e-PCR – Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

e-PCR – Finden Sie STS (Sequence Tagged Sites) in DNA-Sequenzen

ZUSAMMENFASSUNG

e-PCR [-hV] [posix-optionen] stsfile [fasta ...] [Kompatibilitätsoptionen]

BESCHREIBUNG

Das Programm ersetzt möglicherweise die Position von Paarprimern im Genom
ein PCR-Produkt ergeben.

OPTIONAL

Posix-Optionen sind:

-m=## Marge (Standard 50)

-w=## Wortgröße (Standard 7)

-n=## Maximal zulässige Abweichungen (Standard: 0)

-g=## Maximal zulässige Indels (Standard: 0)

-f=## Verwenden Sie ## nicht zusammenhängende Wörter, langsam, wenn ##>1

-o=## Ausgabedatei festlegen

-t=## Ausgabeformat festlegen:

1 - klassisch, Bereich (pos1..pos2)

2 – klassisch, Mittelpunkt

3 - tabellarisch

4 – tabellarisch mit Ausrichtung in Kommentaren (langsam)

-d=##-## Standardgrößenbereich festlegen (Standard 100–350)

-p=+- Schalten Sie die Nachbearbeitung von Treffern ein/aus

-v=## Ausführlichkeitsflags

-a=a|f Vorgrößenausrichtungen verwenden (nur wenn Lücken > 0), langsam

a – Immer oder f – als Fallback

-x=+- 5'-Ende-Kleinbuchstabenmaskierung von Primern verwenden (Standard -)

-u=+- Alle Primer in Großbuchstaben schreiben (Standard -)

Kompatible Optionen (doppelte Posix-Optionen) sind

M=## Marge (Standard 50)

W=## Wortgröße (Standard 7)

N=## Anzahl der zulässigen Nichtübereinstimmungen (Standard 0)

G=## Maximal zulässige Indels (Standard: 0)

F=## Verwenden Sie ## diskontinuierliche Wörter

O=## Ausgabedatei auf ## setzen

T=## Ausgabeformat einstellen (1..3)

D=##-## Legen Sie den Standardgrößenbereich fest

P=+- Nachbearbeitungstreffer ein/aus

V=## Ausführlichkeitsflags

A=a|f Vorgrößenausrichtungen verwenden (nur wenn Lücken > 0), langsam

a – Immer oder f – als Fallback

X=+- 5'-Ende-Kleinbuchstabenmaskierung von Primern verwenden (Standard -)

U=+- Alle Primer in Großbuchstaben schreiben (Standard -)

-Mitte Identisch mit T=2

Für Informationen zu weiteren Möglichkeiten rufen Sie einfach an e-PCR ohne Optionen.

Nutzen Sie e-PCR online über die Dienste von onworks.net