gmx-density - Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

gmx-density - Berechnen Sie die Dichte des Systems

ZUSAMMENFASSUNG

gmx-Dichte [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]] [-s [<.tpr>]]
[-ei [<.dat>]] [-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-[jetzt] [-xvg ] [-d ]
[-sl ] [-Höhle ] [-ng ] [-[kein]Zentrum]
[-[nein]symm] [-[kein]Verwandter]

BESCHREIBUNG

gmx Dichte berechnet partielle Dichten über die gesamte Box mithilfe einer Indexdatei.

Für die Gesamtdichte von NPT-Simulationen verwenden Sie gmx Energie stattdessen.

Option -Center führt das Histogramm-Binning relativ zum Mittelpunkt eines beliebigen
Gruppe, in absoluten Boxkoordinaten. Wenn Sie Profile entlang der Z-Achse berechnen
Dimension bZ, würde die Ausgabe von -bZ/2 bis bZ/2 sein, wenn Sie basierend auf dem gesamten System zentrieren.
Beachten Sie, dass sich dieses Verhalten in GROMACS 5.0 geändert hat; frühere Versionen führten lediglich a
statisches Binning in (0,bZ) und verschiebt die Ausgabe. Nun berechnen wir den Mittelpunkt für jeden Frame
und bin in (-bZ/2, bZ/2).

Option -symm symmetrisiert die Ausgabe um das Zentrum. Dies schaltet sich automatisch ein
-Center auch. Möglichkeit -relativ führt das Binning in relativer statt in absoluter Box durch
Koordinaten und skaliert die endgültige Ausgabe mit der durchschnittlichen Box-Dimension entlang der Ausgabe
Achse. Dies kann in Kombination mit verwendet werden -Center.

Dichten sind in kg/m^3 und Zahlendichten oder Elektronendichten können auch sein
berechnet. Für Elektronendichten eine Datei, die die Anzahl der Elektronen für jede beschreibt
Art des Atoms sollte bereitgestellt werden mit -ei. Es sollte so aussehen:

2
Atomname = nrelectrons
Atomname = nrelectrons

Die erste Zeile enthält die Anzahl der Zeilen, die aus der Datei gelesen werden sollen. Es sollte einen geben
Zeile für jeden eindeutigen Atomnamen in Ihrem System. Die Anzahl der Elektronen für jedes Atom ist
durch seine atomare Teilladung modifiziert.

WICHTIGE HINWEISE FÜR BILAYER

Eines der häufigsten Anwendungsszenarien ist die Berechnung der Dichte verschiedener Gruppen
über eine Lipiddoppelschicht, typischerweise mit der z-Achse die normale Richtung. Kurz gesagt
Simulationen, kleine Systeme und feste Boxgrößen funktionieren gut, aber für mehr
Im Allgemeinen können Lipiddoppelschichten kompliziert sein. Das erste Problem, das während beide
Proteine ​​und Lipide haben eine geringe Volumenkompressibilität, Lipide haben eine ziemlich große Fläche
Kompressibilität. Dies bedeutet, dass die Form der Box (Dicke und Fläche/Lipid) schwankt
im Wesentlichen sogar für ein völlig entspanntes System. Da GROMACS die Box zwischen den
Ursprung und positive Koordinaten, dies wiederum bedeutet, dass eine Doppelschicht in der Box zentriert ist
wird sich aufgrund dieser Schwankungen etwas nach oben/unten bewegen und Ihr Profil verwischen. Das einfachste
Um dies zu beheben (wenn Sie eine Druckkupplung wünschen), verwenden Sie die -Center Option, dass
berechnet das Dichteprofil in Bezug auf die Mitte der Box. Beachten Sie, dass Sie
zentrieren Sie sich immer noch auf dem Doppelschichtteil, auch wenn Sie ein komplexes nichtsymmetrisches System mit a . haben
Doppelschicht und, sagen wir, Membranproteine ​​- dann hat unsere Ausgabe einfach mehr Werte auf einem
Seite der (Mitte) Ursprungsreferenz.

Selbst die zentrierte Berechnung führt zu einem gewissen Verschmieren der Ausgabeprofile, da
Lipide selbst werden komprimiert und expandiert. In den meisten Fällen möchten Sie dies wahrscheinlich (da
es entspricht makroskopischen Experimenten), aber wenn Sie molekulare Details betrachten möchten
du kannst den ... benutzen -relativ Option, um noch mehr Lautstärkeeffekte zu entfernen
Schwankungen.

Schließlich zeigen große Doppelschichten, die keiner Oberflächenspannung unterliegen, wellenförmige
Fluktuationen, bei denen sich "Wellen" im System bilden. Dies ist eine grundlegende
Eigenschaft des biologischen Systems, und wenn Sie mit Experimenten vergleichen, werden Sie wahrscheinlich
den wellenförmigen Schmiereffekt einbeziehen möchten.

OPTIONAL

Optionen zum Angeben von Eingabedateien:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Flugbahn: xtc trr cpt gro g96 pdb tng

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Optional)
Indexdatei

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Tragbare xdr-Eingabedatei ausführen

-ei [<.dat>] (elektronen.dat) (Optional)
Generische Datendatei

Optionen zum Angeben von Ausgabedateien:

-o [<.xvg>] (Dichte.xvg)
xvgr/xmgr-Datei

Andere Optionen:

-b (0)
Erster Frame (ps), der von der Flugbahn gelesen werden soll

-e (0)
Letzter Frame (ps), der von der Flugbahn gelesen werden soll

-DT (0)
Frame nur verwenden, wenn t MOD dt = erstes Mal (ps)

-[jetzt (Nein)
Ausgabe ansehen .xvg, .xpm, .eps und .pdb Dateien

-xvg
xvg-Plotformatierung: xmgrace, xmgr, none

-d (Z)
Nehmen Sie die Normale auf der Membran in Richtung X, Y oder Z.

-sl (50)
Teilen Sie die Box in diese Anzahl von Scheiben.

-Höhle (Masse)
Dichte: Masse, Zahl, Ladung, Elektron

-ng (1)
Anzahl der Gruppen, deren Dichten berechnet werden sollen.

-[kein]Zentrum (Nein)
Führen Sie das Binning relativ zur Mitte des (ändernden) Kästchens durch. Nützlich zum
Doppelschichten.

-[nein]symm (Nein)
Symmetrisieren Sie die Dichte entlang der Achse in Bezug auf die Mitte. Nützlich zum
Doppelschichten.

-[kein]Verwandter (Nein)
Verwenden Sie relative Koordinaten zum Ändern von Feldern und skalieren Sie die Ausgabe nach durchschnittlichen Abmessungen.

BEKANNT PROBLEME

· Bei der Berechnung von Elektronendichten werden Atomnamen anstelle von Typen verwendet. Das ist schlecht.

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