Dies ist der Befehl formatrpsdb, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
formatrpsdb – Datenbanken für RPS Blast erstellen
ZUSAMMENFASSUNG
formatrpsdb [-] [-E N] [-G N] [-S X] [-U str] [-b] [-f X] -i Dateinamen [-l Dateinamen]
[-n str] [-o] [-t str] [-v N]
BESCHREIBUNG
Formatrpsdb ist ein Dienstprogramm, das eine Sammlung von Eingabesequenzen in eine Datenbank konvertiert
Geeignet für die Verwendung mit Reverse Position Specific (RPS) Blast. Jede Eingabesequenz,
zusammen mit seiner positionsspezifischen Bewertungsmatrix (PSSM) wird ASN.1 in a kodiert
PssmWithParameters (oder „scoremat“)-Objekt und befindet sich in einer separaten Datei. Scoremat
Objekte können mit erstellt werden Blastpgp. Formatrpsdb erhält eine Liste dieser Dateien und
erzeugt die entsprechende Datenbank.
Formatrpsdb ist darauf ausgelegt, die Arbeit von auszuführen formatdb, makemat und Kopiervorlage
gleichzeitig, ohne die große Anzahl von Zwischendateien zu generieren, die diese Dienstprogramme erfordern
müsste eine RPS Blast-Datenbank erstellen. Darüber hinaus sind Scoremat-Objekte allgemeiner
verwenden, als das Binärformat makemat erfordert. Es ist zu hoffen, dass eine direkte Manipulation möglich ist
Scoremat-Objekte werden die Konvertierung vielfältigerer Sequenzsammlungen in RPS fördern
Explosionsdatenbanken.
Von formatrpsdb generierte Datenbanken sind binärkompatibel mit von formatrpsdb generierten Datenbanken
formatdb/makemat/Kopiervorlage, obwohl die Datenbankdateien im Allgemeinen nicht bytefor-
Byte identisch.
OPTIONAL
Nachfolgend finden Sie eine Zusammenfassung der Optionen.
- Nutzungsnachricht drucken
-E N Die Strafe für die Lückenerweiterung (falls nicht im Scoremat angegeben; Standard = 1)
-G N Die Lückenöffnungsstrafe (falls nicht in der Punktetabelle angegeben; Standard = 11)
-S X Für Scoremats, die nur Resthäufigkeiten enthalten, gilt der anzuwendende Skalierungsfaktor
beim Erstellen von PSSMs (Standard = 100)
-U str Zugrunde liegende Bewertungsmatrix (falls nicht in der Bewertungsmatrix angegeben; Standard = BLOSUM62)
-b Scoremat-Dateien sind binär (im Gegensatz zu Text) ASN1.
-f X Schwellenwert für die Erweiterung von Treffern für die RPS-Datenbank (Standard = 11)
-i Dateinamen
Eingabedatei mit einer Liste der ASN.1 Scoremat-Dateinamen
-l Dateinamen
Name der Protokolldatei (Standard = formatrpsdb.log)
-n str Basisname der Ausgabedatenbank (identisch mit der Eingabedatei, falls nicht angegeben)
-o Erstellen Sie Indexdateien für die Datenbank
-t str Titel für Datenbankdatei
-v N Größe des Datenbankvolumens in Millionen Buchstaben (Standard = 0, was eigentlich Nein bedeutet).
Grenze)
Verwenden Sie formatrpsdb online über die Dienste von onworks.net
