Dies ist der Befehl edialigne, der im kostenlosen OnWorks-Hosting-Provider über eine unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, Windows-Online-Emulator oder MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
edialign - Lokales multiples Alignment von Sequenzen
ZUSAMMENFASSUNG
ausrichten -Sequenzen Folgesatz -nucmode Liste -revcomp boolean [-überlappen Auswahl]
[-Verbindung Liste] [-maxfragl ganze Zahl] -fragmat boolean -fragsim ganze Zahl
[-Itscore boolean] [-Schwelle schweben] -Maske boolean -dostars boolean
-starnum ganze Zahl -outfile Outfile -seq Folge
ausrichten -Hilfe
BESCHREIBUNG
ausrichten ist ein Kommandozeilenprogramm von EMBOSS („the European Molecular Biology Open
Software-Suite“). Es ist Teil der Befehlsgruppe(n) "Ausrichtung:Mehrfach".
OPTIONAL
zufuhr Abschnitt
-Sequenzen Folgesatz
Zusätzliche Abschnitt
-nucmode Liste
Nukleinsäuresequenz-Alignment-Modus (einfach, übersetzt oder gemischt) Standardwert: n
-revcomp boolean
Standardwert: N
-überlappen Auswahl
Standardmäßig werden Überlappungsgewichte verwendet, wenn Nseq =<35 ist, aber Sie können dies auf 'ja' oder . setzen
'no' Standardwert: Standard (wenn Nseq =< 35)
-Verbindung Liste
Clustering-Methode zum Aufbau eines Sequenzbaums (UPGMA, minimale Verknüpfung oder maximal
Verknüpfung) Standardwert: UPGMA
-maxfragl ganze Zahl
Standardwert: 40
-fragmat boolean
Standardwert: N
-fragsim ganze Zahl
Standardwert: 4
-Itscore boolean
Standardwert: N
-Schwelle schweben
Standardwert: 0.0
Output Abschnitt
-Maske boolean
Standardwert: N
-dostars boolean
Standardwert: N
-starnum ganze Zahl
Standardwert: 4
-outfile Outfile
-seq Folge
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