gt-readjoiner-prefilter - Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

gt-readjoiner-prefilter - Entfernt enthaltene und minderwertige Lesevorgänge und codiert Lesesatz in
GtEncseq-Format.

ZUSAMMENFASSUNG

gt Mitleser Vorfilter [Möglichkeit ...]

BESCHREIBUNG

-Lesesatz [Schnur]
spezifizieren Sie den Readset-Namen default: filename of first input sequence_file

-db
eine Liste von Eingabebibliotheken angeben (Fasta/FastQ); für Single-End-Bibliotheken verwenden Sie die
Dateiname (der nicht enthalten darf : Symbole); für Paired-End-Bibliotheken mit
liest verschachtelt (f,r,f,r,...) in einer einzelnen Datei Verwenden Sie die Notation
: [, ] (stdev kann weggelassen werden); für Paired-End mit Reads
in zwei Dateien (f, r) verwenden Sie die Notation : : [, ]

-v [ja|nein]
ausführlich sein (Standard: nein)

-q [ja|nein]
Standardausgabenachrichten unterdrücken (Standard: nein)

-von [ja|nein]
Speichern Sie Fasta-IDs (oder ganze Beschreibungen, wenn sie zusammen mit -clipdes no verwendet werden) Warnung:
erhöht den Speicherbedarf (Standard: nein)

-Clips [ja|nein]
Clip Fasta-Beschreibungen nach dem ersten Leerzeichen auf false setzen, wenn Sie ganze Beschreibungen benötigen
(Standard: ja)

-Members [ja|nein]
Speicher für Beschreibungen verwenden (Standard: temporären Festplattenspeicher verwenden)

-maxlow [Wert]
maximale Anzahl von Positionen mit niedriger Qualität in einem Lesestandard: unendlich

-niedrige Qualität [Wert]
maximale Qualität für eine Position, die als minderwertig eingestuft wird (Standard: 3)

-phred64 [ja|nein]
phred64-Scores für das FastQ-Format verwenden (Standard: nein)

-Hilfe
Hilfe für grundlegende Optionen anzeigen und beenden

-Hilfe+
Hilfe zu allen Optionen anzeigen und beenden

-Ausführung
Versionsinformationen anzeigen und beenden

REPORTING Fehler

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