Dies ist der Befehl gt-cds, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
gt-cds – CDS-Funktionen (Codierungssequenz) zu den in der GFF3-Datei angegebenen Exon-Funktionen hinzufügen.
ZUSAMMENFASSUNG
gt cds [Option ...] [GFF3_file]
BESCHREIBUNG
-Minorflen [Wert]
Legen Sie die Mindestlänge fest, die ein offener Leserahmen (ORF) haben muss, um als CDS hinzugefügt zu werden
Merkmal (gemessen in Aminosäuren) (Standard: 64)
-Startcodon [ja|nein]
erfordern, dass ein ORF mit einem Startcodon beginnen muss (Standard: nein)
-finalstopcodon [ja|nein]
erfordern, dass der endgültige ORF mit einem Stoppcodon enden muss (Standard: Nein)
-seqfile [Dateinamen]
Legen Sie die Sequenzdatei fest, aus der die Sequenzen entnommen werden sollen (Standard: undefiniert)
-engl [Dateinamen]
Legen Sie den codierten Sequenzindexnamen fest, aus dem die Sequenzen entnommen werden sollen (Standard:
nicht definiert)
-seqfiles
Legen Sie die Sequenzdateien fest, aus denen die Funktionen extrahiert werden sollen -- die Liste beenden
von Sequenzdateien
-matchdesc [ja|nein]
durchsuchen Sie die Sequenzbeschreibungen aus den Eingabedateien nach den gewünschten Sequenz-IDs (in
GFF3), meldet das erste Spiel (Standard: nein)
-matchdescstart [ja|nein]
exakt mit den Sequenzbeschreibungen aus den Eingabedateien für die gewünschte Sequenz übereinstimmen
IDs (in GFF3) vom Anfang bis zum ersten Leerzeichen (Standard: nein)
-verwendetesc [ja|nein]
Verwenden Sie Sequenzbeschreibungen, um die Sequenz-IDs (in GFF3) der tatsächlichen Sequenz zuzuordnen
Einträge. Wenn eine Beschreibung einen Sequenzbereich enthält (z. B. III:1000001..2000000), wird die
erster Teil wird als Sequenz-ID verwendet (III) und die erste Bereichsposition als Offset
(1000001) (Standard: nein)
-Regionszuordnung [Schnur]
Datei mit Sequenzbereich auf Sequenzdateizuordnung setzen (Standard: undefiniert)
-v [ja|nein]
ausführlich sein (Standard: nein)
-o [Dateinamen]
Ausgabe an angegebene Datei umleiten (Standard: undefiniert)
-gzip [ja|nein]
gzip komprimierte Ausgabedatei schreiben (Standard: nein)
-bzip2 [ja|nein]
bzip2-komprimierte Ausgabedatei schreiben (Standard: nein)
-Macht [ja|nein]
Schreiben in Ausgabedatei erzwingen (Standard: nein)
-Hilfe
Hilfe anzeigen und beenden
-Ausführung
Versionsinformationen anzeigen und beenden
Dateiformat für Option -Regionszuordnung:
Die der Option -regionmapping übergebene Datei definiert ein „Mapping“. Ein Mapping bildet die
Sequenz-Region-Einträge im GFF3_Datei in eine Sequenzdatei, die die
entsprechende Reihenfolge. Mappings können in einer der folgenden beiden Formen definiert werden:
Zuordnung = {
chr1 = "hs_ref_chr1.fa.gz",
chr2 = "hs_ref_chr2.fa.gz"
}
or
Funktionszuordnung (sequence_region)
Rückgabe "hs_ref_"..sequence_region..".fa.gz"
Ende
Die erste Form definiert ein Lua (http://www.lua.org) Tabelle mit dem Namen „Mapping“, die jedes zuordnet
Sequenzbereich in die entsprechende Sequenzdatei. Die zweite definiert eine Lua-Funktion
„mapping“, das den Namen der Sequenzdatei zurückgeben muss, wenn es mit dem aufgerufen wird
Sequenz_Region als Argument.
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