gmx-select - Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

gmx-select - Allgemeine Informationen zur Auswahl drucken

ZUSAMMENFASSUNG

gmx auswählen [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-Knochen [<.xvg>]] [-oc [<.xvg>]] [-oi [<.dat>]]
[-On [<.ndx>]] [-om [<.xvg>]] [-oder [<.xvg>]]
[-ofpdb [<.pdb>]] [-olt [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-Sie ] [-xvg ] [-[no]rmpbc]
[-[nein]pbc] [-sf ] [-selrpos ]
[-seltyp ] [-auswählen ] [-[keine]Norm]
[-[no]cfnorm] [-resnr ] [-pdbatoms ]
[-[nein]kumlt]

BESCHREIBUNG

gmx wählen schreibt grundlegende Daten über dynamische Selektionen aus. Es kann für einige einfache verwendet werden
Analysen, oder die Ausgabe kann mit der Ausgabe aus anderen Programmen und/oder externen kombiniert werden
Analyseprogramme, um komplexere Dinge zu berechnen. Für detaillierte Hilfe zur Auswahl
Syntax, bitte verwenden gmx Hilfe Auswahl.

Jede Kombination der Ausgabeoptionen ist möglich, aber beachten Sie, dass -om funktioniert nur auf dem
erste Auswahl. Beachten Sie auch, dass keine Ausgabe erzeugt wird, wenn Sie keine Ausgabeoptionen angeben.

Mit der -Knochen, berechnet die Anzahl der Positionen in jeder Auswahl für jeden Frame. Mit -Norm,
die Ausgabe liegt zwischen 0 und 1 und beschreibt den Bruch aus der maximalen Anzahl von
Positionen (zB für die Auswahl 'rename RA and x < 5' ist die maximale Anzahl der Positionen
die Anzahl der Atome in RA-Resten). Mit -cfnorm, wird die Ausgabe durch den Bruch geteilt
durch die Auswahl abgedeckt. -Norm machen -cfnorm kann unabhängig von einem angegeben werden
eine andere.

Mit der -oc, wird der von jeder Auswahl abgedeckte Bruch als Funktion der Zeit ausgeschrieben.

Mit der -oi, werden die ausgewählten Atome/Reste/Moleküle als Funktion der Zeit ausgeschrieben. In
die Ausgabe, die erste Spalte enthält die Framezeit, die zweite enthält die Anzahl der
Positionen, gefolgt von den Atom-/Rest-/Molekülnummern. Wenn mehr als eine Auswahl ist
angegeben, folgt die Größe der zweiten Gruppe unmittelbar auf die letzte Zahl der ersten
Gruppe und so weiter.

Mit der -On, werden die ausgewählten Atome als Indexdatei geschrieben, die kompatibel mit make_ndx und für
Analysewerkzeuge. Jede Selektion wird als Selektionsgruppe und für dynamische Selektionen geschrieben
für jeden Frame wird eine Gruppe geschrieben.

Für Restzahlen ist die Ausgabe von -oi kann gesteuert werden mit -resnr: Anzahl (Default)
druckt die Restzahlen so, wie sie in der Eingabedatei erscheinen, während Index druckt einzigartig
Nummern, die den Resten in der Reihenfolge zugewiesen werden, in der sie in der Eingabedatei erscheinen, beginnend mit
1. Ersteres ist intuitiver, aber wenn die Eingabe mehrere Reste mit demselben enthält
Zahl, kann die Ausgabe weniger nützlich sein.

Mit der -om, wird eine Maske für die erste Auswahl als Funktion der Zeit gedruckt. Jede Zeile in
die Ausgabe entspricht einem Frame und enthält entweder 0/1 für jeden
Atom/Rest/Molekül möglicherweise ausgewählt. 1 steht für das Atom/Rest/Molekül Wesen
für das aktuelle Bild ausgewählt, 0 für nicht ausgewählt.

Mit der -oder, der Belegungsanteil jeder Position (dh der Anteil der Frames, bei denen die
Position ausgewählt ist) wird gedruckt.

Mit der -ofpdb, wird eine PDB-Datei geschrieben, in der die Belegungsspalte mit dem
Besetzungsanteil jedes Atoms in der Auswahl. Die Koordinaten in der PDB-Datei sind
die aus der Eingangstopologie. -pdbatoms kann verwendet werden, um zu steuern, welche Atome in der
Ausgabe-PDB-Datei: mit alle alle Atome sind vorhanden, mit maxsel alle Atome möglicherweise ausgewählt
durch die Auswahl vorhanden sind, und mit ausgewählt nur Atome, die mindestens in ausgewählt sind
ein Rahmen ist vorhanden.

Mit der -olt, wird ein Histogramm erstellt, das die Anzahl der ausgewählten Positionen als a . anzeigt
Funktion der Zeit, in der die Position kontinuierlich gewählt wurde. -kumlt kann zur Steuerung verwendet werden
ob Teilintervalle mit längeren Intervallen im Histogramm enthalten sind.

-om, -oder und -olt nur bei dynamischen Selektionen sinnvoll.

OPTIONAL

Optionen zum Angeben von Eingabedateien:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (Optional)
Eingabetrajektorie oder Einzelkonfiguration: xtc trr cpt gro g96 pdb tng

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (Optional)
Eingabestruktur: tpr gro g96 pdb brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Optional)
Zusätzliche Indexgruppen

Optionen zum Angeben von Ausgabedateien:

-Knochen [<.xvg>] (Größe.xvg) (Optional)
Anzahl der Positionen in jeder Auswahl

-oc [<.xvg>] (cfrac.xvg) (Optional)
Abgedeckter Anteil für jede Auswahl

-oi [<.dat>] (index.dat) (Optional)
Von jeder Auswahl ausgewählte Indizes

-On [<.ndx>] (index.ndx) (Optional)
Indexdatei aus der Auswahl

-om [<.xvg>] (Maske.xvg) (Optional)
Maske für ausgewählte Positionen

-oder [<.xvg>] (Belegung.xvg) (Optional)
Belegter Anteil für ausgewählte Positionen

-ofpdb [<.pdb>] (Belegung.pdb) (Optional)
PDB-Datei mit belegtem Bruchteil für ausgewählte Positionen

-olt [<.xvg>] (lebensdauer.xvg) (Optional)
Lebensdauer-Histogramm

Andere Optionen:

-b (0)
Erster Frame (ps), der von der Flugbahn gelesen werden soll

-e (0)
Letzter Frame (ps), der von der Flugbahn gelesen werden soll

-DT (0)
Frame nur verwenden, wenn t MOD dt == erstes Mal (ps)

-Sie (ps)
Einheit für Zeitwerte: fs, ps, ns, us, ms, s

-xvg (Xmgrace)
Plotformatierung: keine, xmgrace, xmgr

-[no]rmpbc (Ja)
Machen Sie die Moleküle für jeden Frame ganz

-[nein]pbc (Ja)
Periodische Randbedingungen zur Entfernungsberechnung verwenden

-sf
Auswahl aus Dateien bereitstellen

-selrpos (Atom)
Auswahl Referenzpositionen: atom, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog,
ganz_res_com, ganz_res_cog, ganz_mol_com, ganz_mol_cog, part_res_com,
part_res_cog, part_mol_com, part_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com,
dyn_mol_cog

-seltyp (Atom)
Ausgangspositionen für die Standardauswahl: atom, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog,
ganz_res_com, ganz_res_cog, ganz_mol_com, ganz_mol_cog, part_res_com,
part_res_cog, part_mol_com, part_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com,
dyn_mol_cog

-auswählen
Auswahl zu analysieren

-[keine]Norm (Nein)
Normalisieren nach Gesamtzahl der Positionen mit -os

-[no]cfnorm (Nein)
Normalisieren nach bedecktem Bruch mit -os

-resnr (Nummer)
Ausgabeart der Restzahl mit -oi und -on: Zahl, Index

-pdbatoms (alle)
Mit -ofpdb zu schreibende Atome: all, maxsel, selected

-[nein]kumlt (Ja)
Kumuliere Teilintervalle längerer Intervalle in -olt

Verwenden Sie gmx-select online mit den onworks.net-Diensten