Dies ist der Befehl gt-shredder, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
gt-shredder – Zerkleinert Sequenzdatei(en) in aufeinanderfolgende Stücke zufälliger Länge.
ZUSAMMENFASSUNG
gt Schredder [Option ...] [sequence_file ...]
BESCHREIBUNG
-Abdeckung [Wert]
Legen Sie fest, wie oft die Sequenzdatei geschreddert wird (Standard: 1).
-minimale Länge [Wert]
Legen Sie die Mindestlänge der geschredderten Fragmente fest (Standard: 300)
-maximale Länge [Wert]
Legen Sie die maximale Länge der geschredderten Fragmente fest (Standard: 700)
-Überlappung [Wert]
Legen Sie die Überlappung zwischen aufeinanderfolgenden Teilen fest (Standard: 0).
-beispiel [Wert]
Nehmen Sie Stichproben der generierten Sequenzteile mit der angegebenen Wahrscheinlichkeit (Standard:
1.000000)
-clipdesc [ja|nein]
Clipbeschreibungen nach dem ersten Leerzeichen (getäuscht von \t, \n usw.) fügt Offset und Länge hinzu
Stellen Sie eine eindeutige Kennung sicher (Standard: Nein)
-Breite [Wert]
Ausgabebreite für FASTA-Sequenzdruck festlegen (0 deaktiviert die Formatierung) (Standard: 0)
-o [Dateinamen]
Ausgabe an angegebene Datei umleiten (Standard: undefiniert)
-gzip [ja|nein]
gzip komprimierte Ausgabedatei schreiben (Standard: nein)
-bzip2 [ja|nein]
bzip2-komprimierte Ausgabedatei schreiben (Standard: nein)
-Macht [ja|nein]
Schreiben in Ausgabedatei erzwingen (Standard: nein)
-Hilfe
Hilfe anzeigen und beenden
-Ausführung
Versionsinformationen anzeigen und beenden
Jede Sequenz ist angegeben sequence_file wird in aufeinanderfolgende zufällige Stücke geschreddert
Länge (zwischen -minimale Länge und -maximale Länge), bis es verbraucht ist. Damit ist das Letzte gemeint
Das geschredderte Fragment einer bestimmten Sequenz kann kürzer sein als das Argument der Option
-minimale Länge. Um solche Fragmente zu entfernen, verwenden Sie gt seqfilter (siehe Beispiel unten).
BEISPIELE
Zerkleinern Sie einen bestimmten BAC:
$ gt shredder U89959_genomic.fas > fragments.fas
Zerkleinern Sie eine EST-Sammlung in Stücke zwischen 50 und 100 bp und entfernen Sie alles (terminale)
Fragmente kürzer als 50 bp:
$ gt Aktenvernichter -minlength 50 -maxlength 100 U89959_ests.fas \
| gt seqfilter -minlength 50 -> fragments.fas
# 130 von 1260 Sequenzen wurden entfernt (10.317 %)
Zerkleinern Sie eine EST-Sammlung und zeigen Sie nur zufällige 10 % der resultierenden Fragmente an:
$ gt shredder -sample 0.1 U89959_ests.fas
REPORTING Fehler
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