Dies ist der Befehl gt-eval, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
gt-eval – Annotationsdateien vergleichen und Genauigkeitsmaße anzeigen (Vorhersage vs. Referenz).
ZUSAMMENFASSUNG
gt eval Referenzdatei Vorhersagedatei
BESCHREIBUNG
-nuk [ja|nein]
Nukleotidniveau auswerten (Speicherverbrauch ist proportional zur Größe der Eingabedatei)
(Standard: ja)
-ltr [ja|nein]
Bewerten Sie eine LTR-Retrotransposon-Vorhersage anstelle einer Genvorhersage (alle
Es wird davon ausgegangen, dass LTR_retrotransposon-Elemente einen unbestimmten Strang haben) (Standard:
Nein)
-ltrdelta [Wert]
Legen Sie das zulässige Delta fest, damit LTR-Grenzen als gleich angesehen werden (Standard: 20).
-v [ja|nein]
ausführlich sein (Standard: nein)
-o [Dateinamen]
Ausgabe an angegebene Datei umleiten (Standard: undefiniert)
-gzip [ja|nein]
gzip komprimierte Ausgabedatei schreiben (Standard: nein)
-bzip2 [ja|nein]
bzip2-komprimierte Ausgabedatei schreiben (Standard: nein)
-Macht [ja|nein]
Schreiben in Ausgabedatei erzwingen (Standard: nein)
-Hilfe
Hilfe anzeigen und beenden
-Ausführung
Versionsinformationen anzeigen und beenden
Das Programm zeigt Sensitivitäts- und Spezifitätswerte für bestimmte Merkmalstypen (z. B.
Gen, mRNA und Exon). Für einige Feature-Typen beträgt die Anzahl der fehlenden und falschen Features
dieser Typ wird auch angezeigt. Mit „fehlend“ ist dabei die Anzahl der Merkmale dieses Typs gemeint
die „Referenz“ ohne Überschneidung auf ein Merkmal dieser Art aus der „Vorhersage“. Vize
umgekehrt bezeichnet „falsch“ die Anzahl der Merkmale dieser Art aus der „Vorhersage“ ohne
Überlappung mit einem Merkmal dieses Typs aus der „Referenz“.
REPORTING Fehler
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