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PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

Genommusik-Überleben – Erstellen Sie Überlebensdiagramme und P-Werte für klinische und mutationsbedingte
Phänotypen.

VERSION

Dieses Dokument beschreibt Genommusik-Überlebensversion 0.04 (2016 um 01:01:23)

ZUSAMMENFASSUNG

Überleben der Genommusik --bam-list=? --output-dir=? [--maf-file=?] [--skip-silent]
[--genetic-data-type=?] [--numeric-clinical-data-file=?]
[--categorical-clinical-data-file=?] [--glm-clinical-data-file=?]
[--phenotypes-to-include=?] [--legend-placement=?] [--skip-non-coding]

... Musiküberleben \
--bam-list /Pfad/meineBamListe.tsv \
--maf-file /path/myMAF.tsv \
--numeric-clinical-data-file /path/myNumericData.tsv \
--categorical-clinical-data-file /path/myClassData.tsv \
--output-dir /path/output_directory

... Musiküberleben \
--bam-list /Pfad/meineBamListe.tsv \
--maf-file /path/myMAF.tsv \
--glm-clinical-data-file /path/myGLMClinicalData.tsv \
--output-dir /path/output_directory

... Musiküberleben \
--bam-list /Pfad/meineBamListe.tsv \
--maf-file /path/myMAF.tsv \
--genetic-data-type 'gen' \
--glm-clinical-data-file /path/myGlmClinicalData.tsv \
--phenotypes-to-include 'Rasse,Geschlecht,TP53' \
--output-dir /path/output_directory

ERFORDERLICH ARGUMENTE

bam-liste Text
Liste der Probennamen, die in die Analyse einbezogen werden sollen. (Siehe Artikelbeschreibung)

Ausgabeverzeichnis Text
Verzeichnis, in das Ausgabedateien geschrieben werden

OPTIONAL ARGUMENTE

maf-Datei Text
Liste der Mutationen im MAF-Format

überspringen-stumm Boolean
Überspringen Sie stille Mutationen aus der bereitgestellten MAF-Datei

Standardwert 'true', wenn nicht angegeben

noskip-silent Boolean
Überspringen-stumm auf 'false' machen

genetischer Datentyp Text
Klinische Daten mit Daten auf „Gen“- oder „Varianten“-Ebene korrelieren

Standardwert 'gen' wenn nicht angegeben

Numerische-klinische-Datendatei Text
Tabelle der Proben (y) vs. numerische klinische Datenkategorie (x)

kategoriale-klinische-Datendatei Text
Tabelle der Proben (y) vs. Kategorie der kategorialen klinischen Daten (x)

glm-klinische-Datendatei Text
Klinische Merkmale, Mutationsprofile, andere gemischte klinische Daten (siehe BESCHREIBUNG).

Einzuschließende Phänotypen Text
Beziehen Sie nur diese Gene und/oder Phänotypen in die Analyse ein. (Komma-getrennt)

Legendenplatzierung Text
Wählen Sie „unten links“, „oben links“, „oben rechts“ oder „unten rechts“.

Standardwert „bottomleft“, falls nicht angegeben

überspringen-nicht codieren Boolean
Überspringen Sie nicht-kodierende Mutationen aus der bereitgestellten MAF-Datei

Standardwert 'true', wenn nicht angegeben

noskip-nicht-codieren Boolean
Überspringen-Nicht-Codierung auf 'false' setzen

BESCHREIBUNG

Dieser Befehl führt eine Überlebensanalyse durch und zeichnet Überlebenskurven für Mutationsdaten auf, z
sowie alle interessierenden klinischen Merkmale, wie über die Eingabe --phenotypes-to-include angegeben
Parameter. Die durchgeführten Analysen umfassen den Kaplan-Meier-Schätzer, gefolgt vom Cox
Proportionales Gefahrenmodell. Zu den Ergebnissen für jedes analysierte Gen/klinische Merkmal gehört das Überleben
Kurven, ein Hazard Ratio (mit Konfidenzintervallen) sowie P-Werte und FDRs, die das beschreiben
Bedeutung des Unterschieds zwischen Überlebenden und Nicht-Überlebenden.

Alle klinischen Datendateien werden nach dem erforderlichen (Groß- und Kleinschreibung beachten) „vital_status“ durchsucht.
und „days_to_last_followup“-Spalten, die über Proben-IDs für die Phänotypen gepaart sind
Überlebensanalyse. Die erste Spalte aller klinischen Datendateien MUSS die Probe enthalten
IDs, wie in anderen MuSiC-Tools. Standardmäßig wird die Analyse für jedes vorhandene Gen durchgeführt
im MAF. Optional kann die Analyse auf nur bestimmte Gene beschränkt werden, indem diese aufgelistet werden
(durch Kommas getrennt) nach dem Eingabeparameter --phenotypes-to-include. Überlebensanalyse kann
kann auch für andere Spalten in der klinischen Datendatei durchgeführt werden, indem die Spaltenüberschriften hinzugefügt werden
zur Liste der Einträge, die nach dem Eingabeparameter --phenotypes-to-include angegeben sind.

Hier sind einige allgemeine Richtlinien für die Erstellung klinischer Dateneingabedateien:

· Header sind erforderlich.

· Die erste Spalte jeder klinischen Datendatei muss mit diesen übereinstimmende Proben-IDs enthalten
sowohl in der --bam-list als auch in der MAF-Variantenliste (in der MAF ist dies die
(insbesondere die Spalte „Tumor_Sample_Barcode“).

· In mindestens einer der eingegebenen klinischen Datendateien Spalten mit der Überschrift „vital_status“
und „days_to_last_followup“ (ohne Berücksichtigung der Groß-/Kleinschreibung) müssen vorhanden sein. „vital_status“ muss sein
abgegrenzt durch Einsen und Nullen, wobei 1 „lebend“ und 0 „verstorben“ bedeutet.

Beachten Sie, dass alle Eingabedateien durch Tabulatoren getrennt sein müssen.

ARGUMENTE

--bam-liste
Stellen Sie jeweils eine Datei mit Probennamen und normalen/Tumor-BAM-Speicherorten bereit. Verwenden
das tabulatorgetrennte Format [sample_name normal_bam tumor_bam] pro Zeile. Nur dieses Werkzeug
benötigt sample_name, damit alle anderen Spalten übersprungen werden können. Der sample_name muss der . sein
identisch mit den Namen der Tumorproben, die in der MAF-Datei verwendet werden (16. Spalte, mit der Überschrift
Tumor_Probe_Barcode).

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