Knoblauch - Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

Knoblauch – molekulares Visualisierungsprogramm

ZUSAMMENFASSUNG

Knoblauch [was immer dies auch sein sollte. Knoblauch Optionen] [X11 Optionen] [Dateinamen]

BESCHREIBUNG

Diese Handbuchseite dokumentiert kurz Knoblauch, ein kostenloses molekulares Visualisierungsprogramm.
Eine ausführliche Dokumentation im HTML-Format und Quellen finden Sie bei Garlic Home,
<URL:http://garlic.mefos.hr/garlic/>. Physischer Standort: Medizinische Fakultät, Universität
von Osijek, Kroatien, Europa. Vorkompilierte Pakete für eine Reihe von GNU/Linux-Distributionen
stehen zur Verfügung. Dazu gehören Debian, SuSE, Mandriva, Linspire und eine Reihe anderer
Distributionen. Die HTML-Dokumentation kann zur lokalen Verwendung heruntergeladen und entpackt werden (empfohlen).
Verwendung). Hier finden Sie eine sehr kurze Beschreibung des Programms und der Befehlsliste
Linienoptionen.

Knoblauch ist ein molekulares Visualisierungsprogramm, das ursprünglich zur Untersuchung von geschrieben wurde
Membranproteine. Jetzt kann es zur Visualisierung und einfachen Bearbeitung aller Proteine ​​und verwendet werden
Moleküle. Diese Version erkennt das PDB-Format Version 2.1; siehe Quelldatei pdb_atom.c
Einzelheiten zu diesem Format finden Sie hier.

OPTIONAL

Befehlszeilenoptionen können in zwei Gruppen unterteilt werden: was immer dies auch sein sollte. (Spezifisch) Knoblauch Optionen und X11
Optionen. Optionen können in beliebiger Reihenfolge angegeben werden. Alle Optionen und fest codierten Standardwerte sind
in der Tabelle unten aufgeführt. Für jeden Parameter ist der über die Befehlszeile definierte Wert
verwendet, sofern verfügbar. Wenn nicht, wird der in definierte Wert verwendet .garlicrc Datei verwendet wird. Wenn .garlicrc
Datei ist nicht verfügbar, oder es gibt keinen entsprechenden Eintrag in dieser Datei, der fest codiert ist
Der Standardwert wird verwendet. Die Probe .garlicrc Die im Originalpaket enthaltene Datei enthält
Die Werte entsprechen den hartcodierten Standardwerten.

Knoblauch Optionen:
-H, --help
Hilfe ausdrucken und beenden.

-in, --Version
Version drucken und beenden.

-R, --registrieren
Knoblauch registrieren: Informieren Sie den Autor darüber, dass auf Ihrer Website Knoblauch installiert ist und dass jemand
werde dieses Programm nutzen. Mit Ihrer Registrierung ermutigen Sie den Autor dazu
Setzen Sie die Entwicklung von Knoblauch fort. Sie können dem Autor auch dabei helfen, die Unterstützung sicherzustellen
weitere Entwicklung. Diese Option sendet eine kurze E-Mail-Nachricht, die nur Folgendes enthält:
den E-Mail-Nachrichtenkopf und das Wort „Hallo!“.[E-Mail geschützt] >. Bitte
Führen Sie Knoblauch -r aus, wenn Sie dieses Programm verwenden möchten. Wenn Sie nicht mit verbunden sind
Wenn Sie eine Verbindung zum Internet herstellen, sollten Sie erwägen, eine kurze Nachricht von einem anderen System aus zu senden.

-nosys Blenden Sie das Koordinatensystemsymbol aus (obere linke Ecke).

-keine Kontrolle
Blenden Sie das Kontrollfenster aus (obere rechte Ecke).

-Stereo
Stereobild anzeigen.

-Platte Modus
Standard-Plattenmodus. Verfügbare Plattenmodi sind: Aus, Planar (Standard), Kugel,
Halbkugel, Zylinder und Halbzylinder.

-Fading Modus
Standardmäßiger Farbverblassungsmodus. Verfügbare Modi: Aus, Planar (Standard), Kugel,
Halbkugel, Zylinder und Halbzylinder.

-wie Anzahl
Standard-Atom-Zeichenstil (hartcodierter Standard: 2).

-bs Anzahl
Standard-Anleihenzeichnungsstil (hartcodierter Standard: 2).

-fs Anzahl
Standardanzahl von Farbverblassungsflächen. Parallele Ebenen, konzentrische Kugeln oder
Als Schwundflächen können konzentrische Zylinder verwendet werden. Drei RGB-Triplets sind
jeder Oberfläche zugeordnet. Die Flächen sind gleichmäßig verteilt; mindestens eins und höchstens
acht sollten definiert werden. Mindestens drei Farben (links, Mitte und rechts) sind vorhanden
jedem sichtbaren Atom zugeordnet. Diese drei Farben basieren auf der Position von a
gegebenes Atom relativ zur nächsten verblassenden Oberfläche(n) und zu den zugewiesenen Farben
diese Oberflächen. Farben werden mit linearer Gewichtung kombiniert.

-lc Farbe
Linke Farbe an der i-ten Fläche; Ich bin zwischen null und sieben. Die Farbzeichenfolge
sollte mit X11R5 kompatibel sein. Blau kann beispielsweise als Blau oder als definiert werden
RGB:0000/0000/FFFF usw. Beispielsweise definiert -lc4 RGB:BBBB/8888/4444 die linke Farbe
an der Oberfläche, deren Index gleich vier ist.

-mc Farbe
Mittlere Farbe an der i-ten Fläche.

-rc Farbe
Richtige Farbe an der i-ten Fläche.

-pc, --print-config
Konfigurationsdaten drucken und beenden.

-pcn Geben Sie Cursornamen an stdout aus und beenden Sie das Programm.

-Log Logdatei
Schreiben Sie Befehle und Nachrichten in die Protokolldatei. Die Datei wird im aktuellen erstellt
Arbeitsverzeichnis. Wenn dies nicht möglich ist, wird eine Protokolldatei auf der Startseite des Benutzers erstellt
Verzeichnis.

X11 Option:
-Anzeige Anzeigename
Zu kontaktierender X-Server.

-Geometrie geom
Fenstergeometrie (Standard: fast der gesamte Bildschirm).

-bg Farbe
Hintergrundfarbe des Hauptfensters (Standard ist Schwarz).

-fg Farbe
Vordergrundfarbe des Hauptfensters (Standard: Weiß).

-fn Schriftartenname
Schriftart; (Standard ist 10x20).

-tbg Farbe
Texthintergrundfarbe (Standard ist Schwarz).

-tfg Farbe
Textfarbe (Standard ist Weiß).

-Mauszeiger Cursorname
Cursorname; sehen /usr/include/X11/cursorfont.h für Namen; Entfernen Sie das XC_-Präfix.

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