h5topng - Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

h5topng - PNG-Bilder aus 2D-Scheiben von HDF5-Dateien generieren

ZUSAMMENFASSUNG

h5topng [zur Auswahl]... [HDF5-DATEI] ...

BESCHREIBUNG

h5topng ist ein Dienstprogramm zum Generieren von Bildern im PNG-Format (Portable Network Graphics) aus
zweidimensionale Slices von Datensätzen in HDF5-Dateien. Es ist für schnelles und schmutziges
Visualisierung wissenschaftlicher Daten und deren Stapelverarbeitung über Shell-Skripte.

HDF5 ist ein kostenloses, tragbares Binärformat und eine unterstützende Bibliothek, die von der National . entwickelt wurde
Center for Supercomputing Applications an der University of Illinois in Urbana-Champaign.
Ein einzelner h5 Datei kann mehrere Datensätze enthalten; standardmäßig, h5topng nimmt den ersten
Datensatz, dieser kann jedoch über die . geändert werden -d Option oder mithilfe der Syntax
HDF5DATEI:DATENSATZ.

Für einen dreidimensionalen oder vierdimensionalen Datensatz müssen Sie Koordinaten in einer oder zwei Schichten angeben
Dimensionen, um eine zweidimensionale Scheibe zu erhalten, über die -xyzt Optionen. Noch mehr
Optionen steuern Dinge wie die Farbkarte und die Vergrößerung. Dennoch die grundlegendste Verwendung
ist so etwas wie ´h5topng foo.h5´, was eine Datei foo.png mit einem Bild ausgibt
aus den zweidimensionalen Daten in foo.h5.

OPTIONAL

-h Hilfe zu den Befehlszeilenoptionen und der Verwendung anzeigen.

-V Drucken Sie die Versionsnummer und Copyright-Informationen für h5topng.

-v Ausführliche Ausgabe. Diese Ausgabe enthält die minimalen und maximalen Werte, die in gefunden wurden
die Daten, die für die -mm Optionen.

-o Datei
PNG-Ausgabe senden an Datei anstelle des Dateinamens mit .h5 ersetzt durch .png
(der Standard).

-x ix, -y iy, -z iz, -t it
Das sagt h5topng um einen bestimmten Abschnitt eines mehrdimensionalen Datensatzes zu verwenden. z.B
-x bewirkt die Verwendung einer yz-Ebene (eines 3D-Datensatzes) bei einem x-Index von ix (bei dem die
Indizes laufen von null bis eins weniger als der maximale Index in dieser Richtung). Hier,
x/y/z entsprechen der ersten/zweiten/dritten Dimension des HDF5-Datensatzes. Die -t
Option gibt ein Slice in der letzten Dimension an, was auch immer das sein mag. Siehe auch
-0 Option zum Verschieben des Ursprungs der x/y/z-Schichtkoordinaten zum Datensatz
Zentrum.

Anstatt einen einzelnen Index als Argument für diese Optionen anzugeben, können Sie auch
Geben Sie einen Bereich von Indizes in einer Matlab-ähnlichen Notation an: Anfang:Step:Ende or Anfang:Ende
(Step standardmäßig auf 1). Diese Schleife über diesen Slice-Index, von Anfang zu Ende in Schritten
of Step, eine Sequenz von Ausgabe-PNG-Dateien (mit angehängtem Slice-Index)
den Dateinamen vor ".png").

-0 Verschieben Sie den Ursprung der x/y/z-Schichtkoordinaten zum Datensatzzentrum, sodass zB
-0 -x 0 (oder kompakter -0x0) gibt stattdessen die zentrale x-Ebene des Datensatzes zurück
der Kante x-Ebene. (-t Koordinaten sind nicht betroffen.)

-X Waage, -Y skaliert, -S Treppe
Skalieren Sie die x- und y-Abmessungen des Bildes um Waage und skaliert beziehungsweise. Das
-S Option skaliert sowohl x als auch y. Standardmäßig werden Skalierungsfaktoren von 1.0 verwendet; dh
das Bild hat die gleichen Abmessungen (in Pixel) wie die Daten. Lineare Interpolation ist
Wird verwendet, um die Pixel auszufüllen, wenn die Skalierungsfaktoren nicht 1.0 sind.

-s Schrägstellung
Verzerren Sie das Bild um Schrägstellung (in Grad) nach links oder rechts. Das Ergebnis ist ein
Parallelogramm, wobei der verbleibende Platz im (quadratischen) Bild entweder mit
schwarze oder weiße Pixel, je nach Farbkarte.

-T Transponieren Sie die Daten (vertauschen Sie die Bildachsen). Standardmäßig ist das erste (x)
Koordinate der Daten entspricht den Spalten, und die zweite (y) Koordinate
entspricht den Reihen; Die Umsetzung kehrt diese Konvention um.

-c Farbkarte
Verwenden Sie eine Farbkarte Farbkarte eher als die Standardeinstellung grau Farbkarte (eine Graustufenrampe
von weiß nach schwarz). Farbkarte ist normalerweise der Name einer der Farbkarten
ausgestattet mit h5topng (im Verzeichnis /usr/share/h5utils/colormaps) oder kann
stattdessen der Name einer Colormap-Datei sein.

Drei nützliche mitgelieferte Farbkarten sind heiß (schwarz-rot-gelb-weiß, nützlich für
Intensitätsdaten), Blau Rot (blau-weiß-rot, nützlich für signierte Daten) und hsv (a
mehrfarbiger "Regenbogen"). Wenn Sie das verwenden Blau Rot Farbkarte für signierte Daten, können Sie
möchte die auch nutzen -Z Option, damit die Mitte der Farbskala (weiß)
entspricht null.

Eine Colormap-Datei ist eine Folge von durch Leerzeichen getrennten RGBA-Quadrupeln, wobei
jeder Wert liegt im Bereich von 0.0 bis 1.0 und gibt den Bruchteil von an
rot/grün/blau/alpha. (Ein Alpha von 0 ist transparent und von 1 ist undurchsichtig; das ist
nur verwendet für die -a Option, unten.) Die Farben in der Farbkarte sind linear
nach Bedarf interpoliert, um einen kontinuierlichen Farbverlauf zu erhalten.

-r Kehren Sie die Reihenfolge der Farbkarte um. Sie können dies auch erreichen, indem Sie a
"-" vor dem Colormap-Namen im -c or -a .

-Z Zentrieren Sie die Farbskala auf dem Wert Null in den Daten.

-m Min., -M max
Normalerweise entsprechen der untere und obere Bereich der Farbkarte dem Minimum und Maximum
Werte in den Daten. Mit diesen Optionen können Sie den unteren und oberen Rand des
Farbkarte entspricht Min. und max stattdessen. Datenwerte unterhalb oder oberhalb dieses Bereichs
werden behandelt, als ob sie es wären Min. or max bzw. Siehe auch die -Z und -R
Optionen.

-R Wenn mehrere Dateien angegeben sind, legen Sie den unteren und oberen Rand der Farbkarten fest
nach Minimum und Maximum über alle Daten. Dies ist nützlich zu verarbeiten
viele Dateien mit einer einheitlichen Farbskala, da sonst die Skala für
jede Datei einzeln.

-C Datei, -b Welle
Überlagern Sie Konturlinien aus dem ersten Datensatz im Datei HDF5-Datei auf allen
die Ausgabebilder. (Wenn der Konturdatensatz nicht die gleichen Abmessungen hat wie
die Ausgabedaten, sie werden periodisch über die Ausgabe "gekachelt".) Sie können die
Syntax Datei:Datensatz um einen bestimmten Datensatz in der Datei anzugeben. Die Kontur
Umrisse haben einen Wert von Welle (standardmäßig Mitte des Wertebereichs in Datei).

-A Datei, -a Farbkarte:Opazität
Überlagern Sie die Daten aus dem ersten Datensatz durchscheinend im Datei HDF5-Datei, die
sollte auf allen Ausgabebildern die gleichen Abmessungen wie das Eingabe-Dataset haben.
mit der Farbkarte Farbkarte mit Deckkraft (von 0 für komplett transparent bis 1
für völlig blickdicht) Opazität multipliziert mit den Opazitätswerten (Alpha) im
Farbkarte. (Wenn das Overlay-Dataset nicht die gleichen Abmessungen wie die Ausgabe hat
Daten, es wird periodisch über die Ausgabe "gekachelt".) Sie können die Syntax verwenden
Datei:Datensatz um einen bestimmten Datensatz in der Datei anzugeben.

Einige vordefinierte Colormaps, die für diese Funktion besonders gut funktionieren, sind gelben
(transparent weiß bis opak gelb) grau (transparent weiß bis opak schwarz), yarg
(transparent schwarz bis opak weiß), grünen (transparent weiß bis opak grün) und
Blau Rot (undurchsichtiges Blau über transparentes Weiß bis undurchsichtiges Rot). Sie können "-" voranstellen
den Colormap-Namen, um die Colormap-Reihenfolge umzukehren. (Siehe auch -c, über
Standard für -a ist gelb: 0.3 (gelbe Farbkarte multipliziert mit 30 % Deckkraft).

-d Name
Datensatz verwenden Name aus den Eingabedateien; andernfalls der erste Datensatz aus jeder Datei
wird genutzt. Verwenden Sie alternativ die Syntax HDF5DATEI:DATENSATZ, was dir erlaubt
Geben Sie für jede Datei einen anderen Datensatz an. Du kannst den ... benutzen h5ls Befehl (enthalten
mit hdf5), um die Namen von Datensätzen in einer Datei zu finden.

-8 Verwenden Sie 8-Bit (indiziert) Farbe für die PNG-Ausgabe anstelle von 24-Bit (direkt) Farbe (die
Ursprünglich). (Dies verkleinert die Bildgröße leicht, mit einer gewissen Verschlechterung in
Qualität.) Wird nicht in Verbindung mit dem -A (transluzente Überlagerung) Option.

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