Exakt-Tandems – Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

mummer - Paket zum Sequenzabgleich mehrerer Genome

ZUSAMMENFASSUNG

mummer-annotieren
kombinierenMUMs
dnadiff [Optionen]oder [Optionen]-d<deltaDatei>
exakt-tandems
Lücken
Kartenansicht [Optionen]<KoordinatenDatei>[UTRKoordinaten][CDSKoordinaten]
mgaps [-D][-F][-l][-S]
mummer [Optionen]
Mummerplot [Optionen]<ÜbereinstimmungDatei>
Numer [Optionen]
nucmer2xfig
Promer [Optionen]
Wiederholungsspiel [Optionen]
lauf-mummer1 <fastaReferenz><fastaAbfrage>[-R]
lauf-mummer3 <fastaReferenz><Multi-FastaAbfrage>
anzeigen-ausrichten [Optionen]<refID><qryID>

Eingabe ist die .delta-Ausgabe von entweder dem "nucmer"- oder dem "promer"-Programm, das an die
Befehlszeile.

Die Ausgabe erfolgt auf stdout und besteht aus allen Ausrichtungen zwischen der Abfrage und der Referenz
Sequenzen, die in der Befehlszeile identifiziert werden.

HINWEIS: Standardmäßig erfolgt keine Sortierung, daher werden die Ausrichtungen wie in gefunden
das Eingang.
Show-Koordinaten [Optionen]
Show-snps [Optionen]
Show-Fliesen [Optionen]

BESCHREIBUNG

OPTIONAL

Alle Tools (mit Ausnahme von Lücken) gehorchen den Optionen -h, --help, -V und --version wie man es tun würde
erwarten. Diese Hilfe ist hervorragend und macht diese Manpages im Grunde überflüssig.
kombinierenMUMs Kombiniert MUMs in durch Ausweitung von Matches an den Enden und zwischen MUMs.
ist eine Fasta-Datei der Referenzsequenz. ist ein Multi-
fasta-Datei der Sequenzen, die mit der Referenz abgeglichen wurden

-D Nur ausgeben, um die Differenzpositionen zu kompensieren
und Charaktere
-n Erlaube Übereinstimmungen nur zwischen Nukleotiden, dh ACGTs
-N num Break-Matches bei oder mehrere aufeinanderfolgende Nicht-ACGTs
-q-Tag Wird verwendet, um Abfrageübereinstimmung zu kennzeichnen
-r Tag Wird verwendet, um Referenzübereinstimmungen zu kennzeichnen
-S Alle Unterschiede in Strings ausgeben
-t Label-Abfrage stimmt mit Abfrage-Fasta-Header überein
-v num Setzt ausführlichen Level für zusätzliche Ausgabe
-W file Setzt den Standard-Ausgabedateinamen witherrors.gaps zurück
-x .cover-Dateien nicht ausgeben
-e Fehlerraten-Cutoff auf e setzen (zB 0.02 ist zwei Prozent)
dnadiff Führen Sie eine vergleichende Analyse von zwei Sequenzsätzen durch, indem Sie Nucmer und die zugehörigen Elemente verwenden
Dienstprogramme mit empfohlenen Parametern. Weitere Informationen finden Sie in der MUMmer-Dokumentation
Beschreibung der Ausgabe. Erzeugt die folgenden Ausgabedateien:

.report - Zusammenfassung der Ausrichtungen, Unterschiede und SNPs
.delta - Standardausgabe für die Ziffernausrichtung
.1delta - 1-zu-1-Ausrichtung vom Delta-Filter -1
.mdelta - M-zu-M-Ausrichtung vom Delta-Filter -m
.1coords - 1-zu-1-Koordinaten von show-coords -THrcl .1delta
.mcoords - M-zu-M-Koordinaten von show-coords -THrcl .mdelta
.snps - SNPs von show-snps -rlTHC .1delta
.rdiff - Klassifizierte Ref-Breakpoints von show-diff -rH .mdelta
.qdiff - Klassifizierte qry-Haltepunkte von show-diff -qH .mdelta
.unref - Nicht ausgerichtete Referenz-IDs und -längen (falls zutreffend)
.unqry - Nicht ausgerichtete Abfrage-IDs und -längen (falls zutreffend)

VERPFLICHTEND:
Referenz Legen Sie die Eingabereferenz fest. Multi-FASTA-Dateiname
query Setzt die Eingabeabfrage multi-FASTA Dateiname
or
Delta-Datei Ungefilterte .delta-Alignment-Datei von nucmer

OPTIONEN:
-d|delta Vorberechnete Delta-Datei zur Analyse bereitstellen
-h
--help Hilfeinformationen anzeigen und beenden
-p|prefix Setzt das Präfix der Ausgabedateien (Standard "out")
-V
--version Versionsinformationen anzeigen und beenden

Kartenansicht
-h
--help Hilfeinformationen anzeigen und beenden
-m|mag Stellt die Vergrößerung ein, mit der die Figur gerendert wird,
Dies ist eine Option für fig2dev, die zum Generieren verwendet wird
die PDF- und PS-Dateien (Standard 1.0)
-n|num Legt die Anzahl der Ausgabedateien fest, die verwendet werden, um die
Ausgabe, um zu vermeiden, dass Dateien erzeugt werden, die zu groß sind
groß anzuzeigen (Standard 10)
-p|Präfix Setzt das Präfix der Ausgabedatei
(Standard "PROMER_graph oder NUCMER_graph")
-v
--verbose Ausführliche Protokollierung der verarbeiteten Dateien
-V
--version Versionsinformationen anzeigen und beenden
-x1 coord Setzt die untere Koordinatengrenze der Anzeige
-x2 coord Setzt die obere Koordinatengrenze der Anzeige
-g|ref Wenn die Eingabedatei von 'mgaps' bereitgestellt wird, setzen Sie den
Referenzsequenz-ID (wie sie in der ersten Spalte erscheint
der UTR/CDS-Koordinatendatei)
-I Anzeige des Namens von Abfragesequenzen
-Ir Zeigt den Namen von Referenzgenen an
mummer Finden und geben Sie (auf stdout) die Positionen und die Länge aller ausreichend langen
maximale Übereinstimmungen einer Teilzeichenfolge in und

-mum maximale Übereinstimmungen berechnen, die in beiden Sequenzen eindeutig sind
-mumcand dasselbe wie -mumreference
-mumreference berechnet maximale Übereinstimmungen, die in eindeutig sind
der Referenzsequenz, aber nicht unbedingt in der Abfragesequenz
(Default)
-maxmatch berechnet alle maximalen Übereinstimmungen unabhängig von ihrer Eindeutigkeit
-n stimmt nur mit den Zeichen a, c, g oder t überein
sie können in Groß- oder Kleinschreibung sein
-l Legt die Mindestlänge eines Spiels fest
wenn nicht eingestellt, ist der Standardwert 20
-b berechne Vorwärts- und Rückwärtskomplementübereinstimmungen
-r berechnet nur umgekehrte Komplement-Matches
-s zeigt die passenden Teilstrings an
-c gibt die Abfrageposition einer umgekehrten Komplementübereinstimmung an
relativ zur ursprünglichen Abfragesequenz
-F erzwinge ein 4-spaltiges Ausgabeformat, unabhängig von der Anzahl der
Referenzsequenzeingänge
-L zeigt die Länge der Abfragesequenzen in der Kopfzeile an
nuncmer
Nucmer erzeugt Nukleotid-Alignments zwischen zwei Mutli-FASTA-Inputs
Dateien. Es werden zwei Ausgabedateien erzeugt. Die .cluster-Ausgabedatei-Listen
Cluster von Übereinstimmungen zwischen jeder Sequenz. Die .delta-Datei listet die
Abstand zwischen Einfügungen und Deletionen, die maximale Punktzahl erzeugen
Alignments zwischen jeder Sequenz.

VERPFLICHTEND:
Referenz Legen Sie die Eingabereferenz für den Multi-FASTA-Dateinamen fest
Abfrage Festlegen der Eingabeabfrage Multi-FASTA-Dateiname

--mum Verwenden Sie Ankerübereinstimmungen, die in beiden Referenzen eindeutig sind
und abfragen
--mumcand Wie --mumreference
--mumreference Verwenden Sie Ankerübereinstimmungen, die in der Referenz eindeutig sind
aber nicht unbedingt eindeutig in der Abfrage (Standardverhalten)
--maxmatch Verwendet alle Anker-Matches ungeachtet ihrer Einzigartigkeit

-b|breaklen Legt den Abstand fest, den eine Ausrichtungserweiterung zu erreichen versucht
Erweitern Sie Regionen mit schlechter Punktzahl, bevor Sie aufgeben (Standard 200)
-c|mincluster Legt die Mindestlänge eines Clusters von Übereinstimmungen fest (Standard 65)
--[no]delta Schaltet die Erstellung der Deltadatei um (Standard --delta)
--depend Ausgabe der Abhängigkeitsinformationen und Beenden
-d|diagfactor Setzt den Diagonaldifferenz-Trennfaktor des Clusters
(Standardeinstellung 0.12)
--[no]extend Schaltet den Cluster-Erweiterungsschritt um (Standard --extend)
-f
--forward Verwenden Sie nur den Vorwärtsstrang der Abfragesequenzen
-g|maxgap Setzt die maximale Lücke zwischen zwei benachbarten Übereinstimmungen in a
Cluster (Standard 90)
-h
--help Hilfeinformationen anzeigen und beenden
-l|minmatch Legt die Mindestlänge einer einzelnen Übereinstimmung fest (Standard 20)
-o
--coords Generiert automatisch die ursprünglichen NUCmer1.1-Koordinaten
Ausgabedatei mit dem Programm 'show-coords'
--[no]optimize Toggle Alignment Score Optimierung, dh wenn ein Alignment
Wenn die Erweiterung das Ende einer Sequenz erreicht, wird sie zurückverfolgt
um den Alignment-Score zu optimieren, anstatt den
Ausrichtung am Ende der Sequenz (Standard --optimize)
-p|prefix Setzt das Präfix der Ausgabedateien (Standard "out")
-r
--reverse Verwenden Sie nur das umgekehrte Komplement der Abfragesequenzen
--[no]simplify Vereinfachen Sie Ausrichtungen, indem Sie schattierte Cluster entfernen. Dreh dich
diese Option ist aus, wenn eine Sequenz an sich selbst ausgerichtet wird, um zu sehen
für Wiederholungen (Standard --simplify)

Promer
Promer erzeugt Aminosäure-Alignments zwischen zwei Mutli-FASTA-DNA-Eingaben
Dateien. Es werden zwei Ausgabedateien erzeugt. Die .cluster-Ausgabedatei-Listen
Cluster von Übereinstimmungen zwischen jeder Sequenz. Die .delta-Datei listet die
Abstand zwischen Einfügungen und Deletionen, die maximale Punktzahl erzeugen
Alignments zwischen jeder Sequenz. Der DNA-Input wird in alle 6 . übersetzt
Leserahmen, um die Ausgabe zu generieren, aber die Ausgabekoordinaten
referenzieren Sie die ursprüngliche DNA-Eingabe.

VERPFLICHTEND:
Referenz Legen Sie die Eingabereferenz für die Multi-FASTA-DNA-Datei fest
Abfrage Stellen Sie die Eingabeabfrage Multi-FASTA DNA-Datei ein

--mum Verwenden Sie Ankerübereinstimmungen, die in beiden Referenzen eindeutig sind
und abfragen
--mumcand Wie --mumreference
--mumreference Verwenden Sie Ankerübereinstimmungen, die in der Referenz eindeutig sind
aber nicht unbedingt eindeutig in der Abfrage (Standardverhalten)
--maxmatch Verwendet alle Anker-Matches ungeachtet ihrer Einzigartigkeit

-b|breaklen Legt den Abstand fest, den eine Ausrichtungserweiterung zu erreichen versucht
Erweitern Sie Regionen mit schlechter Bewertung, bevor Sie aufgeben, gemessen in
Aminosäuren (Standard 60)
-c|mincluster Legt die minimale Länge eines Clusters von Übereinstimmungen fest, gemessen in
Aminosäuren (Standard 20)
--[no]delta Schaltet die Erstellung der Deltadatei um (Standard --delta)
--depend Ausgabe der Abhängigkeitsinformationen und Beenden
-d|diagfactor Setzt den Diagonaldifferenz-Trennfaktor des Clusters
(Standard .11)
--[no]extend Schaltet den Cluster-Erweiterungsschritt um (Standard --extend)
-g|maxgap Setzt die maximale Lücke zwischen zwei benachbarten Übereinstimmungen in a
Cluster, gemessen in Aminosäuren (Standard 30)
-l|minmatch Legt die minimale Länge einer einzelnen Übereinstimmung fest, gemessen in Amino
Säuren (Standard 6)
-m|masklen Legt die maximale Maskierungslänge der Buchstütze fest, gemessen in Amino
Säuren (Standard 8)
-o
--coords Generiert automatisch das ursprüngliche PROmer1.1 ".coords"
Ausgabedatei mit dem Programm "show-coords"
--[no]optimize Toggle Alignment Score Optimierung, dh wenn ein Alignment
Wenn die Erweiterung das Ende einer Sequenz erreicht, wird sie zurückverfolgt
um den Alignment-Score zu optimieren, anstatt den
Ausrichtung am Ende der Sequenz (Standard --optimize)

-p|prefix Setzt das Präfix der Ausgabedateien (Standard "out")
-x|matrix Setzt die Nummer der Ausrichtungsmatrix auf 1 [BLOSUM 45],
2 [BLOSUM 62] oder 3 [BLOSUM 80] (Standard 2)
Wiederholungsspiel Finde alle maximalen exakten Übereinstimmungen in
-E Verwenden Sie eine umfassende (langsame) Suche, um Übereinstimmungen zu finden
-f Nur Vorwärtsstrang, kein Rückwärtskomplement verwenden
-n # Setze die minimale genaue Übereinstimmungslänge auf #
-t Nur Tandemwiederholungen ausgeben
-V # Setze die Stufe des ausführlichen (Debugging) Druckens auf #
anzeigen-ausrichten
-h Hilfeinformationen anzeigen
-q Ausrichtungen nach der Startkoordinate der Abfrage sortieren
-r Ausrichtungen nach der Referenzstartkoordinate sortieren
-w int Stellt die Bildschirmbreite ein - Standard ist 60
-x int Legt den Matrixtyp fest - Standard ist 2 (BLOSUM 62),
andere Optionen sind 1 (BLOSUM 45) und 3 (BLOSUM 80)
Hinweis: wirkt sich nur auf Aminosäure-Alignments aus
Show-Koordinaten
-b Führt überlappende Ausrichtungen unabhängig vom Match-Verzeichnis zusammen
oder Rahmen und zeigt keine Identitätsinformationen an.
-B Ausgabe auf btab-Format umschalten
-c Informationen zur prozentualen Abdeckung in die Ausgabe einbeziehen
-d Zeigt die Ausrichtungsrichtung im zusätzlichen
FRM-Spalten (Standard für Promer)
-g Veraltete Option. Bitte verwenden Sie stattdessen 'Delta-Filter'
-h Hilfeinformationen anzeigen
-H Ausgabeheader nicht drucken
-I float Lege die minimale prozentuale Identität für die Anzeige fest
-k Knockout (nicht anzeigen) Ausrichtungen, die sich überlappen
eine andere Ausrichtung in einem anderen Rahmen um mehr als 50%
ihrer Länge UND haben eine geringere prozentuale Ähnlichkeit
oder kleiner als 75 % der Größe der anderen Ausrichtung sind
(nur promer)
-l Füge die Sequenzlängeninformationen in die Ausgabe ein
-L lang Legt die minimale Ausrichtungslänge für die Anzeige fest
-o Annotieren maximaler Alignments zwischen zwei Sequenzen, dh
Überschneidungen zwischen Referenz- und Abfragesequenzen
-q Ausgabezeilen nach Abfrage-IDs und Koordinaten sortieren
-r Ausgabezeilen nach Referenz-IDs und Koordinaten sortieren
-T Ausgabe auf tabulatorgetrenntes Format umschalten

Eingabe ist die .delta-Ausgabe von entweder dem "nucmer"- oder dem "promer"-Programm, das an die
Befehlszeile.

Die Ausgabe erfolgt auf stdout und besteht aus einer Liste von Koordinaten, prozentualer Identität und anderen
nützliche Informationen zu den in der .delta-Datei enthaltenen Ausrichtungsdaten, die als
Eingang.

HINWEIS: Standardmäßig wird keine Sortierung durchgeführt, daher werden die Ausrichtungen wie gefunden geordnet
in dem Eingang.
Show-snps
-C Melden Sie keine SNPs von Alignments mit einem mehrdeutigen
Mapping, dh nur SNPs melden, bei denen [R] und [Q]
Spalten gleich 0 und diese Spalten nicht ausgeben
-h Hilfeinformationen anzeigen
-H Ausgabeheader nicht drucken
-Ich melde keine indels
-l Informationen zur Sequenzlänge in die Ausgabe einbeziehen
-q Ausgabezeilen nach Abfrage-IDs und SNP-Positionen sortieren
-r Ausgabezeilen nach Referenz-IDs und SNP-Positionen sortieren
-S Geben Sie an, welche Ausrichtungen gemeldet werden sollen
'show-coords'-Zeilen zu stdin
-T Wechseln Sie zum tabulatorgetrennten Format
-x int Fügt x Zeichen des umgebenden SNP-Kontexts in das ein
Ausgang, Standard 0

Input ist die .delta-Ausgabe des Nucmer- oder Promer-Programms, das an den Befehl übergeben wird
Linie.

Die Ausgabe erfolgt auf stdout und besteht aus einer Liste von SNPs (oder Aminosäuresubstitutionen für
promer) mit Positionen und anderen nützlichen Informationen. Die Ausgabe wird standardmäßig mit -r sortiert
und die Spalte [BUFF] bezieht sich immer auf die Sequenz, deren Positionen sortiert wurden.
Dieser Wert gibt den Abstand von diesem SNP zur nächsten Fehlanpassung (Ende der Ausrichtung,
indel, SNP usw.) in derselben Ausrichtung, während die Spalte [DIST] den Abstand angibt
von diesem SNP zum nächsten Sequenzende. SNPs, für die die Spalten [R] und [Q] sind
größer als 0 sollte mit Vorsicht ausgewertet werden, da diese Spalten die Anzahl der
andere Ausrichtungen, die diese Position überlappen. Verwenden Sie -C, um sicherzustellen, dass SNPs nur von gemeldet werden
einzigartige Ausrichtungsregionen.

Show-Fliesen
-a Beschreiben Sie den Kachelpfad, indem Sie das tabulatorgetrennte
Ausrichtung der Regionskoordinaten auf stdout
-c Angenommen, die Referenzsequenzen sind kreisförmig und erlauben
gekachelte Contigs, um den Ursprung zu überspannen
-g int Maximale Lücke zwischen gruppierten Ausrichtungen festlegen [-1, INT_MAX]
Ein Wert von -1 steht für unendlich
(Zahlenvorgabe = 1000)
(Promer-Standard = -1)
-i float Legt die minimale prozentuale Identität für die Kachel fest [0.0, 100.0]
(Zahlenvorgabe = 90.0)
(Promer-Standard = 55.0)
-l int Mindestlänge contig für den Bericht festlegen [-1, INT_MAX]
Ein Wert von -1 steht für unendlich
(allgemeiner Standardwert = 1)
-p Datei Gibt ein Pseudomolekül der Abfrage-Contigs in 'Datei' aus
-R Beschäftige dich mit sich wiederholenden Contigs, indem du sie zufällig platzierst
an einem ihrer Kopierorte (impliziert -V 0)
-t Datei Ausgabe einer Contig-Liste im TIGR-Stil jeder Abfragesequenz
die ausreichend mit der Referenz übereinstimmt (nicht kreisförmig)
-u Datei Ausgabe der durch Tabulatoren getrennten Ausrichtungsbereichskoordinaten
der unbrauchbaren Contigs zu 'file'
-v float Setzt die minimale Contig-Abdeckung auf Kachel [0.0, 100.0]
(Zahlenvorgabe = 95.0) Summe der einzelnen Ausrichtungen
(Promer-Standard = 50.0) Ausdehnung der syntenischen Region
-V float Festlegen der minimalen Contig-Abdeckungsdifferenz [0.0, 100.0]
dh die Differenz, die benötigt wird, um eine Ausrichtung zu bestimmen
ist 'besser' als eine andere Ausrichtung
(Zahlenvorgabe = 10.0) Summe der einzelnen Ausrichtungen
(Promer-Standard = 30.0) Ausdehnung der syntenischen Region
-x Beschreibe den Kachelpfad, indem du das XML-Contig ausdruckst
Verknüpfen von Informationen mit stdout

Eingabe ist die .delta-Ausgabe des Zahlenprogramms, das auf sehr ähnlichen Sequenzdaten ausgeführt wird, oder
die .delta-Ausgabe des Promer-Programms, laufen auf abweichenden Sequenzdaten.

Die Ausgabe erfolgt auf stdout und besteht aus der vorhergesagten Position jeder ausgerichteten Abfrage
contig, wie auf die Referenzsequenzen abgebildet. Diese Koordinaten beziehen sich auf die Ausdehnung von
das gesamte Abfrage-Contig, auch wenn nur ein bestimmter Prozentsatz des Contigs tatsächlich war
ausgerichtet (es sei denn, die Option -a wird verwendet). Spalten sind, beginnen in ref, enden in ref, Abstand zu
nächstes Contig, Länge dieses Contigs, Ausrichtungsabdeckung, Identität, Ausrichtung und ID
beziehungsweise.

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