Dies ist der Befehl fastx_clipper, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
fastx_clipper – FASTA/Q Clipper
BESCHREIBUNG
Verwendung: fastx_clipper [-h] [-a ADAPTER] [-D] [-l N] [-n] [-d N] [-c] [-C] [-o] [-v] [-z]
[-i INFILE] [-o OUTFILE] Teil von FASTX Toolkit 0.0.14 von A. Gordon ([E-Mail geschützt] )
[-h] = Dieser hilfreiche Hilfebildschirm.
[-a ADAPTER] = ADAPTER-Zeichenfolge. Der Standardwert ist CCTTAAGG (Dummy-Adapter). [-l N] =
Verwerfen Sie Sequenzen, die kürzer als N Nukleotide sind. Der Standardwert ist 5. [-d N] = Behalten
der Adapter und N-Basen danach.
(Die Verwendung von „-d 0“ ist dasselbe, als würde man „-d“ überhaupt nicht verwenden. Dies ist die Standardeinstellung.)
[-c] = Nicht abgeschnittene Sequenzen verwerfen (d. h. nur Sequenzen behalten, die das enthielten
Adapter).
[-C] = Beschnittene Sequenzen verwerfen (d. h. nur Sequenzen behalten, die das nicht enthielten
Adapter).
[-k] = Nur-Adapter-Sequenzen melden.
[-n] = Sequenzen mit unbekannten (N) Nukleotiden beibehalten. Standardmäßig werden diese verworfen
Sequenzen.
[-v] = Ausführlich – Anzahl der Sequenzen melden.
Wenn [-o] angegeben ist,
Bericht wird auf STDOUT gedruckt.
Wenn [-o] nicht angegeben ist (und die Ausgabe an STDOUT geht), wird der Bericht gedruckt an
STDERR.
[-z] = Ausgabe mit GZIP komprimieren.
[-D] = DEBUG-Ausgabe.
[-MN] = erfordert eine minimale Adapterausrichtungslänge von N.
Wenn weniger als N Nukleotide am Adapter ausgerichtet sind, schneiden Sie ihn nicht ab.
[-i INFILE] = FASTA/Q-Eingabedatei. Der Standardwert ist STDIN.
[-o AUSGABE] = FASTA/Q-Ausgabedatei. Standard ist STDOUT.
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