Dies ist der Befehl gt-seed_extend, der im kostenlosen OnWorks-Hosting-Provider mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, Windows-Online-Emulator oder MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
gt-seed_extend - Berechnen Sie lokale Ausrichtungen mit dem Seed- und Extend-Algorithmus.
ZUSAMMENFASSUNG
gt Seed_extend [Option ...] encseq_basename [encseq_basename]
BESCHREIBUNG
-ii [Schnur]
Eingabeindex für encseq-codierte Sequenzen
-qii [Schnur]
Eingabeindex abfragen (encseq)
-Samenlänge [Wert]
Mindestlänge einer Seed-Vorgabe: Logarithmus der Eingabelänge zur Basisalphabetgröße
-Diagnosebandbreite [Wert]
Logarithmus der diagonalen Bandbreite (für Filter) (Standard: 6)
-Mindeutigkeit [Wert]
Mindestabdeckung in zwei benachbarten Diagonalbändern (für Filter) Standard: 2.5 x
Samenlänge
-maxfreq [Wert]
Maximale Häufigkeit eines k-mer (für Filter) (Standard: undefiniert)
-Speicherlimit [Schnur]
Maximale Speichernutzung zur Bestimmung der maximalen Häufigkeit eines k-mers (für Filter)
(Standard: undefiniert)
-extendxdrop [Wert]
Erweitern Sie den Seed mit dem xdrop-Algorithmus auf beide Seiten, /noptionaler Parameter gibt an
Empfindlichkeit (Standard: 97)
-xdropbelow [Wert]
xdrop-Cutoff-Score angeben (0 bedeutet automatisch definiert, je nach Minidentity)
-extendgierig [Wert]
Erweitern Sie den Seed mit dem gierigen Algorithmus auf beide Seiten, optionaler Parameter gibt an
Empfindlichkeit (Standard: 97)
-l [Wert]
Mindestausrichtungslänge (für Saatverlängerung) (Standard: undefiniert)
-Minidentität [Wert]
Mindestidentität von Übereinstimmungen (für Seed-Erweiterung) (Standard: 80)
-a [Wert]
zeige Ausrichtungen/Sequenzen (optionales Argument ist die Anzahl der Spalten pro Zeile) (Standard:
70)
-kein-umgekehrt [ja|nein]
berechne keine Übereinstimmungen auf umgekehrt komplementierten Strängen (Standard: nein)
-kein-vorwärts [ja|nein]
keine Übereinstimmungen auf dem Vorwärtsstrang berechnen (Standard: nein)
-v [ja|nein]
ausführlich sein (Standard: nein)
-Hilfe
Hilfe anzeigen und beenden
-Ausführung
Versionsinformationen anzeigen und beenden
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