gmx_d – Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

gmx - Molekulardynamik-Simulationssuite

ZUSAMMENFASSUNG

gmx [-[nein]h] [-[Nein]Ruhe] [-[keine]Version] [-[kein Urheberrecht] [-nett ]
[-[kein]Backup]

BESCHREIBUNG

GROMACS ist eine voll ausgestattete Suite von Programmen zur Durchführung von Molekulardynamik-Simulationen,
dh das Verhalten von Systemen mit Hunderten bis Millionen von Partikeln zu simulieren mit
Newtonsche Bewegungsgleichungen. Es wird hauptsächlich für die Erforschung von Proteinen, Lipiden und
Polymere, können aber für eine Vielzahl chemischer und biologischer Forschungen eingesetzt werden
Fragen.

OPTIONAL

Andere Optionen:

-[nein]h (Nein)
Hilfe ausdrucken und beenden

-[Nein]Ruhe (Nein)
Drucken Sie keine allgemeinen Startinformationen oder Anführungszeichen

-[keine]Version (Nein)
Erweiterte Versionsinformationen drucken und beenden

-[kein Urheberrecht (Ja)
Copyright-Informationen beim Start drucken

-nett (19)
Setze das nicelevel (Standard hängt vom Befehl ab)

-[kein]Backup (Ja)
Backups schreiben, wenn Ausgabedateien vorhanden sind

GMX BEFEHLE

Die folgenden Befehle sind verfügbar. Bitte beziehen Sie sich auf die jeweiligen Manpages oder gmx
Hilfe für weitere Details.

Flugbahn Analyse
gmx-Gangle(1)
Winkel berechnen

gmx-distanz(1)
Abstände zwischen Positionspaaren berechnen

gmx-freevolume(1)
Freies Volumen berechnen

gmx-pairdist(1)
Berechnen Sie paarweise Abstände zwischen Positionsgruppen

gmx-rdf(1)
Berechnen Sie radiale Verteilungsfunktionen

gmx-sasa(1)
Berechnen der lösungsmittelzugänglichen Oberfläche

gmx-select(1)
Allgemeine Informationen zur Auswahl drucken

Erzeugen von Topologien und Koordinaten
gmx-editconf(1)
Bearbeiten Sie das Feld und schreiben Sie Untergruppen

gmx-x2top(1)
Generiere eine primitive Topologie aus Koordinaten

gmx-solvat(1)
Solvate ein System

gmx-insert-Moleküle(1)
Moleküle in vorhandene Leerstellen einfügen

gmx-genconf(1)
Multiplizieren Sie eine Konformation in 'zufälligen' Orientierungen

gmx-genion(1)
Generiere monoatomare Ionen an energetisch günstigen Positionen

gmx-genrestr(1)
Positionsbeschränkungen oder Abstandsbeschränkungen für Indexgruppen generieren

gmx-pdb2gmx(1)
Konvertieren von Koordinatendateien in Topologie- und FF-kompatible Koordinatendateien

Laufen a Simulation
gmx-grompp(1)
Erstellen Sie eine Laufeingabedatei

gmx-mdrun(1)
Führen Sie eine Simulation durch, führen Sie eine Normalmodusanalyse oder eine Energieminimierung durch

gmx-convert-tpr(1)
Erstellen Sie eine modifizierte Run-Input-Datei

Anzeigen Flugbahnen
gmx-nmtraj(1)
Erzeuge eine virtuelle oszillierende Trajektorie aus einem Eigenvektor

gmx-Ansicht(1)
Anzeigen einer Flugbahn auf einem X-Windows-Terminal

In Bearbeitung Energien
gmx-enemat(1)
Extrahieren einer Energiematrix aus einer Energiedatei

gmx-energie(1)
Schreibt Energien in xvg-Dateien und zeigt Durchschnittswerte an

gmx-mdrun(1)
(Neu)berechnen Sie Energien für Trajektorienrahmen mit -rerun

weiterverarbeitende Industrie Dateien
gmx-editconf(1)
Konvertieren und manipulieren von Strukturdateien

gmx-eneconv(1)
Energiedateien konvertieren

gmx-sigeps(1)
Konvertieren Sie c6/12 oder c6/cn Kombinationen in und von Sigma/Epsilon

gmx-trjcat(1)
Trajektoriendateien verketten

gmx-trjconv(1)
Konvertieren und manipulieren Sie Flugbahndateien

gmx-xpm2ps(1)
Konvertieren Sie XPM (XPixelMap)-Matrizen in Postscript oder XPM

Tools
gmx-analyse(1)
Datensätze analysieren

gmx-dyndom(1)
Strukturrotationen interpolieren und extrapolieren

gmx-filter(1)
Frequenzfilter-Trajektorien, nützlich für die Erstellung glatter Filme

gmx-lüge(1)
Schätzen Sie die freie Energie aus Linearkombinationen

gmx-morph(1)
Linear zwischen Konformationen interpolieren

gmx-pme_error(1)
Schätzen Sie den Fehler bei der Verwendung von PME mit einer bestimmten Eingabedatei ein

gmx-Schein(1)
Berechnen Sie freie Energien oder andere Histogramme aus Histogrammen

gmx-räumlich(1)
Berechnen Sie die räumliche Verteilungsfunktion

gmx-traj(1)
Plot x, v, f, Box, Temperatur und Rotationsenergie aus Trajektorien

gmx-tune_pme(1)
Zeit mdrun als Funktion der PME-Ränge zur Optimierung der Einstellungen

gmx-wham(1)
Führen Sie eine gewichtete Histogrammanalyse nach der Regenschirmstichprobe durch

gmx-check(1)
Dateien prüfen und vergleichen

gmx-dump(1)
Machen Sie Binärdateien für Menschen lesbar

gmx-make_ndx(1)
Indexdateien erstellen

gmx-mk_angndx(1)
Indexdateien für 'gmx angle' generieren

gmx-trjorder(1)
Moleküle nach ihrem Abstand zu einer Gruppe ordnen

gmx-xpm2ps(1)
Konvertieren Sie XPM (XPixelMap)-Matrizen in Postscript oder XPM

Entfernungen zwischen Strukturen
gmx-cluster(1)
Clusterstrukturen

gmx-confirms(1)
Passen Sie zwei Strukturen an und berechnen Sie den RMSD

gmx-rms(1)
Berechnen von RMSDs mit einer Referenzstruktur und RMSD-Matrizen

gmx-rmsf(1)
Berechnen Sie atomare Fluktuationen

Entfernungen in Strukturen übrig Zeit
gmx-mindist(1)
Berechnen Sie den Mindestabstand zwischen zwei Gruppen

gmx-mdmat(1)
Berechnen Sie Rückstandskontaktkarten

gmx-polystat(1)
Berechnen statischer Eigenschaften von Polymeren

gmx-rmsdist(1)
Berechnen Sie Atompaarabstände gemittelt mit Potenz -2, -3 oder -6

Masse Verteilung immobilien übrig Zeit
gmx-gyrate(1)
Berechnen Sie den Trägheitsradius

gmx-msd(1)
Berechnet mittlere quadratische Verschiebungen

gmx-polystat(1)
Berechnen statischer Eigenschaften von Polymeren

gmx-rdf(1)
Berechnen Sie radiale Verteilungsfunktionen

gmx-rotacf(1)
Berechnen Sie die Rotationskorrelationsfunktion für Moleküle

gmx-rotmat(1)
Plotten Sie die Rotationsmatrix zur Anpassung an eine Referenzstruktur

gmx-sans(1)
Berechnen von Kleinwinkel-Neutronenstreuspektren

gmx-saxophone(1)
Berechnen von Kleinwinkel-Röntgenstreuspektren

gmx-traj(1)
Plot x, v, f, Box, Temperatur und Rotationsenergie aus Trajektorien

gmx-vanhove(1)
Berechne Van-Hove-Verschiebungs- und Korrelationsfunktionen

Analyse gebunden Interaktionen
gmx-Winkel(1)
Berechnen Sie Verteilungen und Korrelationen für Winkel und Dieder

gmx-mk_angndx(1)
Indexdateien für 'gmx angle' generieren

Strukturell immobilien
gmx-anadock(1)
Clusterstrukturen aus Autodock-Läufen

gmx-Bundle(1)
Analyse von Achsenbündeln, zB Helices

gmx-clustergröße(1)
Größenverteilungen von Atomclustern berechnen

gmx-disre(1)
Abstandsbeschränkungen analysieren

gmx-hbond(1)
Berechnen und analysieren Sie Wasserstoffbrücken

gmx-Bestellung(1)
Berechnen Sie den Ordnungsparameter pro Atom für Kohlenstoffschwänze

gmx-Auftraggeber(1)
Berechnen Sie die Hauptträgheitsachsen für eine Gruppe von Atomen

gmx-rdf(1)
Berechnen Sie radiale Verteilungsfunktionen

gmx-salzbr(1)
Salzbrücken berechnen

gmx-sorient(1)
Analysieren Sie die Lösungsmittelorientierung um gelöste Stoffe

gmx-spol(1)
Analysieren Sie die Lösungsmitteldipolorientierung und -polarisation um gelöste Stoffe

Kinetic immobilien
gmx-bar(1)
Berechnen Sie die Schätzungen der freien Energiedifferenz mithilfe des Bennett-Akzeptanzverhältnisses

gmx-aktuell(1)
Berechnen der Dielektrizitätskonstanten und der aktuellen Autokorrelationsfunktion

gmx-dos(1)
Analysieren Sie die Dichte von Zuständen und Eigenschaften basierend darauf

gmx-farbstoff(1)
Extraktion von Farbstoffdynamiken aus Flugbahnen

gmx-Auftraggeber(1)
Berechnen Sie die Hauptträgheitsachsen für eine Gruppe von Atomen

gmx-tcaf(1)
Viskositäten von Flüssigkeiten berechnen

gmx-traj(1)
Plot x, v, f, Box, Temperatur und Rotationsenergie aus Trajektorien

gmx-vanhove(1)
Berechne Van-Hove-Verschiebungs- und Korrelationsfunktionen

gmx-velacc(1)
Berechnen Sie Geschwindigkeits-Autokorrelationsfunktionen

Elektrostatisch immobilien
gmx-aktuell(1)
Berechnen der Dielektrizitätskonstanten und der aktuellen Autokorrelationsfunktion

gmx-Dielektrikum(1)
Berechnen frequenzabhängiger Dielektrizitätskonstanten

gmx-Dipole(1)
Berechnen Sie den Gesamtdipol plus Fluktuationen

gmx-Potenzial(1)
Berechnen Sie das elektrostatische Potenzial über der Box

gmx-spol(1)
Analysieren Sie die Lösungsmitteldipolorientierung und -polarisation um gelöste Stoffe

gmx-genion(1)
Generiere monoatomare Ionen an energetisch günstigen Positionen

Proteinspezifisch Analyse
gmx-do_dssp(1)
Sekundärstruktur zuweisen und lösemittelzugängliche Oberfläche berechnen

gmx-chi(1)
Berechnen Sie alles, was Sie über Chi und andere Dieder wissen möchten

gmx-Helix(1)
Berechnen Sie die grundlegenden Eigenschaften von Alpha-Helices

gmx-helixorient(1)
Berechnen Sie die lokale Steigung/Biegung/Rotation/Ausrichtung innerhalb von Helices

gmx-rama(1)
Berechnen von Ramachandran-Plots

gmx-Rad(1)
Wendelräder auftragen

Schnittstellen
gmx-Bundle(1)
Analyse von Achsenbündeln, zB Helices

gmx-Dichte(1)
Berechnen Sie die Dichte des Systems

gmx-densmap(1)
Berechnen von planaren oder axial-radialen 2D-Dichtekarten

gmx-densorder(1)
Oberflächenschwankungen berechnen

gmx-h2order(1)
Berechnen Sie die Orientierung von Wassermolekülen

gmx-hydorder(1)
Berechne Tetraederparameter um ein gegebenes Atom

gmx-Bestellung(1)
Berechnen Sie den Ordnungsparameter pro Atom für Kohlenstoffschwänze

gmx-Potenzial(1)
Berechnen Sie das elektrostatische Potenzial über der Box

Kovarianz Analyse
gmx-anaeig(1)
Analysiere die Eigenvektoren

gmx-covar(1)
Berechnen und diagonalisieren Sie die Kovarianzmatrix

gmx-make_edi(1)
Generieren Sie Eingabedateien für das wesentliche Dynamik-Sampling

Normal Modi
gmx-anaeig(1)
Analysiere die normalen Modi

gmx-nmeig(1)
Diagonale des Hessian für die Normalmodusanalyse

gmx-nmtraj(1)
Erzeuge eine virtuelle oszillierende Trajektorie aus einem Eigenvektor

gmx-nmens(1)
Generieren Sie ein Ensemble von Strukturen aus den normalen Modi

gmx-grompp(1)
Erstellen Sie eine Laufeingabedatei

gmx-mdrun(1)
Finden Sie ein potentielles Energieminimum und berechnen Sie die Hessische

COPYRIGHT

2015, GROMACS-Entwicklungsteam

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