Dies ist der Befehl ecoPCR, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
ecoPCR – Suche nach Sequenz- und Taxonomie-Hybriden mit bestimmten Primern
ZUSAMMENFASSUNG
ecoPCR [Optionen] <nucleotidic Muster>
BESCHREIBUNG
ecoPCR ist eine von LECA und Helix-Project entwickelte elektronische PCR-Software. Es hilft
Schätzen Sie die Qualität der Barcode-Primer ein.
OPTIONAL
-a : Salzkonzentration in M für die Tm-Berechnung (Standard 0.05 M)
-c : Bedenken Sie, dass die Datenbanksequenzen [kreisförmig] sind
-d : [D]atabase: um dem erwarteten Format der Datenbank zu entsprechen
muss zuerst von formatiert werden ecoPCRFormat(1) Programm. ecoPCRFormat(1) schafft
drei Dateitypen:
.sdx: enthält die Sequenzen
.tdx: enthält Informationen zur Taxonomie
.rdx: enthält den Taxonomierang
ecoPCR benötigt alle Dateitypen. Daher müssen Sie die Datenbank radikal schreiben
ohne jegliche Verlängerung. Zum Beispiel /ecoPCRDB/gbmam
-D : Behält die angegebene Anzahl von Nukleotiden auf jeder Seite des in silico bei
amplifizierte Sequenzen (einschließlich des amplifizierten DNA-Fragments plus der beiden Zielsequenzen).
Sequenzen der Primer).
-e : [E]rror: Maximal zulässige Fehler durch Oligonukleotid (standardmäßig 0)
-h : [H]elp - drucken Hilfe
-i : [I]ignoriere die angegebene Taxonomie-ID.
Taxonomie-IDs sind über das Programm ecofind verfügbar. Sehen Sie sich die Hilfe bei der Eingabe von ecofind an
-h um mehr zu erfahren.
-k : [K]ingdom-Modus: Legen Sie den Königreich-Modus fest
Standardmäßig ist der Super-Königreich-Modus aktiviert.
-l : minimale [L]länge: Definieren Sie die minimale Amplifikationslänge.
-L : maximale [L]länge: Definieren Sie die maximale Amplifikationslänge.
-m : Salzkorrekturmethode für die Tm-Berechnung (SANTALUCIA: 1
oder OWCZARZY:2, Standard=1)
-r : [R]schränkt die Suche auf die angegebene taxonomische ID ein.
Taxonomie-IDs sind über das Programm ecofind verfügbar. Sehen Sie sich die Hilfe bei der Eingabe von ecofind an
-h um mehr zu erfahren.
erstes Argument: Oligonukleotid für direkten Strang
zweites Argument: Oligonukleotid für Rückstrang
Beschreibung des Tabellenergebnisses:
Spalte 1: Zugangsnummer
Spalte 2: Sequenzlänge
Spalte 3: taxonomische ID
Spalte 4: Rang
Spalte 5: taxonomische ID der Art
Spalte 6: wissenschaftlicher Name
Spalte 7: taxonomische ID der Gattung
Spalte 8: Gattungsname
Spalte 9: Taxonomische Familien-ID
Spalte 10: Familienname
Spalte 11: Taxonomische ID des Superkönigreichs
Spalte 12: Name des Superkönigreichs
Spalte 13: Strang (direkt oder umgekehrt)
Spalte 14: erstes Oligonukleotid
Spalte 15: Anzahl der Fehler für den ersten Strang
Spalte 16: Tm für die Hybridisierung von Primer 1 an dieser Stelle
Spalte 17: zweites Oligonukleotid
Spalte 18: Anzahl der Fehler für den zweiten Strang
Spalte 19: Tm für die Hybridisierung von Primer 1 an dieser Stelle
Spalte 20: Verstärkungslänge
Spalte 21: Reihenfolge
Spalte 22: Definition
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