Dies ist der Befehl gmx-spatial, der im kostenlosen OnWorks-Hosting-Provider über eine unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, Windows-Online-Emulator oder MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
gmx-spatial - Berechnen Sie die räumliche Verteilungsfunktion
ZUSAMMENFASSUNG
gmx räumlich [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-b ] [-e ] [-DT ] [-[jetzt] [-[nein]pbc]
[-[nein]div] [-ign ] [-Behälter ] [-schnappen ]
BESCHREIBUNG
gmx räumliche berechnet die räumliche Verteilungsfunktion und gibt sie in einer Form aus, die
von VMD als Gaussian98-Würfelformat gelesen werden. Für ein System aus 32,000 Atomen und einer 50 ns
Flugbahn kann das SDF in etwa 30 Minuten generiert werden, wobei die meiste Zeit dafür vorgesehen ist
zu den beiden Durchläufen trjconv die erforderlich sind, um alles richtig zu zentrieren. Dies
nimmt auch eine ganze Menge Platz ein (3 Kopien der Flugbahndatei). Trotzdem die Bilder
sind hübsch und sehr informativ, wenn die passende Auswahl richtig getroffen wird. 3-4 Atome in
eine weithin mobile Gruppe (wie eine freie Aminosäure in Lösung) funktioniert gut, oder wählen Sie die
Proteinrückgrat in einer stabilen gefalteten Struktur, um die SDF des Lösungsmittels zu erhalten und die
zeitgemittelte Solvathülle. Es ist auch möglich, mit diesem Programm die SDF . zu generieren
basierend auf einer beliebigen kartesischen Koordinate. Lassen Sie dazu einfach das Vorläufige weg gmx
trjconv Schritte.
Verwendung:
1. Benutzen gmx make_ndx um eine Gruppe zu erstellen, die die Atome enthält, um die das SDF
2. gmx trjconv -s a.tpr -f a.tng -o b.tng -boxcenter tric -ur kompakt -pbc keine
3. gmx trjconv -s a.tpr -f b.tng -o c.tng -passen rot+trans
4. laufen gmx räumliche auf die c.tng Ausgabe von Schritt #3.
5. Laden Gitter.Würfel in VMD und als Isofläche anzeigen.
Note die Systeme wie Mizellen benötigen gmx trjconv -pbc Gruppe zwischen den Schritten 1
und 2.
Warnungen
Die SDF wird für einen Cube generiert, der alle Bins enthält, die einige Nicht-Null haben
Belegung. Allerdings ist die Vorbereitung -passen rot+trans Option zu gmx trjconv impliziert, dass
Ihr System wird sich im Raum drehen und verschieben (damit die ausgewählte Gruppe
nicht). Daher sind die zurückgegebenen Werte nur für eine bestimmte Region gültig
um Ihre zentrale Gruppe/Koordinate, die sich vollständig mit der Systemlautstärke überschneidet
das gesamte translatierte/rotierte System im Verlauf der Trajektorie. Es liegt an der
Benutzer, um sicherzustellen, dass dies der Fall ist.
Riskant Optionen
Um den Platz- und Zeitaufwand zu reduzieren, können Sie nur die Koordinaten ausgeben, die
wird im ersten und nachfolgenden Durchlauf verwendet gmx trjconv. Achten Sie jedoch darauf, dass
Stellen Sie den -schnappen Option auf einen ausreichend hohen Wert, da Speicher für Cube-Bins zugewiesen wird
basierend auf den Anfangskoordinaten und dem -schnappen Optionswert.
OPTIONAL
Optionen zum Angeben von Eingabedateien:
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Struktur+Masse(db): tpr gro g96 pdb brk ent
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Flugbahn: xtc trr cpt gro g96 pdb tng
-n [<.ndx>] (index.ndx) (Optional)
Indexdatei
Andere Optionen:
-b (0)
Erster Frame (ps), der von der Flugbahn gelesen werden soll
-e (0)
Letzter Frame (ps), der von der Flugbahn gelesen werden soll
-DT (0)
Frame nur verwenden, wenn t MOD dt = erstes Mal (ps)
-[jetzt (Nein)
Ausgabe ansehen .xvg, .xpm, .eps und .pdb Dateien
-[nein]pbc (Nein)
Verwenden Sie periodische Randbedingungen zur Berechnung von Entfernungen
-[nein]div (Ja)
Berechnen und Anwenden des Divisors für Bin-Belegungen basierend auf Atomen/Minimalwürfel
Größe. Als TRUE für die Visualisierung und als FALSE (-nodiv) um genaue Zählungen zu erhalten
pro Rahmen
-ign (-1)
Zeigen Sie diese Anzahl von äußeren Würfeln nicht an (positive Werte können die Grenze verringern
Sprenkel; -1 sorgt dafür, dass die Außenfläche sichtbar ist)
-Behälter (0.05)
Breite der Behälter (nm)
-schnappen (4)
Anzahl zusätzlicher Bins, um die richtige Speicherzuweisung zu gewährleisten
BEKANNT PROBLEME
· Wenn der zugewiesene Speicher nicht groß genug ist, kann ein Segmentierungsfehler auftreten. Das ist
wird normalerweise erkannt und das Programm wird vor dem Fehler angehalten, während eine Warnung angezeigt wird
Nachricht, die die Verwendung der -schnappen (Anzahl zusätzlicher Fächer) Option. Allerdings ist die
Programm erkennt nicht alle diese Ereignisse. Wenn ein Segmentierungsfehler auftritt, führen Sie ihn aus
wieder mit einem erhöhten -schnappen Wert.
Verwenden Sie gmx-spatial online mit den onworks.net-Diensten
