Dies ist der Befehl fastaq-filter, der im kostenlosen OnWorks-Hosting-Provider mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, Windows-Online-Emulator oder MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
fastaq_filter - Filtern Sie Sequenzen, um eine Teilmenge davon zu erhalten
BESCHREIBUNG
Verwendung: fastaq_filter [Optionen]
Filtert eine Sequenzdatei nach Sequenzlänge und/oder nach Namen, die einem regulären Ausdruck entsprechen
positionell Argumente:
infile Name der zu filternden Eingabedatei
Outfile
Name der Ausgabedatei
optional Argumente:
-h, --help
Diese Hilfemeldung anzeigen und beenden
--minimale Länge INT
Mindestlänge der beizubehaltenden Sequenz [0]
--maximale Länge INT
Maximale Länge der beizubehaltenden Sequenz [inf]
--regex REGEX
Wenn angegeben, werden nur Lesevorgänge beibehalten, deren Name mit dem regulären Ausdruck übereinstimmt
--ids_file DATEINAME
Wenn angegeben, werden nur Lesevorgänge verwendet, deren ID in der angegebenen Datei enthalten ist. Eine ID pro Zeile von
Datei.
-v, --umkehren
Behalten Sie nur Sequenzen bei, die nicht den Filtern entsprechen
Kumpel Datei für lesen Paare Optionen:
--mate_in DATEINAME
Name der Eingabedatei für Verknüpfungen. Falls verwendet, muss auch angegeben werden --mate_out
--mate_out DATEINAME
Name der Ausgabedatei für Verknüpfungen
--both_mates_pass
Wenn eine der Verknüpfungen den Filter passiert, lesen beide standardmäßig die Ausgabe. Verwenden Sie diese Flagge, um
erfordern, dass beide Lesevorgänge eines Paares den Filter passieren
Verwenden Sie fastaq-filter online mit den onworks.net-Diensten
