Dies ist der Befehl getcds.pl, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
getcds.pl – CDS-Extraktion aus verschiedenen Annotationsformaten
ZUSAMMENFASSUNG
getcds.pl [Optionen] Eingabedatei [Ausgabedatei] [Eingabedatei [Ausgabedatei] ...]
OPTIONAL
Zu den Optionen gehören:
Redirect => Eine Umleitung zur Laufzeit aktivieren. unten erklärt.
force => erlaubt das Schreiben leerer .cds-Dateien
Wenn [Ausgabedatei] nicht spezifiziert ist, wird „[Eingabedatei].cds“ verwendet.
Es gibt jede Menge dunkle Magie, die mit .redirect-Dateien ausgeführt werden kann. Weiterleitungen werden verwendet
um das normale Verhalten zu ändern und kann auf globaler Basis angewendet werden (eine .redirect-Datei in
im selben Verzeichnis wie [Eingabedatei]) und/oder auf Eingabebasis ([Eingabedatei].redirect).
Weiterleitungen werden in dieser Reihenfolge gelesen, sodass die Effekte pro Eingabe zusätzlich zu den globalen angewendet werden
Effekte.
Wenn Sie den Dateinamen von einem Ensembl-Download unverändert gelassen haben, wird die entsprechende Ensembl-Datenbank verwendet
Die Quelle wird automatisch erraten.
Mögliche Weiterleitungen:
CDS – ändert, nach welchem Tag-Typ bei der Ausführung auf Bioperl-Dateien gesucht wird (Standard ist CDS)
Offset – Füge allen Koordinaten einen Wert hinzu
+bioperl – extrahieren Sie zusätzlich zu allen anderen weiterleitungsbasierten Daten auch Annotationen über bioperl
(Durch die Verwendung eines Direct wird der Parser von Bioperl standardmäßig deaktiviert.)
ensembl_build – Daten aus dem Ensemble abrufen (im angegebenen Schema)
ucsc_build – Daten abrufen von (im angegebenen Schema)
murasaki_synth – Annotationsdaten für jeden Anker aus einer Ausrichtung synthetisieren (falls vorhanden).
ein Verzeichnis, dann wird jede Eingabedatei (z. B. input.lav) auf entsprechende .anchors überprüft
Datei (z. B. input.anchors).
primär – welcher Typ von Tags soll aus Daten erstellt werden, die von externen Daten erfasst wurden (z. B.:
ensembl, ucsc oder murasaki). Der Standardwert ist derselbe wie bei der CDS-Umleitung.
Chromosom – erzwingt ein bestimmtes Chromosom, anstatt vom Dateinamen abzuleiten
gtf – Anmerkung aus einer .gtf-Datei extrahieren
Nutzen Sie getcds.pl online über die Dienste von onworks.net
