Dies ist der Befehl gmx-rotacf, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
gmx-rotacf – Berechnen Sie die Rotationskorrelationsfunktion für Moleküle
ZUSAMMENFASSUNG
gmx rotacf [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [-DT ]
[-[jetzt] [-xvg ] [-[nicken] [-[nein]aver]
[-acflen ] [-[no]normalisieren] [-P ]
[-fitfn ] [-Beginfit ] [-Endfit ]
BESCHREIBUNG
gmx rotacf berechnet die Rotationskorrelationsfunktion für Moleküle. Atomtripel
(i,j,k) muss in der Indexdatei angegeben werden und zwei Vektoren ij und jk definieren. Die Rotation
ACF wird als Autokorrelationsfunktion des Vektors n = ij x jk berechnet, d. h
Kreuzprodukt der beiden Vektoren. Da drei Atome eine Ebene aufspannen, ist die Ordnung der drei
Atome spielen keine Rolle. Optional durch Aufrufen von -d Schalter, Sie können das berechnen
Rotationskorrelationsfunktion für lineare Moleküle durch Angabe von Atompaaren (i,j) in der
Indexdatei.
Beispiele:
gmx rotacf -P 1 -nparm 2 -fft -n Index -o rotacf-x-P1 -Fa expfit-x-P1 -Beginfit 2.5
-Endfit 20.0
Dadurch wird die Rotationskorrelationsfunktion mithilfe eines Legendre erster Ordnung berechnet
Polynom des Winkels eines durch die Indexdatei definierten Vektors. Die Korrelationsfunktion
wird von 2.5 ps bis 20.0 ps an eine Zwei-Parameter-Exponentialfunktion angepasst.
OPTIONAL
Optionen zum Angeben von Eingabedateien:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Flugbahn: xtc trr cpt gro g96 pdb tng
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Tragbare xdr-Eingabedatei ausführen
-n [<.ndx>] (index.ndx)
Indexdatei
Optionen zum Angeben von Ausgabedateien:
-o [<.xvg>] (rotacf.xvg)
xvgr/xmgr-Datei
Andere Optionen:
-b (0)
Erster Frame (ps), der von der Flugbahn gelesen werden soll
-e (0)
Letzter Frame (ps), der von der Flugbahn gelesen werden soll
-DT (0)
Frame nur verwenden, wenn t MOD dt = erstes Mal (ps)
-[jetzt (Nein)
Ausgabe ansehen .xvg, .xpm, .eps und .pdb Dateien
-xvg
xvg-Plotformatierung: xmgrace, xmgr, none
-[nicken (Nein)
Verwenden Sie Indexdubletts (Vektoren) für die Korrelationsfunktion anstelle von Tripletts (Ebenen).
-[nein]aver (Ja)
Durchschnitt über Moleküle
-acflen (-1)
Länge des ACF, Standard ist die halbe Anzahl der Frames
-[no]normalisieren (Ja)
ACF . normalisieren
-P (0)
Ordnung des Legendre-Polynoms für ACF (0 bedeutet keines): 0, 1, 2, 3
-fitfn (Keine)
Fit-Funktion: keine, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9
-Beginfit (0)
Zeitpunkt, an dem die exponentielle Anpassung der Korrelationsfunktion beginnt
-Endfit (-1)
Zeitpunkt, an dem die exponentielle Anpassung der Korrelationsfunktion beendet wird, -1 ist bis zum
Ende
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