geom – Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

geom – analysiert eine molekulare Geometrieeingabe in kartesischen Koordinaten.

BESCHREIBUNG

Das Programm geom liest einen Satz kartesischer Koordinaten und ermittelt daraus die Bindung
Abstände (Bohr und Angström), Bindungswinkel, Torsionswinkel, Winkel außerhalb der Ebene
(optional), Trägheitsmomente und Rotationskonstanten.

DATEIEN ERFORDERLICH

input.dat – Eingabedatei
und eines der folgenden:
geom.dat – Geometriedatei
file11.dat – Geometrie-/Gradientendatei im PSI-Format

DATEIEN ERZEUGT

geom.out – Datei, die die Analyse enthält

SPEISUNG OPTIONAL

Das geom Das Programm bietet folgende Optionen:

-h Hilfeinformationen drucken (diese Optionen).

-Asse [Dateinamen]
Lesen Sie die Eingabe in einem ACES-Ausgabeformat, wobei jede Zeile aus Atomen besteht
Symbol, Ordnungszahl und kartesische Koordinaten (in Bohr). Das optionale Argument
ist der Name der Geometrieeingabedatei, der standardmäßig lautet geom.dat.

-qchem [Dateinamen]
Lesen Sie die Eingabe in einem QCHEM-Ausgabeformat, wobei jede Zeile aus dem Atom besteht
Zahl, das Atomsymbol und kartesische Koordinaten (in Angström). Die Wahl
Das Argument ist der Name der Geometrieeingabedatei, der standardmäßig lautet geom.dat.

-xyz [Dateinamen]
Lesen Sie die Eingabe in einem XYZ-Ausgabeformat. Die erste Zeile enthält die Anzahl der
Atome und die zweite Zeile ist eine Kommentarzeile. Nachfolgende Zeilen enthalten jeweils die
Atomsymbol und kartesische XY- und Z-Koordinaten (in Angström). Die Wahl
Das Argument ist der Name der Geometrieeingabedatei, der standardmäßig lautet geom.dat.

-oop Drucken Sie Winkel außerhalb der Ebene, wobei der Winkel abcd als der gebildete Winkel definiert ist
durch den Vektor ad und die durch die Atome b, c und d definierte Ebene.

DO_OOP = boolean
Identisch mit dem oben beschriebenen Befehlszeilenschalter -oop.

ISOTOPEN = Matrix of reelle Zahlen/Strings
Wird verwendet, um Massen anzugeben, die bei der Berechnung des Massenschwerpunkts und verwendet werden sollen
Rotationskonstanten. Für jedes zu berechnende Isotopomer wird ein Array bereitgestellt.
Die Arrays können Gleitkommazahlen mit Zeichenfolgen mischen, die Isotope bezeichnen.
Wenn dieses Array nicht angegeben ist und file11.dat vorhanden ist, sind die Massen vorhanden
erhalten durch Konvertierung der Ordnungszahlen in Datei11. Wenn Massen nicht gegeben sind durch
ISOTOPES oder per Datei11, dann werden keine massenbezogenen Größen berechnet.

-g [Dateinamen]
Lesen Sie kartesische Koordinaten aus einer anderen Datei als file11.dat. Wenn ein Dateiname nicht vorhanden ist
gegeben, der Standardwert ist geom.dat. Es wird davon ausgegangen, dass die alternative Datei in einem Format vorliegt
ähnlich dem von geom.dat des PSI. Da solche Dateien keine Ordnungszahlen enthalten,
Bei dieser Option werden die Trägheitsmomente und Rotationskonstanten nicht berechnet
wird eingesetzt.

READ_GEOM = boolean
Diese Option in input.dat sagt geom um die Geometrie aus geom.dat im PSI zu lesen
geom.dat-Format.

-a Druckparameter für alle Paarabstände.

PRINT_ALL_DIST = boolean
Identisch mit der oben beschriebenen Flagge -a.

-d Abstand
Drucken Sie nur Parameter mit Atompaaren, die kleiner als sind Abstand Bohr
auseinander (Standardwert ist 4.0 Bohr).

PRINT_DISTANCE = Wert
Identisch mit der oben beschriebenen Flagge -d.

-Angström
Die Eingabekoordinaten sind in Angström und nicht in Bohr angegeben.

ANGSTROM = boolean
If TRUE, die Eingabekoordinaten werden in Angström statt in Bohr angegeben. Die Standardeinstellung ist
FALSCH.

Das folgende Beispiel dient zur Berechnung der geometrischen Informationen für Wasser mit
mehrere verschiedene Isotope. Die Geometrie wird aus geom.dat und nicht aus gelesen
Datei11.dat.

geom: (
read_geom = true
Isotope = (
(OHH)
(SELTSAM)
(O18 1.007825 1.007825)
))

5 Juni, 1998 geom(1)

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