweben
Diese Option gibt die Lückeneinfügungsstrafe an. Dies ist die Punktzahl, die weggenommen wird, wenn a
Lücke entsteht. Der beste Wert hängt von der Wahl der Vergleichsmatrix ab. Der Standard
Wert geht davon aus, dass Sie die EBLOSUM62-Matrix für Proteinsequenzen verwenden, und die
EDNAFULL-Matrix für Nukleotidsequenzen. Standardwert: 10
-gaapextend schweben
Diese Option gibt die Lückenerweiterungsstrafe an. Dies wird zur Standardlücke hinzugefügt
Strafe für jede Base oder jeden Rückstand in der Lücke. So lange werden Lücken bestraft.
Normalerweise erwarten Sie eher ein paar lange Lücken als viele kurze Lücken, also die Lücke
Erweiterungsstrafe sollte niedriger sein als die Lückenstrafe. Standardwert: 0.5
Output Abschnitt
-dcfoutfile Outfile
Diese Option gibt den Namen der DCF-Datei (Domänenklassifizierungsdatei) (Ausgabe) an. EIN
'Domain-Klassifizierungsdatei' enthält Klassifizierungs- und andere Daten für Domains von
SCOP oder CATH, im DCF-Format (EMBL-ähnlich). Die Dateien werden mit SCOPPARSE . generiert
und KATHPARE. Informationen zur Domänensequenz können der Datei mithilfe von . hinzugefügt werden
DOMAINSENQS. Standardwert: domainseqs.out
-Logdatei Outfile
Diese Option gibt den Namen der Protokolldatei für den Build an. Die Protokolldatei enthält
Meldungen über Fehler, die während der Ausführung von domainseqs aufgetreten sind. Standardwert: domainseqs.log
Verwenden Sie domainseqse online mit den onworks.net-Diensten
