Dies ist der Befehl hhalign, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
hhalign – Richten Sie eine Abfrageausrichtung/HMM an einer Vorlagenausrichtung/HMM aus
ZUSAMMENFASSUNG
hhalign -i query [-t Vorlage] [Optionen]
BESCHREIBUNG
HHalign Version 2.0.16 (Januar 2013) Richten Sie eine Abfrageausrichtung/HMM an einer Vorlage aus
Ausrichtung/HMM durch HMM-HMM-Ausrichtung Wenn nur eine Ausrichtung/HMM angegeben ist, wird sie verglichen
selbst und die beste außerdiagonale Ausrichtung sowie alle weiteren nicht überlappenden Ausrichtungen
Werte oberhalb der Signifikanzschwelle werden angezeigt. Remmert M, Biegert A, Hauser A und Soding J.
HHblits: Blitzschnelle iterative Proteinsequenzsuche durch HMM-HMM-Ausrichtung. Nat.
Methoden 9:173-175 (2011). (C) Johannes Soeding, Michael Remmert, Andreas Biegert, Andreas
Hauser
-i
Ausrichtung der Eingabeabfrage (fasta/a2m/a3m) oder HMM-Datei (.hhm)
-t
Ausrichtung der Eingabevorlage (fasta/a2m/a3m) oder HMM-Datei (.hhm)
Ausgang Optionen:
-o
Ausgabeausrichtung in Datei schreiben
-ofas
Ausrichtungen in FASTA, A2M schreiben (-oa2m) oder A3M (-oa3m) Format
-Oa3m
Abfrageausrichtung im A3M-Format in Datei schreiben (Standard = keine)
-Aa3m
Abfrageausrichtung im A3M-Format an die Datei anhängen (Standard = keine)
-atab
Ausrichtung als Tabelle (mit Posterioren) in Datei schreiben (Standard = keine)
-Index Verwenden Sie die angegebene Ausrichtung, um den Viterbi-Score zu berechnen (Standard = keine).
-v
ausführlicher Modus: 0:keine Bildschirmausgabe 1:nur Warnungen 2: ausführlich
-seq [1,inf[ max. Anzahl der angezeigten Abfrage-/Vorlagensequenzen (def=1)
-nocons
Konsenssequenz in Alignments nicht anzeigen (Standard = anzeigen)
-nopred
Vorhergesagte 2. Struktur in Ausrichtungen nicht anzeigen (Standard = anzeigen)
-nodssp
DSSP-Zweitstruktur in Alignments nicht anzeigen (Standard = anzeigen)
-ssconf
Zeigen Sie Konfidenzen für die vorhergesagte Zweitstruktur in Ausrichtungen an
-aliw int
Anzahl der Spalten pro Zeile in der Ausrichtungsliste (def=80)
-P
für den Selbstvergleich: maximaler p-Wert der Alignments (def=0.001).
-p
Mindestwahrscheinlichkeit in Zusammenfassung und Ausrichtungsliste (def=0)
-E
maximaler E-Wert in Zusammenfassung und Ausrichtungsliste (def=1E+06)
-Z
maximale Anzahl von Zeilen in der zusammenfassenden Trefferliste (def=100)
-z
Mindestanzahl von Zeilen in der zusammenfassenden Trefferliste (def=1)
-B
Maximale Anzahl von Alignments in der Alignment-Liste (def=100)
-b
Mindestanzahl von Alignments in der Alignment-Liste (def=1)
-Rang int
Geben Sie den Ausrichtungsrang an, mit dem geschrieben werden soll -Oa3m or -Aa3m Option (Standard=1)
Filter Varianten des Eingangssignals: Ausrichtung (Optionen können. be kombiniert):
-id [0,100] maximale paarweise Sequenzidentität (%) (def=90)
-Diff [0,inf[ filtert den unterschiedlichsten Satz von Sequenzen und behält dabei mindestens diesen bei
viele Sequenzen in jedem Block von >50 Spalten (def=100)
-cov [0,100] Mindestabdeckung mit Abfrage (%) (def=0)
-qid [0,100] minimale Sequenzidentität mit Abfrage (%) (def=0)
-qsc [0,100] Mindestpunktzahl pro Spalte mit Abfrage (def=-20.0)
Eingang Ausrichtung Format:
-M a2m A2M/A3M verwenden (Standard): Großbuchstaben = Übereinstimmung; Kleinbuchstaben = Einfügen; '-' = Löschen; '.' =
Lücken auf Einlagen ausgerichtet (kann weggelassen werden)
-M zuerst
Verwenden Sie FASTA: Spalten mit Resten in der 1. Sequenz sind Übereinstimmungszustände
-M [0,100]
FASTA verwenden: Spalten mit weniger als X % Lücken sind Übereinstimmungsstatus
HMM-HMM Ausrichtung Optionen:
-globus/-loc
globaler oder lokaler Ausrichtungsmodus (def=local)
-untere
bis zu dieser Anzahl alternativer Ausrichtungen anzeigen (def=1)
-neu ausrichten
Angezeigte Treffer neu ausrichten mit max. Genauigkeitsalgorithmus (MAC).
-norealign
die angezeigten Treffer NICHT mit dem MAC-Algorithmus neu ausrichten (def=realign)
-makt [0,1[
hinterer Wahrscheinlichkeitsschwellenwert für die MAC-Ausrichtung (def=0.350) Ein Schwellenwert von
0.0 ergibt globale Ausrichtungen.
-sto
Verwenden Sie einen globalen stochastischen Abtastalgorithmus, um diese vielen Ausrichtungen abzutasten
-exkl Abfragepositionen aus der Ausrichtung ausschließen, z. B. „1-33,97-168“
-Verschiebung [-1,1] Score-Offset (def=-0.030)
-korr [0,1]
Gewichtung des Termes für Paarkorrelationen (def=0.10)
-ssm 0-4 0:keine SS-Wertung [Standard=2]
1:ss-Wertung nach der Ausrichtung 2:ss-Wertung während der Ausrichtung
-sw [0,1] Gewichtung des SS-Scores (def=0.11)
-def Standardoptionen aus ./.hhdefaults lesen oder /.hhdefault.
Beispiel: hhalign -i T0187.a3m -t d1hz4a_.hhm -png T0187pdb.png
Ausgang Optionen:
-o
Ausgabeausrichtung in Datei schreiben
-ofas
Ausrichtungen in FASTA, A2M schreiben (-oa2m) oder A3M (-oa3m) Format
-Oa3m
Abfrageausrichtung im A3M-Format in Datei schreiben (Standard = keine)
-Aa3m
Abfrageausrichtung im A3M-Format an die Datei anhängen (Standard = keine)
-atab
Ausrichtung als Tabelle (mit Posterioren) in Datei schreiben (Standard = keine)
-v
ausführlicher Modus: 0:keine Bildschirmausgabe 1:nur Warnungen 2: ausführlich
-seq [1,inf[ max. Anzahl der angezeigten Abfrage-/Vorlagensequenzen (def=1)
-nocons
Konsenssequenz in Alignments nicht anzeigen (Standard = anzeigen)
-nopred
Vorhergesagte 2. Struktur in Ausrichtungen nicht anzeigen (Standard = anzeigen)
-nodssp
DSSP-Zweitstruktur in Alignments nicht anzeigen (Standard = anzeigen)
-ssconf
Zeigen Sie Konfidenzen für die vorhergesagte Zweitstruktur in Ausrichtungen an
-aliw int
Anzahl der Spalten pro Zeile in der Ausrichtungsliste (def=80)
-P
für den Selbstvergleich: maximaler p-Wert der Alignments (def=0.001).
-p
Mindestwahrscheinlichkeit in Zusammenfassung und Ausrichtungsliste (def=0)
-E
maximaler E-Wert in Zusammenfassung und Ausrichtungsliste (def=1E+06)
-Z
maximale Anzahl von Zeilen in der zusammenfassenden Trefferliste (def=100)
-z
Mindestanzahl von Zeilen in der zusammenfassenden Trefferliste (def=1)
-B
Maximale Anzahl von Alignments in der Alignment-Liste (def=100)
-b
Mindestanzahl von Alignments in der Alignment-Liste (def=1)
-Rang int
Geben Sie den Ausrichtungsrang an, mit dem geschrieben werden soll -Oa3m or -Aa3m Option (Standard=1)
-tc
Schreiben Sie eine TCoffee-Bibliotheksdatei für den paarweisen Vergleich
-tct [0,100]
Mindest. Wahrscheinlichkeit von Restpaaren für TCoffee (def=5%)
Optionen zu Filter Varianten des Eingangssignals: Ausrichtung (Optionen können. be kombiniert):
-id [0,100] maximale paarweise Sequenzidentität (%) (def=90)
-Diff [0,inf[
Filtern Sie die unterschiedlichsten Sequenzen und behalten Sie jeweils mindestens so viele Sequenzen bei
Block mit >50 Spalten (def=100)
-cov [0,100] Mindestabdeckung mit Abfrage (%) (def=0)
-qid [0,100] minimale Sequenzidentität mit Abfrage (%) (def=0)
-qsc [0,100] Mindestpunktzahl pro Spalte mit Abfrage (def=-20.0)
HMM-Gebäude Optionen:
-M a2m A2M/A3M verwenden (Standard): Großbuchstaben = Übereinstimmung; Kleinbuchstaben = Einfügen; '-' = Löschen; '.' =
Lücken auf Einlagen ausgerichtet (kann weggelassen werden)
-M zuerst
Verwenden Sie FASTA: Spalten mit Resten in der 1. Sequenz sind Übereinstimmungszustände
-M [0,100]
FASTA verwenden: Spalten mit weniger als X % Lücken sind Übereinstimmungsstatus
-Stichworte Neutralisieren Sie NICHT His-, C-myc-, FLAG-Tags und Trypsin-Erkennungssequenzen
Hintergrundverteilung
Pseudoanzahl (Stück) Optionen:
-pcm 0-2 Positionsabhängigkeit der PC-Beimischung „Tau“ (PC-Modus, Standard = 2)
0: keine Pseudozählungen:
Tau = 0
1: konstant
tau = a
2: Diversitätsabhängig: tau = a/(1 + ((Neff[i]-1)/b)^c) (Neff[i]: Anzahl von
Effektive Sequenzen im lokalen MSA um Spalte i) 3: Pseudocounts mit konstanter Diversität
-PCA [0,1] Gesamt-Pseudozahl-Beimischung (def=1.0)
-Leiterplatte [1,inf[ Neff-Schwellenwert für -pcm 2 (Def=1.5)
-pcc [0,3] Exponentialexponent c für -pcm 2 (Def=1.0)
-pre_pca [0,1]
PREFILTER Pseudocount-Beimischung (def=0.8)
-pre_pcb [1,inf[ PREFILTER-Schwellenwert für Neff (def=1.8)
Kontextspezifisch Pseudozahlen:
-nocontxt
Substitutionsmatrix anstelle kontextspezifischer Pseudozählungen verwenden
-Kontext Kontextdatei zum Berechnen kontextspezifischer Pseudozahlen
(Standard=./data/context_data.lib)
-cslib
Spaltenstatusdatei für schnelle Datenbankvorfilterung (default=./data/cs219.lib)
Lücke kosten Optionen:
-Lücke [0,inf[
Übergangs-Pseudozähler-Beimischung (def=1.00)
-Lücke [0,inf[
Übergangs-Pseudozähler-Beimischung für offene Lücke (Standard = 0.15)
-klaffen [0,1.5]
Übergangs-Pseudozähler-Beimischung für Lücke erweitern (def=1.00)
-lücke ]0,inf]
Faktor zum Erhöhen/Reduzieren der Lückenöffnungsstrafe für Löschungen (def=0.60)
-lücke ]0,inf]
Faktor zum Erhöhen/Reduzieren der Lückenöffnungsstrafe für Einfügungen (def=0.60)
-lücke ]0,inf]
Faktor zum Erhöhen/Reduzieren der Lücke, Strafe für Löschungen verlängern (def=0.60)
-gapi ]0,inf]
Faktor zur Vergrößerung/Verkleinerung der Lücke, Strafe für Einfügungen verlängern (def=0.60)
-egq [0,inf[ Strafe (Bits) für Endlücken, die auf Abfragereste ausgerichtet sind (def=0.00)
-egt [0,inf[ Strafe (Bits) für Endlücken, die an Vorlagenresten ausgerichtet sind (def=0.00)
Ausrichtung Optionen:
-globus/-loc
globaler oder lokaler Ausrichtungsmodus (def=global)
-Mac Verwenden Sie die MAC-Ausrichtung (Maximum Accuracy) anstelle von Viterbi
-makt [0,1]
hinterer Wahrscheinlichkeitsschwellenwert für die MAC-Ausrichtung (def=0.350)
-sto
Verwenden Sie einen globalen stochastischen Abtastalgorithmus, um diese vielen Ausrichtungen abzutasten
-SC Aminosäure-Score (tja: Vorlage HMM in Spalte j) (def=1)
0 = log2 Sum(tja*qia/pa) (pa: aa Hintergrundfrequenzen)
1 = log2 Summe(tja*qia/pqa) (pqa = 1/2*(pa+ta) )
2 = log2 Sum(tja*qia/ta) (ta: av. aa freqs in der Vorlage)
3 = log2 Sum(tja*qia/qa) (qa: av. aa freqs in der Abfrage)
-korr [0,1]
Gewichtung des Termes für Paarkorrelationen (def=0.10)
-Verschiebung [-1,1]
Score-Offset (def=-0.030)
-r Wiederholte Identifizierung: Mehrfachtreffer werden nicht als unabhängig behandelt
-ssm 0-2 0:keine SS-Wertung [Standard=2]
1:ss-Wertung nach der Ausrichtung 2:ss-Wertung während der Ausrichtung
-sw [0,1] Gewichtung des SS-Scores im Vergleich zum Spaltenscore (def=0.11)
-sa [0,1] SS-Verwirrungsmatrix = (1-ssa)*I + ssa*psipred-Verwirrungsmatrix [def=1.00)
-Ruhe 0 - 3
empirische Score-Kalibrierung von 0:Abfrage 1:Vorlage 2:beide (def=aus)
Standardoptionen können in „./.hhdefaults“ oder „~/.hhdefaults'
Nutzen Sie hhalign online über die Dienste von onworks.net
