Dies ist der Befehl gt-gff3validator, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
gt-gff3validator – Validiert bestimmte GFF3-Dateien strikt.
ZUSAMMENFASSUNG
gt gff3validator [Option ...] [GFF3_Datei ...]
BESCHREIBUNG
-Typenprüfung [Schnur]
Verwenden Sie eine in einer OBO-Datei angegebene Ontologie, um die Eltern-Kind-Beziehungen zu überprüfen. Wenn nein
Argument angegeben, wird die Datei sofa.obo aus dem Verzeichnis gtdata/obo_files verwendet. Wenn
Wird ein Argument angegeben, wird es als OBO-Dateiname verwendet. Falls eine solche Datei dies tut
nicht existieren .obo wird dem Argument hinzugefügt und lädt den resultierenden Dateinamen aus dem
Es wird versucht, das Verzeichnis gtdata/obo_files zu öffnen. (Standard: undefiniert)
-xrfcheck [Schnur]
Überprüfen Sie die Attribute Dbxref und Ontology_term auf korrekte Syntax gemäß a
Abkürzungsdefinitionsdatei. Wenn kein Argument angegeben wird, wird die Datei GO.xrf_abbs aus dem
Das Verzeichnis gtdata/xrf_abbr wird verwendet. Wenn ein Argument angegeben wird, wird es als Spezifikum verwendet
Dateiname für eine Abkürzungsdatei. Falls eine solche Datei nicht existiert,
.xrf_abbr wird dem Argument hinzugefügt und lädt den resultierenden Dateinamen aus dem
Es wird versucht, das Verzeichnis gtdata/xrf_abbr zu öffnen. (Standard: undefiniert)
-Hilfe
Hilfe anzeigen und beenden
-Ausführung
Versionsinformationen anzeigen und beenden
REPORTING Fehler
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