formatdb – Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

formatdb – Protein- oder Nukleotiddatenbanken für BLAST formatieren

ZUSAMMENFASSUNG

formatdb [-] [-B Dateinamen] [-F Dateinamen] [-L Dateinamen] [-T Dateinamen] [-V] [-a] [-b] [-e]
[-i Dateinamen] [-l Dateinamen] [-n str] [-o] [-p F] [-s] [-t str] [-v N]

BESCHREIBUNG

formatdb muss verwendet werden, um Protein- oder Nukleotidquellendatenbanken zuvor zu formatieren
Diese Datenbanken können mit Blastall, BlastPGP oder MegaBLAST durchsucht werden. Die Quelldatenbank
kann entweder im FASTA- oder ASN.1-Format vorliegen. Obwohl das FASTA-Format am häufigsten als verwendet wird
Eingabe zu formatdb, ist die Verwendung von ASN.1 für diejenigen von Vorteil, die ASN.1 als verwenden
gemeinsame Quelle für andere Formate wie den GenBank-Bericht. Einmal eine Quelldatenbankdatei
wurde formatiert von formatdb Es wird von BLAST nicht benötigt. Bitte beachten Sie, dass dies der Fall ist
Ich werde regelmäßige Updates auf Ihre BLAST-Datenbanken anwenden verschmelzen(1) müssen Sie
Behalten Sie die Quelldatenbankdatei.

OPTIONAL

Nachfolgend finden Sie eine Zusammenfassung der Optionen.

- Nutzungsnachricht drucken

-B Dateinamen
Binäre Gifile, erstellt aus der von angegebenen Gifile -F. Diese Option gibt die an
Name einer binären GI-Listendatei. Diese Option sollte mit dem verwendet werden -F Möglichkeit. EIN
Text-GI-Liste kann mit angegeben werden -F Option und die -B Option wird produzieren
diese GI-Liste im Binärformat. Die Binärdatei ist kleiner und BLAST ist nicht erforderlich
um es zu konvertieren, damit es schneller gelesen werden kann.

-F Dateinamen
Gifile (Datei mit einer Liste von Gis) zur Verwendung mit -B or -L

-L Dateinamen
Erstellen Sie eine Aliasdatei mit dem Namen Dateinamen, wodurch die durchsuchten Sequenzen auf diese beschränkt werden
spezifiziert durch -F.

-T Dateinamen
Legen Sie die Taxonomie-IDs in ASN.1-Definitionen gemäß der Tabelle in fest Dateinamen.

-V Ausführlich: Suchen Sie nach nicht eindeutigen Zeichenfolgen-IDs in der Datenbank

-a Eingabedatei ist eine Datenbank im ASN.1-Format (ansonsten wird FASTA erwartet)

-b Die ASN.1-Datenbank ist binär (im Gegensatz zu ASCII-Text).

-e Eingabe ist ein Seq-Eintrag. Eine Quell-ASN.1-Datenbank (entweder Text-ASCII oder Binär) kann
ein Bioseq-Set oder nur ein Bioseq enthalten. Im letzteren Fall -e solte gegeben sein.

-i Dateinamen
Eingabedatei(en) zur Formatierung

-l Dateinamen
Name der Protokolldatei (Standard = formatdb.log)

-n str Basisname für BLAST-Dateien (standardmäßig der Name der ursprünglichen FASTA-Datei)

-o SeqID analysieren und Indizes erstellen. Wenn die Quelldatenbank im FASTA-Format vorliegt, ist die
Datenbankbezeichner in der FASTA-Definitionszeile müssen den Konventionen von folgen
das FASTA-Defline-Format.

-p F Der Input ist ein Nukleotid, kein Protein.

-s Index nur nach Akzession, nicht nach Ort. Dies ist besonders nützlich für Sequenzsätze
wie die ESTs, bei denen die Akzessions- und Ortsnamen identisch sind. Formatdb wird ausgeführt
schneller und erzeugt kleinere temporäre Dateien, wenn diese Option verwendet wird. Es ist stark
empfohlen für ESTs, STSs, GSSs und HTGSs.

-t str Titel für Datenbankdatei [String]

-v N Teilen Sie große FASTA-Dateien in große „Volumes“ auf N Millionen Briefe (4000 von
Standard). Im Rahmen der Erstellung eines Bandes formatdb schreibt eine neue Art von BLAST
Datenbankdatei, Aliasdatei genannt, mit der Erweiterung „nal“ oder „pal“.

Verwenden Sie formatdb online über die Dienste von onworks.net