gt-gff3 - Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

gt-gff3 – GFF3-Dateien analysieren, ggf. transformieren und ausgeben.

ZUSAMMENFASSUNG

gt gff3 [Option ...] [GFF3_Datei ...]

BESCHREIBUNG

-Sortieren [ja|nein]
Sortieren Sie die GFF3-Funktionen (der Speicherverbrauch ist proportional zur Größe der Eingabedatei(en)).
(Standard: nein)

-sortlines [ja|nein]
Sortieren Sie die GFF3-Funktionen auf einer strengen Zeilenbasis (nicht sortiert wie von GenomeTools definiert).
(Standard: nein)

-sortnum [ja|nein]
Aktivieren Sie die natürliche numerische Sortierung für Sequenzbereiche (nicht sortiert wie definiert durch
GenomeTools) (Standard: nein)

-ordentlich [ja|nein]
Versuchen Sie, die GFF3-Dateien während des Parsens aufzuräumen (Standard: Nein)

-Retainiden [ja|nein]
Verwenden Sie, falls verfügbar, die Original-IDs, die in der Quelldatei angegeben sind (Speicherverbrauch
ist proportional zur Größe der Eingabedatei(en) (Standard: nein)

-checkids [ja|nein]
Stellen Sie sicher, dass die ID-Attribute innerhalb des Umfangs jeder GFF3-Datei eindeutig sind, wie erforderlich
gemäß GFF3-Spezifikation (Speicherverbrauch ist proportional zur Größe der Eingabedatei(en)).
Wenn Features mit demselben übergeordneten Attribut nicht durch ein # Linie der GFF3
Der Parser versucht, sie als mehrzeiliges Feature zu behandeln. Dies erfordert mindestens passende
Sequenz-IDs und Typen. (Standard: nein)

-addids [ja|nein]
fehlende "##sequence-region"-Zeilen automatisch hinzufügen (Standard: ja)

-fixregionboundaries [ja|nein]
automatisch anpassen "##sequence-region" Zeilen, um alle ihre Funktionen enthalten (Speicher
Der Verbrauch ist proportional zur Größe der Eingabedatei(en) (Standard: nein)

-Addintrons [ja|nein]
Intron-Funktionen zwischen vorhandenen Exon-Funktionen hinzufügen (Standard: nein)

-Versatz [Wert]
Transformieren Sie alle Features mit dem angegebenen Offset

-offsetfile [Dateinamen]
Transformiere alle Features mit den in der Datei angegebenen Offsets (Standard: undefiniert)

-setsource [Schnur]
Stellen Sie den Quelle Wert (2. Spalte) jedes Features (Standard: undefiniert)

-Typenprüfung [Schnur]
Verwenden Sie eine in einer OBO-Datei angegebene Ontologie, um die Eltern-Kind-Beziehungen zu überprüfen. Wenn nein
Argument angegeben, wird die Datei sofa.obo aus dem Verzeichnis gtdata/obo_files verwendet. Wenn
Wird ein Argument angegeben, wird es als OBO-Dateiname verwendet. Falls eine solche Datei dies tut
nicht existieren .obo wird dem Argument hinzugefügt und lädt den resultierenden Dateinamen aus dem
Es wird versucht, das Verzeichnis gtdata/obo_files zu öffnen. (Standard: undefiniert)

-xrfcheck [Schnur]
Überprüfen Sie die Attribute Dbxref und Ontology_term auf korrekte Syntax gemäß a
Abkürzungsdefinitionsdatei. Wenn kein Argument angegeben wird, wird die Datei GO.xrf_abbs aus dem
Das Verzeichnis gtdata/xrf_abbr wird verwendet. Wenn ein Argument angegeben wird, wird es als Spezifikum verwendet
Dateiname für eine Abkürzungsdatei. Falls eine solche Datei nicht existiert,
.xrf_abbr wird dem Argument hinzugefügt und lädt den resultierenden Dateinamen aus dem
Es wird versucht, das Verzeichnis gtdata/xrf_abbr zu öffnen. (Standard: undefiniert)

-Show [ja|nein]
GFF3-Ausgabe anzeigen (Standard: ja)

-v [ja|nein]
ausführlich sein (Standard: nein)

-Breite [Wert]
Ausgabebreite für FASTA-Sequenzdruck festlegen (0 deaktiviert die Formatierung) (Standard: 0)

-o [Dateinamen]
Ausgabe an angegebene Datei umleiten (Standard: undefiniert)

-gzip [ja|nein]
gzip komprimierte Ausgabedatei schreiben (Standard: nein)

-bzip2 [ja|nein]
bzip2-komprimierte Ausgabedatei schreiben (Standard: nein)

-Macht [ja|nein]
Schreiben in Ausgabedatei erzwingen (Standard: nein)

-Hilfe
Hilfe anzeigen und beenden

-Ausführung
Versionsinformationen anzeigen und beenden

Dateiformat für Option -offsetfile:

Die Datei, die Sie mit der Option -offsetfile definiert eine Mapping-Tabelle namens „Offsets“. Sie bildet
die Sequenz-Region-Einträge in der GFF3_Datei zu Offsets. Es kann definiert werden als
folgt:

Offsets = {
chr1 = 1000,
chr2 = 500
}

Wenn dieses Beispiel verwendet wird, werden alle Features mit der Sequenz-ID „chr1“ um 1000 versetzt und alle
Funktionen mit der Sequenz-ID „chr2“ von 500.

If -offsetfile verwendet wird, Offsets für alle Sequenzbereiche, die in den angegebenen GFF3-Dateien enthalten sind
muss definiert werden.

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