Dies ist der Befehl gmx-view, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
gmx-view – Zeigen Sie eine Flugbahn auf einem X-Windows-Terminal an
ZUSAMMENFASSUNG
GMX-Ansicht [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]] [-b ]
[-e ] [-DT ]
BESCHREIBUNG
gmx view ist der GROMACS-Flugbahnbetrachter. Dieses Programm liest eine Trajektoriendatei, einen Lauf
Eingabedatei und eine Indexdatei und zeichnet eine 3D-Struktur Ihres Moleküls auf Ihrem Standard-X auf
Fensterscheibe. Es ist keine High-End-Grafik-Workstation erforderlich, es funktioniert sogar mit Monochrom
Bildschirme
Folgende Features wurden implementiert: 3D-Ansicht, Rotation, Translation und Skalierung
Ihrer Moleküle, Beschriftungen von Atomen, Animation von Flugbahnen, Ausdruck in PostScript
Format, benutzerdefinierte Atomfilter, läuft auf MIT-X (echtes X), offene Fenster und Motiv, Benutzer
benutzerfreundliche Menüs, Option zum Entfernen der Periodizität, Option zum Anzeigen des Berechnungsfelds.
Einige der gebräuchlicheren X-Befehlszeilenoptionen können verwendet werden: -bg, -fg Farben ändern, -Schriftart
Schriftartenname ändert die Schriftart.
OPTIONAL
Optionen zum Angeben von Eingabedateien:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Flugbahn: xtc trr cpt gro g96 pdb tng
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Tragbare xdr-Eingabedatei ausführen
-n [<.ndx>] (index.ndx) (Optional)
Indexdatei
Andere Optionen:
-b (0)
Erster Frame (ps), der von der Flugbahn gelesen werden soll
-e (0)
Letzter Frame (ps), der von der Flugbahn gelesen werden soll
-DT (0)
Frame nur verwenden, wenn t MOD dt = erstes Mal (ps)
BEKANNT PROBLEME
· Die Option „Bälle“ funktioniert nicht
· Manchmal wird der Kern ohne guten Grund gelöscht
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