Dies ist der Befehl go-dag-summaryp, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
go-dag-summary – fasst eine Ontologie zusammen
ZUSAMMENFASSUNG
go-dag-summary ontology/gene_ontology.obo
BESCHREIBUNG
Fasst eine Ontologie zusammen
ARGUMENTE
-e FEHLERDATEI
schreibt Parse-Fehler in XML - standardmäßig auf STDERR (es sollten keine Parse-Fehler im Brunnen vorhanden sein)
gebildete Dateien)
-p FORMAT
bestimmt, welcher Parser verwendet werden soll; Wenn nicht angegeben, wird eine Schätzung basierend auf der Datei erstellt
Suffix. Formate siehe unten
-Cache verwenden
Wenn dieser Schalter angegeben ist, wird der Caching-Modus aktiviert.
Im Caching-Modus wird beim ersten Parsen einer Datei eine zusätzliche Datei erstellt
in ein spezielles Format exportiert, das schnell geparst werden kann. Diese Datei hat den gleichen Dateinamen
wie die Originaldatei, außer dass sie das Suffix ".cache" hat.
Wenn Sie die Datei das nächste Mal parsen, überprüft dieses Programm automatisch, ob die Datei vorhanden ist
der Datei ".cache". Wenn sie existiert und neuer ist als die von Ihnen angegebene Datei, wird dies
wird stattdessen geparst. Wenn es nicht existiert, wird es neu erstellt.
AUSGABE
Eine Zeile pro Ontologie
Jede Zeile hat die folgenden Spalten
Eingabedateiname
Gesamtzahl der Begriffe
Gesamtzahl der Beziehungen
Gesamtzahl der Wege
Durchschnittliche Anzahl an Pfaden pro Term (p/t)
maximale Anzahl von Pfaden für jeden Begriff
ID des Begriffs mit maximaler Anzahl an Pfaden
HINWEIS: Veraltete Begriffe sind nicht enthalten
DOKUMENTATION
<http://www.godatabase.org/dev>
SEHEN AUCH
<http://www.fruitfly.org/~cjm/obol/doc/go-complexity.html>
Nutzen Sie go-dag-summaryp online über die Dienste von onworks.net
