Dies ist der Befehl „gap4“, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
Gap4 – Genome Assembly Program (Teil des Staden-Pakets)
ZUSAMMENFASSUNG
gap4 [-ro] [-maxseq ] [-maxdb ] [-skip_notes] [DATABASE_NAME.V]
BESCHREIBUNG
Gap4 ist ein Genomassemblierungsprogramm. Das Programm enthält alle Tools, die es gibt
das von einem Montageprogramm erwartet wird, außerdem viele einzigartige Funktionen und eine sehr einfache Bedienung
Schnittstelle. Die Originalversion wurde in Bonfield,JK, Smith,KF und Staden,R beschrieben. A
neues DNA-Sequenzassemblierungsprogramm. Nukleinsäuren Res. 24, 4992-4999 (1995)
Gap4 ist sehr groß und leistungsstark. Jeder nutzt eine Teilmenge von Optionen und hat ihre eigenen
bevorzugte Art, auf sie zuzugreifen und sie zu nutzen. Obwohl es viele davon gibt, sind es Benutzer
Wir empfehlen Ihnen, die gesamte Dokumentation einmal durchzugehen, um herauszufinden, was sie ist
möglich und so, wie es am besten zur eigenen Arbeit passt. Zumindest das Ganze
Das Einführungskapitel sollte unbedingt gelesen werden, da es auf lange Sicht Zeit spart.
OPTIONAL
-ro Nur-Lese-
-maxseq N
Anfängliche maximale Gesamtkonsenslänge
-maxdb N
Anfängliche maximale Anzahl von Contigs + Lesungen
-(nein_)check
(Nicht) Führen Sie „Datenbank prüfen“ beim Öffnen der Datenbank aus
-(no_)exec_notes
Führen Sie beim Öffnen der Datenbank keine OPEN/CLOS-Hinweise aus
-(no_)rawdata_note
(Nicht) RAWD-Notiz anstelle von RAWDATA-Umgebung verwenden. Variable
-(no_)csel
(Nicht) den Contig-Selektor starten, wenn die Datenbank geöffnet ist
-Anzeige
X Zu verwendendes Display
-Bitgröße N
Gibt die Bitgröße der Aux-Datei für neue Datenbanken an (32/64).
-sync Verwenden Sie den synchronen Modus für den Anzeigeserver (Debugging).
-- Ende der Argumentliste
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