Dies ist der Befehl dsr2xml, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
dsr2xml – DICOM SR-Datei und Datensatz in XML konvertieren
ZUSAMMENFASSUNG
dsr2xml [Optionen] dsrfile-in [xmlfile-out]
BESCHREIBUNG
Die dsr2xml Das Dienstprogramm konvertiert den Inhalt eines DICOM Structured Reporting (SR)-Dokuments
(Dateiformat oder Rohdatensatz) in XML (Extensible Markup Language). Das XML-Schema
dsr2xml.xsd folgt noch keinem Standardformat. Allerdings ist die dsr2xml Anwendung
könnte in Zukunft in diesem Aspekt verbessert werden (z. B. durch die Unterstützung von HL7/CDA – Clinical).
Dokumentarchitektur).
If dsr2xml liest einen Rohdatensatz (DICOM-Daten ohne Dateiformat-Metaheader) wird es
Versuchen Sie, die Übertragungssyntax zu erraten, indem Sie die ersten paar Bytes der Datei untersuchen. es ist
Es ist nicht immer möglich, die Übertragungssyntax richtig zu erraten und es ist besser, a . umzuwandeln
Datensatz nach Möglichkeit in ein Dateiformat (mithilfe der dcmconv Dienstprogramm). Es ist auch
möglich, die zu verwenden -f und -t[ieb] Optionen zu erzwingen dsr2xml einen Datensatz mit a . lesen
besondere Übertragungssyntax.
PARAMETER
dsrfile-in DICOM SR-Eingabedateiname, der konvertiert werden soll
xmlfile-out XML-Ausgabedateiname (Standard: stdout)
OPTIONAL
General Optionen
-h - Hilfe
Diesen Hilfetext drucken und beenden
--Version
Versionsinformationen drucken und beenden
--Argumente
drucke erweiterte Befehlszeilenargumente
-q --leise
Ruhemodus, keine Warnungen und Fehler drucken
-v --verbose
ausführlicher Modus, Verarbeitungsdetails drucken
-d --debug
Debug-Modus, Debug-Informationen drucken
-ll --log-level [l]evel: Stringkonstante
(fatal, Fehler, Warnung, Info, Debug, Trace)
Verwenden Sie Level l für den Logger
-lc --log-config [Dateiname: Zeichenfolge
Verwenden Sie die Konfigurationsdatei f für den Logger
Varianten des Eingangssignals: Optionen
Eingabedateiformat:
+f --Datei lesen
Dateiformat oder Datensatz lesen (Standard)
+fo --Datei-nur-lesen
Nur Dateiformat lesen
-f --read-dataset
Datensatz ohne Datei-Metainformationen lesen
Syntax der Eingabeübertragung:
-t= --read-xfer-auto
TS-Erkennung verwenden (Standard)
-td --read-xfer-detect
TS ignorieren, die im Datei-Meta-Header angegeben sind
-te --read-xfer-little
mit explizitem VR Little Endian TS lesen
-tb --read-xfer-big
mit explizitem VR Big Endian TS lesen
-ti --read-xfer-implizit
mit implizitem VR Little Endian TS lesen
Verarbeitung Optionen
Fehlerbehandlung:
-Er --unbekannte-Beziehung
Akzeptiere unbekannten/fehlenden Beziehungstyp
-Ev --invalid-item-value
Akzeptieren Sie einen ungültigen Inhaltselementwert
(zB Verletzung der VR- oder VM-Definition)
-Ec --ignore-constraints
Inhaltsbeschränkungen von Beziehungen ignorieren
-Ee --ignore-item-errors
bei Inhaltselementfehlern nicht abbrechen, nur warnen
(zB fehlende wertetypspezifische Attribute)
-Ei --skip-invalid-items
Überspringen ungültiger Inhaltselemente (einschließlich Unterbaum)
-Dv --disable-vr-checker
Prüfung auf VR-konforme Stringwerte deaktivieren
spezifischer Zeichensatz:
+Cr --charset-require
Deklaration des erweiterten Zeichensatzes erforderlich (Standard)
+Ca --charset-assume [c]harset: Zeichenkette
Nehmen Sie Zeichensatz c an, wenn kein erweiterter Zeichensatz deklariert ist
+Cc --charset-check-all
Überprüfen Sie alle Datenelemente mit Stringwerten
(Standard: nur PN, LO, LT, SH, ST und UT)
# diese Option wird nur für die Zuordnung zu einem geeigneten verwendet
# XML-Zeichenkodierung, jedoch nicht für die Konvertierung nach UTF-8
+U8 --convert-to-utf8
alle betroffenen Elementwerte konvertieren
nach spezifischem Zeichensatz (0008,0005) zu UTF-8
# erfordert Unterstützung durch das libiconv-Toolkit
Möglichkeiten für das Ausgangssignal: Optionen
Codierung:
+Ea --attr-all
kodieren Sie alles als XML-Attribut
(Abkürzung für +Ec, +Er, +Ev und +Et)
+Ec --attr-code
Kodierungscodewert, Kodierungsschemabezeichner
und Codierungsschemaversion als XML-Attribut
+Er --attr-relationship
Beziehungstyp als XML-Attribut kodieren
+Ev --attr-value-type
Werttyp als XML-Attribut kodieren
+Et --attr-template-id
Codieren Sie die Vorlagen-ID als XML-Attribut
+Ee --template-envelope
Das Vorlagenelement umschließt Inhaltselemente
(erfordert +Wt, impliziert +Et)
XML-Struktur:
+Xs --add-schema-reference
Verweis auf XML-Schema „dsr2xml.xsd“ hinzufügen
(nicht mit +Ea, +Ec, +Er, +Ev, +Et, +Ee, +We)
+Xn --use-xml-namespace
Fügen Sie eine XML-Namespace-Deklaration zum Stammelement hinzu
Schreiben:
+Wir --write-empty-tags
Schreiben Sie alle Tags, auch wenn ihr Wert leer ist
+Wi --write-item-id
Schreiben Sie immer die Artikelkennung
+Wt --write-template-id
Schreiben Sie Vorlagenidentifikationsinformationen
ANMERKUNG
DICOM Konformität
Die dsr2xml Dienstprogramm unterstützt die folgenden SOP-Klassen:
BrillenVerschreibungsberichtSpeicher 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.78.6
MacularGridThicknessAndVolumeReportStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.79.1
BasicTextSRSpeicher 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.11
EnhancedSRStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.22
Umfassender SRSpeicher 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.33
Umfassender3DSRS-Speicher 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.34
ProzedurLogStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.40
MammographieCADSRSpeicher 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.50
KeyObjectSelectionDocumentStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.59
ChestCADSRSpeicher 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.65
RöntgenStrahlungsdosisSRSSpeicherung 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.67
RadiopharmazeutikStrahlendosisSRSLagerung 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.68
ColonCADSRSpeicher 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.69
ImplantationsplanSRDocumentLagerung 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.70
Bitte beachten Sie, dass derzeit nur obligatorische und einige optionale Attribute unterstützt werden.
Charakter Codierung
Die XML-Kodierung wird automatisch aus dem DICOM-Attribut (0008,0005) ermittelt.
'Spezifischer Zeichensatz' mit der folgenden Zuordnung:
ASCII (ISO_IR 6) => „UTF-8“
UTF-8 "ISO_IR 192" => "UTF-8"
ISO Latin 1 "ISO_IR 100" => "ISO-8859-1"
ISO Latin 2 "ISO_IR 101" => "ISO-8859-2"
ISO Latin 3 "ISO_IR 109" => "ISO-8859-3"
ISO Latin 4 "ISO_IR 110" => "ISO-8859-4"
ISO Latin 5 "ISO_IR 148" => "ISO-8859-9"
Kyrillisch "ISO_IR 144" => "ISO-8859-5"
Arabisch "ISO_IR 127" => "ISO-8859-6"
Griechisch "ISO_IR 126" => "ISO-8859-7"
Hebräisch "ISO_IR 138" => "ISO-8859-8"
Wenn dieses DICOM-Attribut in der Eingabedatei fehlt, obwohl es erforderlich ist, Option --Zeichensatz-
annehmen kann verwendet werden, um einen geeigneten Zeichensatz manuell anzugeben (mit einem der
DICOM-definierte Begriffe).
Mehrere Zeichensätze werden nicht unterstützt (nur der erste Attributwert wird gemappt in
bei Wertmultiplizität). Bei Bedarf, Option --convert-to-utf8 kann zum Konvertieren verwendet werden
Die DICOM-Datei oder der Datensatz wird vor der Konvertierung in das XML-Format in die UTF-8-Kodierung umgewandelt.
ERROR HANDHABUNG
Bitte seien Sie vorsichtig mit den Verarbeitungsmöglichkeiten --unknown-relationship, --invalid-item-
Wert, --ignore-constraints, --ignore-item-errors und --skip-invalid-items seit sie
Deaktivieren Sie bestimmte Validierungsprüfungen für die DICOM SR-Eingabedatei und führen Sie daher möglicherweise dazu
in nicht standardkonformer Ausgabe. Es kann jedoch Gründe für die Verwendung eines oder mehrerer geben
dieser Möglichkeiten, z. B. um ein fehlerhaft kodiertes SR-Dokument zu lesen und zu verarbeiten.
Einschränkungen
Das XML-Schema dsr2xml.xsd unterstützt nicht alle Variationen von dsr2xml Ausgabeformat.
Allerdings ist das Standardausgabeformat (plus Option --use-xml-namespace) sollte arbeiten.
LOGGING
Der Grad der Protokollausgabe der verschiedenen Befehlszeilentools und zugrunde liegenden Bibliotheken kann
vom Benutzer angegeben werden. Standardmäßig werden nur Fehler und Warnungen in den Standard geschrieben
Fehlerstrom. Option verwenden - ausführlich auch Informationsnachrichten wie Verarbeitungsdetails
sind gemeldet. Möglichkeit --debuggen kann verwendet werden, um mehr Details über die interne Aktivität zu erfahren,
zB für Debugging-Zwecke. Andere Protokollierungsebenen können mit Option ausgewählt werden --Protokoll-
Grad des . in --ruhig Modus werden nur schwerwiegende Fehler gemeldet. Bei solchen sehr schwerwiegenden Fehlerereignissen
die Anwendung wird normalerweise beendet. Weitere Informationen zu den verschiedenen Protokollierungsebenen finden Sie unter
siehe Dokumentation des Moduls 'oflog'.
Falls die Logging-Ausgabe in eine Datei geschrieben werden soll (optional mit Logfile-Rotation),
in Syslog (Unix) oder die Option Ereignisprotokoll (Windows) --log-config kann verwendet werden. Dies
Konfigurationsdatei ermöglicht es auch, nur bestimmte Nachrichten an einen bestimmten Ausgang zu leiten
Stream und zum Filtern bestimmter Nachrichten basierend auf dem Modul oder der Anwendung, in der sie
sind generiert. Eine Beispielkonfigurationsdatei finden Sie in /logger.cfg.
COMMAND LINE
Alle Befehlszeilentools verwenden die folgende Notation für Parameter: eckige Klammern umschließen
optionale Werte (0-1), drei nachgestellte Punkte zeigen an, dass mehrere Werte zulässig sind
(1-n), eine Kombination aus beiden bedeutet 0 bis n Werte.
Befehlszeilenoptionen werden von Parametern durch ein führendes '+' oder '-' Zeichen unterschieden.
bzw. Normalerweise sind Reihenfolge und Position von Befehlszeilenoptionen willkürlich (dh sie
kann überall erscheinen). Wenn sich die Optionen jedoch gegenseitig ausschließen, ist das Erscheinungsbild ganz rechts
wird genutzt. Dieses Verhalten entspricht den Standard-Auswertungsregeln gängiger Unix-Shells.
Darüber hinaus können eine oder mehrere Befehlsdateien mit einem '@'-Zeichen als Präfix für . angegeben werden
der Dateiname (zB @command.txt). Ein solches Befehlsargument wird durch den Inhalt von . ersetzt
die entsprechende Textdatei (mehrere Leerzeichen werden als einzelnes Trennzeichen behandelt, es sei denn
sie stehen zwischen zwei Anführungszeichen) vor jeder weiteren Auswertung. Bitte beachte, dass
Eine Befehlsdatei kann keine andere Befehlsdatei enthalten. Dieser einfache, aber effektive Ansatz
erlaubt es, gängige Kombinationen von Optionen/Parametern zusammenzufassen und vermeidet langwierige und
verwirrende Befehlszeilen (ein Beispiel finden Sie in der Datei /dumppat.txt).
Die dsr2xml Dienstprogramm versucht, DICOM-Datenwörterbücher zu laden, die im
DCMDICTPATH Umgebungsvariable. Standardmäßig, dh wenn die DCMDICTPATH variable Umgebung
ist nicht gesetzt, die Datei /dicom.dic wird geladen, es sei denn, das Wörterbuch ist erstellt
in die Anwendung (Standard für Windows).
Das Standardverhalten sollte bevorzugt werden und die DCMDICTPATH Nur Umgebungsvariable
verwendet, wenn alternative Datenwörterbücher benötigt werden. Die DCMDICTPATH variable Umgebung
hat das gleiche Format wie die Unix-Shell PATH variabel, indem ein Doppelpunkt (':') trennt
Einträge. Auf Windows-Systemen wird ein Semikolon (';') als Trennzeichen verwendet. Das Datenwörterbuch
Der Code versucht, jede in der Datei angegebene Datei zu laden DCMDICTPATH Umgebungsvariable. Es
ist ein Fehler, wenn kein Data Dictionary geladen werden kann.
Verwenden Sie dsr2xml online über die Dienste von onworks.net
