Dies ist der Befehl gmx-angle, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
gmx-angle – Berechnen Sie Verteilungen und Korrelationen für Winkel und Dieder
ZUSAMMENFASSUNG
GMX-Winkel [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]] [-od [<.xvg>]]
[-ov [<.xvg>]] [-oder [<.xvg>]] [-ot [<.xvg>]] [-Oh [<.xvg>]]
[-oc [<.xvg>]] [-Oder [<.trr>]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-[jetzt] [-xvg ] [-Art ]
[-[Nicht alle] [-Binbreite ] [-[no]periodisch]
[-[nein]chandler] [-[no]avercorr] [-acflen ]
[-[no]normalisieren] [-P ] [-fitfn ]
[-Beginfit ] [-Endfit ]
BESCHREIBUNG
gmx Winkel Berechnet die Winkelverteilung für eine Reihe von Winkeln oder Dieder.
Mit der Option -ovkönnen Sie den durchschnittlichen Winkel einer Winkelgruppe als Funktion von darstellen
Zeit. Mit dem -alles Option, das erste Diagramm ist der Durchschnitt und der Rest ist der Einzelwert
Winkel.
Mit der -oder Option, gmx Winkel berechnet auch den Anteil der trans-Dieder (nur für
Dieder) als Funktion der Zeit, aber das macht wahrscheinlich nur einigen wenigen Spaß.
Mit der Option -ocwird eine Diederkorrelationsfunktion berechnet.
Es ist zu beachten, dass die Indexdatei Atomtripel für Winkel oder Atom enthalten muss
Vierlinge für Dieder. Ist dies nicht der Fall, stürzt das Programm ab.
Mit der Option -Oder, wird eine Trajektoriendatei ausgegeben, die cos und sin der ausgewählten Dieder enthält
Winkel, die anschließend als Eingabe für eine Hauptkomponentenanalyse verwendet werden können
gmx covar.
Option -ot Diagramme, wenn Übergänge zwischen Diederrotameren der Multiplizität 3 und auftreten
-Oh zeichnet ein Histogramm der Zeiten zwischen solchen Übergängen auf, vorausgesetzt, die Eingabe erfolgt
Trajektorienrahmen sind zeitlich gleichmäßig verteilt.
OPTIONAL
Optionen zum Angeben von Eingabedateien:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Flugbahn: xtc trr cpt gro g96 pdb tng
-n [<.ndx>] (angle.ndx)
Indexdatei
Optionen zum Angeben von Ausgabedateien:
-od [<.xvg>] (angdist.xvg)
xvgr/xmgr-Datei
-ov [<.xvg>] (angaver.xvg) (Optional)
xvgr/xmgr-Datei
-oder [<.xvg>] (dihfrac.xvg) (Optional)
xvgr/xmgr-Datei
-ot [<.xvg>] (dihtrans.xvg) (Optional)
xvgr/xmgr-Datei
-Oh [<.xvg>] (tristo.xvg) (Optional)
xvgr/xmgr-Datei
-oc [<.xvg>] (dihcorr.xvg) (Optional)
xvgr/xmgr-Datei
-Oder [<.trr>] (traj.trr) (Optional)
Flugbahn im tragbaren XDR-Format
Andere Optionen:
-b (0)
Erster Frame (ps), der von der Flugbahn gelesen werden soll
-e (0)
Letzter Frame (ps), der von der Flugbahn gelesen werden soll
-DT (0)
Frame nur verwenden, wenn t MOD dt = erstes Mal (ps)
-[jetzt (Nein)
Ausgabe ansehen .xvg, .xpm, .eps und .pdb Dateien
-xvg
xvg-Plotformatierung: xmgrace, xmgr, none
-Art (Winkel)
Zu analysierender Winkeltyp: Winkel, Diederwinkel, uneigentlich, Ryckaert-Bellemans
-[Nicht alle (Nein)
Tragen Sie alle Winkel separat in der Durchschnittsdatei in der Reihenfolge ihres Auftretens ein
Indexdatei.
-Binbreite (1)
Binbreite (Grad) zur Berechnung der Verteilung
-[no]periodisch (Ja)
Diederwinkel modulo 360 Grad drucken
-[nein]chandler (Nein)
Verwenden Sie die Chandler-Korrelationsfunktion (N[trans] = 1, N[gauche] = 0) anstelle des Kosinus
Korrelationsfunktion. Trans ist definiert als Phi < -60 oder Phi > 60.
-[no]avercorr (Nein)
Mitteln Sie die Korrelationsfunktionen für die einzelnen Winkel/Verschneidungen
-acflen (-1)
Länge des ACF, Standard ist die halbe Anzahl der Frames
-[no]normalisieren (Ja)
ACF . normalisieren
-P (0)
Ordnung des Legendre-Polynoms für ACF (0 bedeutet keines): 0, 1, 2, 3
-fitfn (Keine)
Fit-Funktion: keine, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9
-Beginfit (0)
Zeitpunkt, an dem die exponentielle Anpassung der Korrelationsfunktion beginnt
-Endfit (-1)
Zeitpunkt, an dem die exponentielle Anpassung der Korrelationsfunktion beendet wird, -1 ist bis zum
Ende
BEKANNT PROBLEME
· Das Zählen von Übergängen funktioniert nur für Dieder mit Multiplizität 3
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