Dies ist der Befehl glam2, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
glam2 – Lückenhafte lokale Ausrichtung von Motiven
ZUSAMMENFASSUNG
Glam2 [Optionen] Alphabet my_seqs.fa
Ein anderes Alphabet als p or n wird als Name einer Alphabetdatei interpretiert.
BESCHREIBUNG
GLAM2 ist ein Softwarepaket zum Auffinden von Motiven in Sequenzen, typischerweise Aminosäuren oder
Nukleotidsequenzen. Ein Motiv ist ein wiederkehrendes Sequenzmuster: Typische Beispiele sind das
TATA-Box und das CAAX-Prenylierungsmotiv. Die Hauptinnovation von GLAM2 besteht darin, dass es dies ermöglicht
Einfügungen und Löschungen in Motiven.
OPTIONAL (URSPRÜNGLICH DIE EINSTELLUNGEN)
-h
Alle Optionen und ihre Standardeinstellungen anzeigen.
-o
Ausgabedatei (stdout).
-r
Anzahl der Ausrichtungsläufe (10).
-n
Beenden Sie jeden Lauf nach so vielen Iterationen ohne Verbesserung (10000).
-2
Untersuchen Sie beide Stränge - Vorwärts- und Rückwärtskomplement.
-z
Mindestanzahl von Sequenzen im Alignment (2).
-a
Mindestanzahl ausgerichteter Spalten (2).
-b
Maximale Anzahl ausgerichteter Spalten (50).
-w
Anfängliche Anzahl ausgerichteter Spalten (20).
-d
Dirichlet-Mischungsdatei.
-D
Pseudoanzahl löschen (0.1).
-E
Pseudoanzahl ohne Löschung (2.0).
-I
Einfügungs-Pseudozahl (0.02).
-J
Pseudozähler ohne Einfügung (1.0).
-q
Gewichtung für generische versus sequenzsatzspezifische Resthäufigkeiten (1e + 99).
-t
Anfangstemperatur (1.2).
-c
Kühlfaktor pro n Iterationen (1.44).
-u
Temperaturuntergrenze (0.1).
-p
Drucken Sie Fortschrittsinformationen bei jeder Iteration.
-m
Spalten-Sampling-Bewegungen pro Site-Sampling-Bewegung (1.0).
-x
Site-Sampling-Algorithmus: 0=SCHNELL 1=LANGSAM 2=FFT (0).
-s
Startwert für Pseudozufallszahlen (1).
Nutzen Sie glam2 online über die Dienste von onworks.net
