gtf2gff3p – Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

gtf2gff3 – Konvertiert GTF-formatierte Dateien in gültige GFF3-Dateien

VERSION

Dieses Dokument beschreibt Version 0.1

ZUSAMMENFASSUNG

gtf2gff3 --cfg gtf2gff3_MY_CONFIG.cfg gtf_file > gff3_file

BESCHREIBUNG

Dieses Skript konvertiert GTF-formatierte Dateien in gültige GFF3-formatierte Dateien. Es wird eine Karte erstellt
Der Wert in Spalte 3 (Spalte „Typ“) ist gültig, da es sich jedoch um viele nicht standardmäßige Begriffe handelt
in dieser Spalte in GTF-Dateien erscheinen kann, können Sie die Konfigurationsdatei bearbeiten, um Ihre eigene bereitzustellen
GTF-Funktion zur SO-Zuordnung. Das Skript erstellt auch Genmodelle aus Exons, CDSs und
andere in der GTF-Datei angegebene Funktionen. Es wird derzeit auf Ensemble und Twinscan getestet
GTF, und es sollte mit allen anderen Dateien funktionieren, die derselben Spezifikation folgen. Es tut
funktioniert nicht mit GTF über den UCSC-Tabellenbrowser, da diese Dateien dieselbe ID für Gene verwenden
und Transkript, daher ist es unmöglich, mehrere Transkripte einem Gen zuzuordnen. Siehe die
Weitere Informationen finden Sie in der README-Datei, die dem Skript beiliegt.

OPTIONEN:

--cfg
Geben Sie den Dateinamen für eine Konfigurationsdatei an. Sehen Sie sich die mitgelieferte Konfigurationsdatei an
Skript für Formatdetails. Verwenden Sie diese Konfigurationsdatei, um das Verhalten von zu ändern
Skript. Wenn keine Konfigurationsdatei angegeben ist, wird nach ./gtf2gff3.cfg gesucht. ~/gtf2gff3.cfg or
/etc/gtf2gff3.cfg in dieser Reihenfolge.

--help
Geben Sie eine detaillierte Hilfemeldung im Manpage-Stil ein und beenden Sie den Vorgang.

DIAGNOSE

„FEHLER: Fehlende oder nicht standardmäßige Attribute: parse_attributes“
Eine Zeile in der GTF-Datei hatte keine Attribute oder ihre Attributspalte enthielt keine Attribute
unparsable.

„FEHLER: Nicht-Transkript-Genfunktion wird nicht unterstützt. Bitte wenden Sie sich für Unterstützung an den Autor:
build_gene"
Diese Warnung weist darauf hin, dass eine Zeile übersprungen wurde, weil sie ein Nicht-Transkript enthielt
Genmerkmal, und der Code ist derzeit nicht für die Verarbeitung dieser Art von Merkmal ausgestattet.
Das ist wahrscheinlich nicht allzu schwer hinzuzufügen, also kontaktieren Sie mich, wenn Sie diese Fehlermeldung erhalten und dies auch tun würden
Ich möchte, dass diese Funktionen unterstützt werden.

„FEHLER: Es müssen mindestens Exons oder CDSs vorhanden sein, um ein Transkript zu erstellen: build_trnsc“
Einige Features hatten eine transcript_id und dennoch waren keine Exons oder CDSs damit verbunden
diese transcript_id, sodass das Skript kein Transkript erstellen konnte.

„FEHLER: seq_id-Konflikt: validieren_and_finish_trnsc“
Es wurden zwei Features im selben Transkript gefunden, die nicht dieselbe seq_id hatten.

„FEHLER: Quellkonflikt: validieren_and_finish_trnsc“
Es wurden zwei Features im selben Transkript gefunden, die nicht dieselbe Quelle hatten.

„FEHLER: Typkonflikt: validieren_and_finish_trnsc“
Es wurden zwei Merkmale innerhalb desselben Transkripts gefunden, von denen erwartet wurde, dass sie dasselbe aufweisen
Typ und doch taten sie es nicht.

„FEHLER: Strangkonflikt: validieren_and_finish_trnsc“
Es wurden zwei Merkmale innerhalb desselben Transkripts gefunden, die nicht denselben Strang hatten.

„FEHLER: seq_id-Konflikt: validieren_and_build_gen“
Es wurden zwei Merkmale innerhalb desselben Gens gefunden, die nicht dieselbe seq_id hatten.

„FEHLER: Quellkonflikt: validieren_and_build_gene“
Es wurden zwei Merkmale innerhalb desselben Gens gefunden, die nicht dieselbe Quelle hatten.

„FEHLER: Strangkonflikt: validieren_and_build_gene“
Es wurden zwei Merkmale innerhalb desselben Gens gefunden, die nicht denselben Strang hatten.

„FEHLER: gene_id-Konflikt: validieren_und_build_gen“
Es wurden zwei Merkmale innerhalb desselben Gens gefunden, die nicht dieselbe gene_id hatten.

„FATAL: GTF-Datei: Dateiname kann nicht zum Lesen geöffnet werden.“
Die GTF-Datei kann nicht zum Lesen geöffnet werden.

„FATAL: Benötigt Exons oder CDSs, um Transkripte zu erstellen: Process_start“
Ein start_codon-Feature wurde mit Anmerkungen versehen, es waren jedoch keine Exons oder CDSs zugeordnet
mit dieser transcript_id, also ist das Skript fehlgeschlagen.

„FATAL: Ungetesteter Code in Process_start. Wenden Sie sich für Unterstützung an den Autor.“
Das Skript ist so geschrieben, dass es auf der Grundlage des Vorhandenseins einer 5'-UTR auf ein Startcodon schließt, aber wir
Als wir den Code schrieben, gab es kein Beispiel-GTF dieses Typs, daher haben wir den Prozess stattdessen abgebrochen
als ungetesteten Code auszuführen. Kontaktieren Sie den Autor für Unterstützung.

„FATAL: Ungültiger Funktionssatz: Process_start“
Wir haben versucht, alle möglichen Wege in Betracht zu ziehen, um auf ein Startcodon oder auf ein Nicht-Codon zu schließen.
kodierendes Gen, und doch haben wir versagt. Ihre Kombination von Genmerkmalen ergibt kein Ergebnis
Sinn für uns. Dieser Fehler sollte nie auftreten, und wenn ja, würden wir ihn gerne sehen
die GTF-Datei, die sie generiert hat. Für Unterstützung wenden Sie sich bitte an den Autor.

„FATAL: Benötigt Exons oder CDSs, um Transkripte zu erstellen:process_stop“
Eine stop_codon-Funktion wurde mit Anmerkungen versehen, mit der jedoch keine Exons oder CDSs verknüpft waren
diese transcript_id, sodass das Skript fehlgeschlagen ist.

„FATAL: Ungetesteter Code in „process_stop“. Wenden Sie sich für Unterstützung an den Autor.“
Das Skript ist so geschrieben, dass es auf der Grundlage des Vorhandenseins einer 3'-UTR auf ein Stoppcodon schließt, aber wir
Als wir den Code schrieben, gab es kein Beispiel-GTF dieses Typs, daher haben wir den Prozess stattdessen abgebrochen
als ungetesteten Code auszuführen. Kontaktieren Sie den Autor für Unterstützung.

„FATAL: Ungültiger Funktionssatz: process_stop“
Wir haben versucht, alle möglichen Wege in Betracht zu ziehen, um auf ein Stoppcodon oder auf ein Nicht-Codon zu schließen.
kodierendes Gen, und doch haben wir versagt. Ihre Kombination von Genmerkmalen ergibt kein Ergebnis
Sinn für uns. Dieser Fehler sollte nie auftreten, und wenn ja, würden wir ihn gerne sehen
die GTF-Datei, die sie generiert hat. Für Unterstützung wenden Sie sich bitte an den Autor.

„FATAL: Ungültiger Funktionssatz: process_exon_CDS_UTR“
Wir haben versucht, alle möglichen Möglichkeiten zur Ableitung von Exons, CDSs und UTRs in Betracht zu ziehen, und doch haben wir es geschafft
fehlgeschlagen. Ihre Kombination von Genmerkmalen ergibt für uns keinen Sinn. Du wirklich
sollte jemals diesen Fehler erhalten, und wenn ja, würden wir die GTF-Datei wirklich gerne sehen
hat es generiert. Für Unterstützung wenden Sie sich bitte an den Autor.

„FATAL: Array-Referenz erforderlich: sort_features.“
Ein Benutzer sollte diesen Fehler nicht auslösen können. Es deutet mit an Sicherheit grenzender Wahrscheinlichkeit auf a hin
Softwarefehler. Bitte wenden Sie sich an den Autor.

„FATAL: Strang kann nicht bestimmt werden in: sort_feature_types.“
Dies kann darauf hindeuten, dass Ihre GTF-Datei den Strang für Features nicht angibt
erfordern es. Es kann auch auf einen Softwarefehler hinweisen. Bitte wenden Sie sich an den Autor.

„FATAL: Hash-Referenz erforderlich: sort_feature_types.“
Ein Benutzer sollte diesen Fehler nicht auslösen können. Es deutet mit an Sicherheit grenzender Wahrscheinlichkeit auf a hin
Softwarefehler. Bitte wenden Sie sich an den Autor.

„FATAL: Ungültiger Wert an Strang übergeben: Strang.“
Dies kann darauf hindeuten, dass Ihre GTF-Datei den Strang für Features nicht angibt
erfordern es. Erwägen Sie die Verwendung des Parameters DEFAULT_STRAND in der Konfigurationsdatei. Es kann
deuten auch auf einen Softwarefehler hin. Bitte wenden Sie sich an den Autor.

CONFIGURATION UND

Mit diesem Skript wird eine Konfigurationsdatei bereitgestellt. Das Skript wird danach suchen
Konfigurationsdatei in ./gtf2gff3.cfg, ~/gtf2gff3.cfg oder /etc/gtf2gff3.cfg in dieser Reihenfolge.
Wenn die Konfigurationsdatei an einem dieser Speicherorte nicht gefunden wird und keine bereitgestellt wird
Über das Flag --cfg wird versucht, einige vernünftige Standardeinstellungen auszuwählen, die Sie aber unbedingt angeben sollten
die Konfigurationsdatei. Sehen Sie sich die mitgelieferte Konfigurationsdatei selbst sowie die README-Datei an
Informationen zum Format und zu Einzelheiten der Konfigurationsdatei finden Sie im Lieferumfang dieses Pakets.

ABHÄNGIGKEITEN

Dieses Skript erfordert die folgenden Perl-Pakete, die bei CPAN verfügbar sind
(www.cpan.org).

Getopt::Long; verwenden Sie Config::Std;

INKOMPATIBILITÄTEN

Keine gemeldet

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