Dies ist der Befehl gmx-rotmat, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
gmx-rotmat – Zeichnen Sie die Rotationsmatrix zur Anpassung an eine Referenzstruktur
ZUSAMMENFASSUNG
gmx rotmat [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [-DT ]
[-[jetzt] [-xvg ] [-Ref ] [-überspringen ]
[-[no]fitxy] [-[nein]mw]
BESCHREIBUNG
gmx rotmat stellt die Rotationsmatrix dar, die für die Anpassung der kleinsten Quadrate an eine Konformation erforderlich ist
auf die mit bereitgestellte Referenzkonformation -s. Die Übersetzung wird vor dem Anpassen entfernt.
Die Ausgabe sind die drei Vektoren, die die neuen Richtungen der x-, y- und z-Richtung angeben
der Referenzkonformation, zum Beispiel: (zx,zy,zz) ist die Orientierung der Referenz
Z-Achse im Flugbahnrahmen.
Dieses Werkzeug ist beispielsweise nützlich, um die Orientierung eines Moleküls an einem Ort zu bestimmen
Schnittstelle, möglicherweise auf einer mit erzeugten Flugbahn gmx trjconv -passen rotxy+transxy zu entfernen
die Rotation im xy Flugzeug.
Option -Ref Bestimmt eine Referenzstruktur für die Anpassung, anstatt die Struktur zu verwenden
für -s. Es wird die Struktur mit der niedrigsten RMSD-Summe im Vergleich zu allen anderen Strukturen verwendet.
Da der Rechenaufwand dieses Verfahrens mit dem Quadrat der Anzahl wächst
Rahmen, die -überspringen Option kann nützlich sein. Eine vollständige Passform oder nur eine Passform xy Flugzeug kann sein
durchgeführt.
Option -fitxy passt in die xy Ebene vor der Bestimmung der Rotationsmatrix.
OPTIONAL
Optionen zum Angeben von Eingabedateien:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Flugbahn: xtc trr cpt gro g96 pdb tng
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Struktur+Masse(db): tpr gro g96 pdb brk ent
-n [<.ndx>] (index.ndx) (Optional)
Indexdatei
Optionen zum Angeben von Ausgabedateien:
-o [<.xvg>] (rotmat.xvg)
xvgr/xmgr-Datei
Andere Optionen:
-b (0)
Erster Frame (ps), der von der Flugbahn gelesen werden soll
-e (0)
Letzter Frame (ps), der von der Flugbahn gelesen werden soll
-DT (0)
Frame nur verwenden, wenn t MOD dt = erstes Mal (ps)
-[jetzt (Nein)
Ausgabe ansehen .xvg, .xpm, .eps und .pdb Dateien
-xvg
xvg-Plotformatierung: xmgrace, xmgr, none
-Ref (Keine)
Bestimmen Sie die optimale Referenzstruktur: keine, xyz, xy
-überspringen (1)
Benutzen Sie jeden nr-ten Frame für -Ref
-[no]fitxy (Nein)
Passen Sie die x/y-Rotation an, bevor Sie die Rotation bestimmen
-[nein]mw (Ja)
Verwenden Sie eine massengewichtete Anpassung
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