Dies ist der Befehl „genome-music-mutation-relationp“, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
Genommusik-Mutationsbeziehung – Identifizieren Sie Beziehungen von Mutationen, die gleichzeitig oder gegenseitig sind
Exklusivität in Genen über Fälle hinweg.
VERSION
Dieses Dokument beschreibt die Genommusik-Mutationsbeziehung Version 0.04 (2016-01-01 at
23: 10: 18)
ZUSAMMENFASSUNG
Genommusik-Mutationsbeziehung --bam-list=? --maf-file=? --output-file=?
[--mutation-matrix-file=?] [--permutations=?] [--gene-list=?] [--skip-non-coding]
[--skip-silent]
... Musik-Mutations-Beziehung \
--maf-file /path/myMAF.tsv \
--permutations 1000 \
--output-file /path/mutation_relation.csv
ERFORDERLICH ARGUMENTE
bam-liste Text
Tabulatorgetrennte Liste von BAM-Dateien [sample_name, normal_bam, tumor_bam] (siehe Beschreibung)
maf-Datei Text
Liste der Mutationen im MAF-Format
Ausgabedatei Text
Ergebnisse des Mutations-Relations-Tools
OPTIONAL ARGUMENTE
Mutationsmatrix-Datei Text
Speichern Sie optional die Probe-gegen-Gen-Matrix, die während der Berechnungen verwendet wird.
Permutationen Nummer
Anzahl der Permutationen zur Bestimmung der P-Werte
Standardwert '100' wenn nicht angegeben
Genliste Text
Liste der zu testenden Gene, typischerweise SMGs. Sofern keine Angabe erfolgt, werden alle Gene in MAF getestet.
überspringen-nicht codieren Boolean
Überspringen Sie nicht-kodierende Mutationen aus der bereitgestellten MAF-Datei
Standardwert 'true', wenn nicht angegeben
noskip-nicht-codieren Boolean
Überspringen-Nicht-Codierung auf 'false' setzen
überspringen-stumm Boolean
Überspringen Sie stille Mutationen aus der bereitgestellten MAF-Datei
Standardwert 'true', wenn nicht angegeben
noskip-silent Boolean
Überspringen-stumm auf 'false' machen
BESCHREIBUNG
Dieses Modul analysiert eine Liste von Mutationen im MAF-Format und versucht, sie zu bestimmen
Beziehungen zwischen mutierten Genen. Es verwendet einen Korrelationstest, um festzustellen, ob welche vorhanden sind oder nicht
zwei Gene sind gleichzeitig mutiert (positive Korrelation) oder schließen sich gegenseitig aus
(negative Korrelation). Aufgrund der Möglichkeit stark unterschiedlicher Mutationszahlen
In verschiedenen Genen vorhanden, werden P-Werte mithilfe eingeschränkter Permutationen berechnet
Berücksichtigen Sie die Verteilung der Mutationszahlen zwischen den Proben. In der Ausgabe
Datei ist „pand“ der P-Wert für gleichzeitige Mutationsereignisse und „pexc“ der P-Wert für
sich gegenseitig ausschließende Mutationsereignisse.
ARGUMENTE
--bam-liste
Stellen Sie jeweils eine Datei mit Probennamen und normalen/Tumor-BAM-Speicherorten bereit. Verwenden
das tabulatorgetrennte Format [sample_name normal_bam tumor_bam] pro Zeile. Nur dieses Werkzeug
benötigt sample_name, damit alle anderen Spalten übersprungen werden können. Der sample_name muss der . sein
identisch mit den Namen der Tumorproben, die in der MAF-Datei verwendet werden (16. Spalte, mit der Überschrift
Tumor_Probe_Barcode).
AUTOREN
Nathan D. Dees, Ph.D.
Qunyuan Zhang, Ph.D.
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