Dies ist der Befehl genom-music-galaxyp, der im kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks über eine unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, Windows-Online-Emulator oder MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
Genome Music Galaxy - Führen Sie die gesamte Suite von MuSiC-Tools nacheinander aus.
VERSION
Dieses Dokument beschreibt Genome Music Galaxy Version 0.04 (2016-01-01 um 23:10:18)
ZUSAMMENFASSUNG
Genommusikgalaxie [--output-dir=?] --bam-list=? --output-bundle=? --roi-file=?
--reference-sequence=? --maf-datei=? --pathway-file=? [--numeric-clinical-data-file=?]
[--kategorial-klinische-datendatei=?] [--mutationsmatrix-datei=?] [--permutationen=?]
[--normal-min-Tiefe=?] [--tumor-min-Tiefe=?] [--min-mapq=?] [--show-skipped]
[--genes-to-ignore=?] [--bmr=?] [--max-proximity=?] [--bmr-modifier-file=?]
[--numerical-data-test-method=?] [--skip-low-mr-genes] [--max-fdr=?]
[--genetic-data-type=?] [--wu-annotation-headers] [--bmr-groups=?]
[--separate-truncations] [--merge-concurrent-muts] [--skip-non-coding] [--skip-silent]
[--min-mut-genes-per-path=?] [--glm-model-file=?] [--processors=?] [--aa-range=?]
[--nuc-range=?] [--reference-build=?] [--show-known-hits] [--glm-clinical-data-file=?]
[--use-maf-in-glm] [--omimaa-dir=?] [--cosmic-dir=?] [--verbose]
[--clinical-correlation-matrix-file=?]
Dieses Tool verwendet als Parameter alle Informationen, die zum Ausführen der einzelnen Tools erforderlich sind. Ein
Beispielverwendung ist:
... Musik spielen \
--bam-list input/bams_to_analyze.txt \
--numeric-clinical-data-file input/numeric_clinical_data.csv \
--maf-file input/myMAF.tsv \
--output-dir play_output_dir \
--pathway-file input/pathway_db \
--Referenzsequenz input/refseq/all_sequences.fa \
--roi-file input/all_coding_regions.bed \
--genetic-data-type Gen
ERFORDERLICH ARGUMENTE
bam-liste Text
Tabulatorgetrennte Liste von BAM-Dateien [sample_name normal_bam tumor_bam]
Ausgabe-Bundle Text
Speicherort, an dem Galaxy das Bündel von Musikausgaben speichern möchte
roi-Datei Text
Tabulatorgetrennte Liste von ROIs [chr start stop gene_name]
Referenzsequenz Text
Pfad zur Referenzsequenz im FASTA-Format
maf-Datei Text
Liste der Mutationen nach TCGA MAF-Spezifikationen v2.3
Pfad-Datei Text
Tabulatorgetrennte Datei mit Pfadinformationen
OPTIONAL ARGUMENTE
Ausgabeverzeichnis
Verzeichnis, in das Ausgabedateien und Unterverzeichnisse geschrieben werden
Standardwert '' wenn nicht angegeben
Numerische-klinische-Datendatei Text
Tabelle der Proben (y) vs. numerische klinische Datenkategorie (x)
kategoriale-klinische-Datendatei Text
Tabelle der Proben (y) vs. Kategorie der kategorialen klinischen Daten (x)
Mutationsmatrix-Datei Text
Speichern Sie optional die Probe-gegen-Gen-Matrix, die während der Berechnungen verwendet wird.
Permutationen Nummer
Anzahl der Permutationen zur Bestimmung der P-Werte
Normal-Min-Tiefe ganze Zahl
Die minimale Lesetiefe, um eine normale BAM-Basis als abgedeckt zu betrachten
Tumor-Min-Tiefe ganze Zahl
Die minimale Lesetiefe, um eine Tumor-BAM-Basis als abgedeckt zu betrachten
min-mapq ganze Zahl
Die minimale Abbildungsqualität von Lesevorgängen, die in Bezug auf die Lesetiefe zu berücksichtigen ist, zählt
Show-übersprungen Boolean
Melden Sie jede übersprungene Mutation, nicht nur wie viele
Standardwert 'false' (--noshow-skipped), wenn nicht angegeben
Noshow-übersprungen Boolean
Show-übersprungene 'false' machen
Gene-zu-ignorieren Text
Durch Kommas getrennte Liste von Genen, die bei Hintergrundmutationsraten ignoriert werden sollen
bmr Nummer
Hintergrundmutationsrate in den Zielregionen
Max-Nähe Text
Maximaler AA-Abstand zwischen 2 Mutationen
bmr-modifier-Datei Text
Tabulatorgetrennte Liste von Werten pro Gen, die den BMR vor dem Testen ändern [gene_name
bmr_modifier]
Numerische-Daten-Test-Methode Text
Entweder 'cor' für Pearson-Korrelation oder 'wilcox' für den Wilcoxon-Rangsummentest für
numerische klinische Daten.
Standardwert 'cor', wenn nicht angegeben
skip-low-mr-gene Boolean
Überspringen Sie das Testen von Genen mit MRs, die niedriger sind als die Hintergrund-MR
Standardwert 'true', wenn nicht angegeben
noskip-low-mr-gene Boolean
Skip-low-mr-Gene 'falsch' machen
max-fdr Nummer
Die maximal zulässige Rate falscher Entdeckungen, damit ein Gen als SMG angesehen wird
Standardwert '0.2' wenn nicht angegeben
genetischer Datentyp Text
Die Daten in der Matrixdatei müssen entweder Daten vom Typ "Gen" oder "Variante" sein
Wu-Annotation-Header Boolean
Verwenden Sie dies, um standardmäßig die Kopfzeilen des wustl-Anmerkungsformats zu verwenden
nowu-annotation-header Boolean
Wu-Annotation-Header auf "falsch" setzen
bmr-gruppen ganze Zahl
Anzahl der Probencluster mit vergleichbaren BMRs
Standardwert '1' wenn nicht angegeben
getrennt-trunkierungen Boolean
Verkürzte Mutationen als separate Kategorie gruppieren
Standardwert 'false' (--noseparate-truncations), wenn nicht angegeben
keineseparaten-kürzungen Boolean
Trennen von Kürzungen 'falsch' machen
zusammenführen-gleichzeitig-muts Boolean
Mehrere Mutationen eines Gens in derselben Probe werden als 1 . behandelt
Standardwert 'false' (--nomerge-concurrent-muts), wenn nicht angegeben
nomerge-concurrent-muts Boolean
Merge-concurrent-muts 'false' machen
überspringen-nicht codieren Boolean
Überspringen Sie nicht-kodierende Mutationen aus der bereitgestellten MAF-Datei
Standardwert 'true', wenn nicht angegeben
noskip-nicht-codieren Boolean
Überspringen-Nicht-Codierung auf 'false' setzen
überspringen-stumm Boolean
Überspringen Sie stille Mutationen aus der bereitgestellten MAF-Datei
Standardwert 'true', wenn nicht angegeben
noskip-silent Boolean
Überspringen-stumm auf 'false' machen
min-mut-Gene-pro-Pfad ganze Zahl
Pfade mit weniger mutierten Genen werden ignoriert
Standardwert '1' wenn nicht angegeben
glm-Modelldatei Text
Datei mit Modelltyp, Antwortvariable, Kovarianten usw. für den GLM
Analyse. (Siehe Artikelbeschreibung).
Prozessoren ganze Zahl
Anzahl der in SMG zu verwendenden Prozessoren (erfordert die R-Pakete 'foreach' und 'doMC')
Standardwert '1' wenn nicht angegeben
aa-Bereich ganze Zahl
Legen Sie fest, wie nahe eine "beinahe" Übereinstimmung bei der Suche nach Aminosäuren in der Nähe von Treffern ist
Standardwert '2' wenn nicht angegeben
Nuk-Bereich ganze Zahl
Legen Sie fest, wie nahe eine "beinahe" Übereinstimmung ist, wenn nach einer Nukleotidposition in der Nähe von Treffern gesucht wird
Standardwert '5' wenn nicht angegeben
Referenz-Build Text
Geben Sie entweder "Build36" oder "Build37" ein.
Standardwert 'Build37' wenn nicht angegeben
zeige-bekannte-hits Boolean
Wenn ein Befund neu ist, zeigen Sie bekannte AA in diesem Gen
Standardwert 'true', wenn nicht angegeben
noshow-bekannte-hits Boolean
Machen Sie bekannte Hits "falsch"
glm-klinische-Datendatei Text
Klinische Merkmale, Mutationsprofile, andere gemischte klinische Daten (siehe BESCHREIBUNG).
Benutze-maf-in-glm Boolean
Setzen Sie dieses Flag, um die aus der MAF-Datei erstellte Variantenmatrix als Varianteneingabe für zu verwenden
GLM-Analyse.
Standardwert 'false' (--nouse-maf-in-glm), wenn nicht angegeben
nouse-maf-in-glm Boolean
Use-maf-in-glm 'false' machen
omimaa-dir Path
omim-Datenbankordner für Aminosäuremutationen
kosmisches-dir Path
Datenbankordner für kosmische Aminosäuremutationen
ausführlich Boolean
einschalten, um eine größere Arbeitsleistung anzuzeigen
Standardwert 'true', wenn nicht angegeben
wortgewandt Boolean
Ausführlich "falsch" machen
Klinische-Korrelations-Matrix-Datei Text
Speichern Sie optional die Probe-gegen-Gen-Matrix, die intern während der Berechnungen verwendet wird.
BESCHREIBUNG
Mit diesem Befehl können alle MuSiC-Analysetools für einen Datensatz ausgeführt werden. Bitte
Weitere Beschreibung der Parameter finden Sie in den einzelnen Tools.
AUTOREN
Thomas B. Mooney, MS
CREDITS
Bitte beachten Sie die Credits für Genom-Musik(1).
Verwenden Sie Genome-Music-Galaxyp online mit den onworks.net-Diensten
