gmx-helix – Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

gmx-helix – Grundlegende Eigenschaften von Alpha-Helices berechnen

ZUSAMMENFASSUNG

gmx helix [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]]
[-cz [<.gro/.g96/...>]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-[jetzt] [-r0 ] [-[nein]q] [-[nein]F]
[-[no]db] [-[nein]ev] [-ahxstart ] [-ahxend ]

BESCHREIBUNG

gmx Helix berechnet alle Arten von Helixeigenschaften. Zunächst wird das Peptid auf seinen Fund überprüft
der längste helikale Teil, bestimmt durch Wasserstoffbrückenbindungen und Phi/Psi-Winkel. Das ist es
angepasst an eine ideale Helix um die z-Achse und zentriert um den Ursprung. Dann ist die
Folgende Eigenschaften werden berechnet:

· Helixradius (Datei Radius.xvg). Dies ist lediglich die RMS-Abweichung in zwei Dimensionen
für alle Calpha-Atome. es wird als sqrt((sum_i (x^2(i)+y^2(i)))/N) berechnet, wobei N ist
die Anzahl der Rückgratatome. Für eine ideale Helix beträgt der Radius 0.23 nm.

· Twist (Datei Twist.xvg). Der durchschnittliche Spiralwinkel pro Rest wird berechnet. Für ein
Alpha-Helix beträgt 100 Grad, bei 3-10 Helices ist er kleiner und bei 5-Helices
es wird größer sein.

· Anstieg pro Rückstand (Datei Aufstieg.xvg). Der helikale Anstieg pro Rest wird als dargestellt
Unterschied in z-Koordination zwischen Calpha-Atomen. Für eine ideale Helix beträgt diese 0.15 nm.

· Gesamthelixlänge (Datei len-ahx.xvg). Die Gesamtlänge der Helix in nm. Das ist
einfach der durchschnittliche Anstieg (siehe oben) mal die Anzahl der helikalen Reste (siehe unten).

· Helix-Dipol, nur Rückgrat (Datei dip-ahx.xvg).

· RMS-Abweichung von der idealen Helix, nur für die Calpha-Atome berechnet (Datei
rms-ahx.xvg).

· Durchschnittlicher Calpha-Calpha-Diederwinkel (Datei phi-ahx.xvg).

· Durchschnittliche Phi- und Psi-Winkel (Datei phipsi.xvg).

· Elliptizität bei 222 nm nach Hirst und Brooks.

OPTIONAL

Optionen zum Angeben von Eingabedateien:

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Tragbare xdr-Eingabedatei ausführen

-n [<.ndx>] (index.ndx)
Indexdatei

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Flugbahn: xtc trr cpt gro g96 pdb tng

Optionen zum Angeben von Ausgabedateien:

-cz [<.gro/.g96/...>] (zconf.gro)
Strukturdatei: gro g96 pdb brk ent insb

Andere Optionen:

-b (0)
Erster Frame (ps), der von der Flugbahn gelesen werden soll

-e (0)
Letzter Frame (ps), der von der Flugbahn gelesen werden soll

-DT (0)
Frame nur verwenden, wenn t MOD dt = erstes Mal (ps)

-[jetzt (Nein)
Ausgabe ansehen .xvg, .xpm, .eps und .pdb Dateien

-r0 (1)
Die erste Restnummer in der Sequenz

-[nein]q (Nein)
Überprüfen Sie bei jedem Schritt, welcher Teil der Sequenz spiralförmig ist

-[nein]F (Ja)
Passen Sie die Anpassung an eine perfekte Helix an

-[no]db (Nein)
Drucken Debug-Informationen

-[nein]ev (Nein)
Schreiben Sie eine neue „Trajektorien“-Datei für ED

-ahxstart (0)
Erster Rest in der Helix

-ahxend (0)
Letzter Rest in der Helix

Nutzen Sie gmx-helix online über die Dienste von onworks.net