Dies ist der Befehl gmx-rmsf, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
gmx-rmsf – Berechnen Sie atomare Fluktuationen
ZUSAMMENFASSUNG
gmx rmsf [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-q [<.pdb>]] [-oq [<.pdb>]] [-Ochse [<.pdb>]] [-o [<.xvg>]]
[-od [<.xvg>]] [-oc [<.xvg>]] [ist [<.log>]] [-b ]
[-e ] [-DT ] [-[jetzt] [-xvg ] [-[no]res]
[-[no]aniso] [-[passt nicht]
BESCHREIBUNG
gmx rmsf berechnet die quadratische Mittelwertschwankung (RMSF, d. h. Standardabweichung) von
Atompositionen in der Flugbahn (im Lieferumfang enthalten). -f) nach (optional) Anpassung an a
Referenzrahmen (im Lieferumfang enthalten). -s).
Mit der Option -oq Die RMSF-Werte werden in B-Faktor-Werte umgewandelt, die in a geschrieben werden
.pdb Datei mit den Koordinaten, der Strukturdatei oder einer .pdb Datei wann -q is
angegeben. Möglichkeit -Ochse schreibt die B-Faktoren in eine Datei mit den Durchschnittskoordinaten.
Mit der Option -od die quadratische mittlere Abweichung in Bezug auf die Referenzstruktur
ist berechnet.
Mit der Option -aniso, gmx rmsf berechnet anisotrope Temperaturfaktoren und dann
gibt auch durchschnittliche Koordinaten aus und a .pdb Datei mit ANISOU-Datensätzen (entsprechend
-oq or -Ochse Möglichkeit). Bitte beachten Sie, dass die U-Werte orientierungsabhängig sind, also vorher
Beim Vergleich mit experimentellen Daten sollten Sie sicherstellen, dass Sie zum Experiment passen
Koordinaten.
Wenn eine .pdb Die Eingabedatei wird an das Programm übergeben und die -aniso Flag ist eine Korrelation gesetzt
Es wird ein Diagramm des Uij erstellt, wenn anisotrope Temperaturfaktoren im vorhanden sind
.pdb Datei.
Mit der Option ist Die durchschnittliche MSF (3x3)-Matrix ist diagonalisiert. Hier wird die Wegbeschreibung angezeigt
in dem die Atome am stärksten und am wenigsten schwanken.
OPTIONAL
Optionen zum Angeben von Eingabedateien:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Flugbahn: xtc trr cpt gro g96 pdb tng
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Struktur+Masse(db): tpr gro g96 pdb brk ent
-n [<.ndx>] (index.ndx) (Optional)
Indexdatei
-q [<.pdb>] (eiwit.pdb) (Optional)
Proteindatenbankdatei
Optionen zum Angeben von Ausgabedateien:
-oq [<.pdb>] (bfac.pdb) (Optional)
Proteindatenbankdatei
-Ochse [<.pdb>] (xaver.pdb) (Optional)
Proteindatenbankdatei
-o [<.xvg>] (rmsf.xvg)
xvgr/xmgr-Datei
-od [<.xvg>] (rmsdev.xvg) (Optional)
xvgr/xmgr-Datei
-oc [<.xvg>] (correl.xvg) (Optional)
xvgr/xmgr-Datei
ist [<.log>] (rmsf.log) (Optional)
Logdatei
Andere Optionen:
-b (0)
Erster Frame (ps), der von der Flugbahn gelesen werden soll
-e (0)
Letzter Frame (ps), der von der Flugbahn gelesen werden soll
-DT (0)
Frame nur verwenden, wenn t MOD dt = erstes Mal (ps)
-[jetzt (Nein)
Ausgabe ansehen .xvg, .xpm, .eps und .pdb Dateien
-xvg
xvg-Plotformatierung: xmgrace, xmgr, none
-[no]res (Nein)
Berechnen Sie Durchschnittswerte für jeden Rückstand
-[no]aniso (Nein)
Berechnen Sie anisotrope Temperaturfaktoren
-[passt nicht (Ja)
Führen Sie eine Überlagerung der kleinsten Quadrate durch, bevor Sie RMSF berechnen. Ohne dies müssen Sie auskommen
Stellen Sie sicher, dass die Referenzstruktur und die Flugbahn übereinstimmen.
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