Dies ist der Befehl fitgcp, der im kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, Windows Online-Emulator oder MAC OS Online-Emulator ausgeführt werden kann.
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
fitgcp - Passen Sie Mischungen von Wahrscheinlichkeitsverteilungen an Genom-Abdeckungsprofile an
ZUSAMMENFASSUNG
fitgcp [Optionen] NAME/FUNKTION
BESCHREIBUNG
Passt Mischungen von Wahrscheinlichkeitsverteilungen an Genomabdeckungsprofile an, indem ein EM-ähnliches
iterativer Algorithmus.
Das Skript verwendet eine SAM-Datei als Eingabe, analysiert die Zuordnungsinformationen und erstellt eine
Genome Coverage Profile (GCP). Das GCP wird in eine Datei geschrieben, so dass dieser Schritt
Beim nächsten Mal wird es übersprungen. Der Benutzer stellt ein Mischungsmodell bereit, das an den GCP angepasst ist.
Darüber hinaus kann der Benutzer für jedes Modell Anfangsparameter angeben.
Als Ausgabe generiert das Skript eine Textdatei mit dem endgültigen Satz an Anpassungsparametern und
zusätzliche Informationen zum Anpassungsprozess. Eine Protokolldatei enthält die aktuell eingestellten
von Parametern in jedem Schritt der Iteration. Auf Wunsch wird ein Diagramm des GCP und des
angepasste Verteilungen können erstellt werden.
OPTIONAL
NAME/FUNKTION: Name der zu analysierenden SAM-Datei.
-h, --help
Diese Hilfemeldung anzeigen und beenden
-d ABSTAND, --distributionen=DIST
Anzupassende Verteilungen. z->Null; n: nbinom (MOM); N: nbinom (MLE); p:binom; t: Ende.
Standard: zn
-i SCHRITTE, --iterationen=STEPS
Maximale Anzahl von Iterationen. Standard: 50
-t THR, --Schwelle=THR
Legen Sie den Konvergenzschwellenwert für die Iteration fest. Stoppen Sie, wenn der Wechsel zwischen zwei
Iterationen ist kleiner als THR. Standard: 0.01
-c ABGESCHNITTEN, --abgeschnitten=ABGESCHNITTEN
Gibt ein Coverage-Cutoff-Quantil an, so dass nur Coverage-Werte unterhalb dieses
Quantil werden berücksichtigt. Standard: 0.95
-p, --Handlung
Erstellen Sie ein Diagramm des angepassten Mischungsmodells. Standard: False
-m BEDEUTEN, --bedeutet=MEAN
Gibt die Anfangswerte für den Mittelwert jeder Poisson- oder negativen Binomialverteilung an.
Verteilung. Verwendung: -m 12.4 -m 16.1 wird die Mittelwerte für die ersten beiden
Nicht-Null-/Randverteilungen. Der Standardwert wird aus den Daten berechnet.
-a Alpha, --Alpha=ALPHA
Gibt die Anfangswerte für den Alpha-Anteil jeder Verteilung an. Verwendung:
Für drei Verteilungen -a 0.3 -a 0.3 gibt die Anteile 0.3, 0.3 und 0.4 an.
Die Standardeinstellung ist, dass alle Verteilungen gleiche Anteile haben.
-l, --Protokoll
Protokollierung aktivieren. Standard: False
--Aussicht Nur den GCP anzeigen. Keine Verteilung anpassen. Beachtet den Cutoff (-c). Standard:
falsch
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