genom-music-bmr-calc-wig-covgp - Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

Genome Music bmr calc-wig-covg - Zählen Sie die abgedeckten Basen pro Gen für jeden gegebenen Wackel-Track
Datei formatieren.

VERSION

Dieses Dokument beschreibt genom music bmr calc-wig-covg Version 0.04 (2016-01-01 at
23: 10: 18)

ZUSAMMENFASSUNG

genom musik bmr calc-wig-covg --roi-file=? --reference-sequence=? --wig-list=?
--output-dir=?

Allgemeine Verwendung:

... Musik bmr calc-wig-covg \
--wig-list Eingabeverzeichnis/Perücke_Liste \
--output-dir ausgabe_dir/ \
--reference-sequence input_dir/all_sequences.fa \
--roi-file input_dir/all_coding_exons.tsv

ERFORDERLICH ARGUMENTE

roi-Datei Text
Tabulatorgetrennte Liste von ROIs [chr start stop gene_name] (Siehe Beschreibung)

Referenzsequenz Text
Pfad zur Referenzsequenz im FASTA-Format

Perückenliste Text
Tabulatorgetrennte Liste von WIG-Dateien [sample_name wig_file] (Siehe Beschreibung)

Ausgabeverzeichnis Text
Verzeichnis, in das Ausgabedateien und Unterverzeichnisse geschrieben werden

BESCHREIBUNG

Dieses Skript zählt Basen mit ausreichender Abdeckung in den ROIs jedes Gens aus gegebenem
wiggle-Track-Format-Dateien und kategorisiert sie in - AT-, CG- (Nicht-CpG-) und CpG-Zählungen.
Es addiert auch diese Basenzählungen über alle ROIs jedes Gens für jede Probe, aber
abgedeckte Basen, die innerhalb überlappender ROIs liegen, werden nicht mehr als einmal angerechnet
diese Summe zählt.

ARGUMENTE

--roi-Datei
Die Regionen von Interesse (ROIs) jedes Gens sind typischerweise Regionen, auf die
Sequenzierung oder sind fusionierte Exon-Loci (aus mehreren Transkripten) von Genen mit 2-bp
Flanken (Spleißstellen). Bei Basenzählungen pro Gen ist eine überlappende Base
jedes Mal gezählt, wenn es in einem ROI des gleichen Gens erscheint. Um dies zu vermeiden, stellen Sie sicher, dass
überlappende ROIs desselben Gens zusammenführen. Das mergeBed von BEDtools kann helfen, wenn es verwendet wird
pro Gen.
--Referenzsequenz
Die Referenzsequenz im FASTA-Format. Wenn kein Referenzsequenzindex gefunden wird
neben dieser Datei (eine .fai-Datei) wird sie erstellt.
- Perückenliste
Stellen Sie eine Datei mit den Sample-Namen und den Dateispeicherorten des Wiggle-Track-Formats für . bereit
jede einzelne. Verwenden Sie das tabulatorgetrennte Format [sample_name wig_file] pro Zeile. Zusätzliche Spalten
wie klinische Daten sind erlaubt, werden aber ignoriert. Der sample_name muss mit dem identisch sein
Namen von Tumorproben, die in der MAF-Datei verwendet werden (16. Spalte, mit der Überschrift
Tumor_Probe_Barcode).
--output-dir
Geben Sie ein Ausgabeverzeichnis an, in das Folgendes erstellt/geschrieben wird: roi_covgs:
Unterverzeichnis mit pro-ROI abgedeckten Basiszählungen für jede Probe. gen_covgs:
Unterverzeichnis, das die pro Gen abgedeckten Basenzählungen für jede Probe enthält. total_covgs:
Datei, die die gesamten nicht überlappenden Coverages pro Stichprobe enthält.

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