Dies ist der Befehl fastq-mcf, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
fastq-mcf – ea-utils: Erkennen Sie den Grad der Adapterpräsenz, berechnen Sie Wahrscheinlichkeiten und Standorte
der Adapter
ZUSAMMENFASSUNG
fastq-mcf [Optionen] [mates1.fq ...]
BESCHREIBUNG
Version: 1.04.676
Erkennt Ebenen der Adapterpräsenz, berechnet Wahrscheinlichkeiten und Standorte (Anfang, Ende) des Adapters
Adapter. Entfernt die Adaptersequenzen aus der/den Fastq-Datei(en).
Statistiken gehen an stderr, es sei denn -o angegeben.
Angeben -0 um alle Standardeinstellungen zu deaktivieren
Wenn Sie mehrere „Paired-End“-Eingänge angeben, dann a -o Die Option ist jeweils erforderlich. IE:
-o read1.clip.q -o read2.clip.fq
OPTIONAL
-h Diese Hilfe
-o FIL-Ausgabedatei (Statistiken nach stdout)
-s NN Log-Skala für Adapter-Mindestlängenübereinstimmung (2.2)
-t N % Schwellenwert für das Auftreten vor dem Adapter-Clipping (0.25)
-m N Minimale Cliplänge, überschreibt die automatische Skalierung (1)
-p N Maximaler Adapterunterschied in Prozent (10)
-l N Minimale verbleibende Sequenzlänge (19)
-L N Maximale verbleibende Sequenzlänge (keine)
-D N Doppelte Reads entfernen: Read_1 hat identische N Basen (0)
-k N-Skew-Prozentsatz, der geringer ist als der, der zum Entfernen des Zyklus führt (2)
-x N „N“-Prozentsatz (schlechter Lesevorgang), der zum Entfernen des Zyklus führt (20)
-q N-Qualitätsschwelle, die zur Basenentfernung führt (10)
-w N-Fenstergröße für Qualitätstrimmen (1)
-H >95 % Homopolymer-Lesevorgänge entfernen (nein)
-X Lesevorgänge mit geringer Komplexität entfernen (nein)
-0 Alle Standardparameter auf Null setzen/nichts tun
-U|u Deaktivieren/Aktivieren der Illumina PF-Filterung erzwingen (automatisch)
-P N Phred-Skala (auto)
-R Entfernen Sie Ns nicht am Anfang/Ende von Lesevorgängen
-n Nicht ausschneiden, sondern nur ausgeben, was getan werden würde
-C N Anzahl der für die Unterabtastung zu verwendenden Lesevorgänge (300)
-S Speichern Sie alle verworfenen Lesevorgänge in „.skip“-Dateien
-d Gibt viele zufällige Debugging-Sachen aus
Qualität Anpassung Optionen:
--cycle-adjust
CYC,AMT Passen Sie den Zyklus CYC (negativ = Offset vom Ende) um den Betrag AMT an
--phred-adjust
SCORE,AMT Passen Sie den Score SCORE entsprechend dem Betrag AMT an
--phred-adjust-max
SCORE Punkte anpassen > SCORE zu SCOTE
Filterung Optionen*:
--[mate-]qual-mean
NUM Minimaler mittlerer Qualitätsfaktor
--[mate-]qual-gt
NUM,THR Mindestens NUM Qualen > THR
--[mate-]max-ns
NUM Maxmium N-Anrufe in einem Lesevorgang (kann ein Prozentsatz sein)
--[mate-]min-len
NUM Minimale verbleibende Länge (identisch mit -l)
--homopolymer-pct
PCT-Homopolymer-Filterprozentsatz (95)
--lowcomplex-pct
Prozent des PCT-Komplexitätsfilters (95)
Wenn das Mate-Präfix verwendet wird, gilt es nur für den zweiten Nicht-Barcode, der nur gelesen werden kann
Adapterdateien sind „Fasta“-formatiert:
Geben Sie „n/a“ an, um das Adapter-Clipping zu deaktivieren, und verwenden Sie einfach Filter
Durch Erhöhen der Skalierung werden die Erkennungslängen länger, bei einer Skalierung von 100 wird dies erzwungen
Vollständige Erkennung von Adaptern.
Adaptersequenzen mit _5p in ihrer Bezeichnung stimmen mit „end“ überein, und Sequenzen mit _3p in
Ihre Bezeichnung stimmt mit „Anfang“ überein, andernfalls wird das „Ende“ automatisch bestimmt.
Von Skew spricht man, wenn ein Zyklus schlecht ist und in Richtung einer bestimmten Basis „schief“ ist. Wenn es ein Nukleotid gibt
kleiner als der Skew-Prozentsatz ist, wird der gesamte Zyklus entfernt. Deaktivieren für Methyl-Seq,
usw.
Stellen Sie den Versatz ein (-k) oder N-pct (-x) auf 0, um es auszuschalten (sollte für miRNA, Amplikon erfolgen
und andere Situationen mit geringer Komplexität!)
Die Filterung doppelter Lesevorgänge eignet sich für Assembly-Aufgaben und niemals für Leselängen
erwartete Abdeckung. -D 50 benötigt 4.5 GB RAM für 100-m-DNA-Lesevorgänge – seien Sie vorsichtig. Ideal für RNA
Versammlung.
*Qualitätsfilter werden nach dem Zuschneiden/Trimmen bewertet
Die Homopolymerfilterung ist eine Teilmenge mit geringer Komplexität, wird jedoch nicht separat verfolgt
es sei denn, beide sind eingeschaltet.
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