hhconsensus – Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

hhconsensus – berechnet die Konsenssequenz für eine A3M/FASTA-Eingabedatei

ZUSAMMENFASSUNG

hhconsensus -i [Optionen]

BESCHREIBUNG

HHconsensus Version 2.0.16 (Januar 2013) Berechnen Sie die Konsenssequenz für an
A3M/FASTA-Eingabedatei. (C) Johannes Soeding, Michael Remmert, Andreas Biegert, Andreas
Hauser Remmert M, Biegert A, Hauser A und Soding J. HHblits: Blitzschnelle Iteration
Proteinsequenzsuche mittels HMM-HMM-Alignment. Nat. Methoden 9:173-175 (2011).

-i
Abfrageausrichtung (A2M, A3M oder FASTA) oder Abfrage-HMM

Output Optionen:
-s
Konsensussequenz in FASTA anhängen (Standard= )

-o
Schreiben Sie die Ausrichtung mit der Konsenssequenz in A3M

-oa3m
gleich

-oa2m
Schreiben Sie die Ausrichtung mit der Konsenssequenz in A2M

-ofas
Schreiben Sie die Ausrichtung mit der Konsenssequenz in FASTA

-v
ausführlicher Modus: 0:keine Bildschirmausgabe 1:nur Warnungen 2: ausführlich

Filter Eingabe Ausrichtung (Optionen kann be kombiniert):
-id [0,100] maximale paarweise Sequenzidentität (%) (def=100)

-Diff [0,inf[ filtert den unterschiedlichsten Satz von Sequenzen und behält dabei mindestens diesen bei

viele Sequenzen in jedem Block von >50 Spalten (def=0)

-cov [0,100] Mindestabdeckung mit Abfrage (%) (def=0)

-qid [0,100] minimale Sequenzidentität mit Abfrage (%) (def=0)

-qsc [0,100] Mindestpunktzahl pro Spalte mit Abfrage (def=-20.0)

zufuhr Ausrichtung Format:
-M a2m A2M/A3M verwenden (Standard): Großbuchstaben = Übereinstimmung; Kleinbuchstaben = Einfügen; '-' = Löschen; '.' =
Lücken auf Einlagen ausgerichtet (kann weggelassen werden)

-M zuerst
Verwenden Sie FASTA: Spalten mit Resten in der 1. Sequenz sind Übereinstimmungszustände

-M [0,100]
FASTA verwenden: Spalten mit weniger als X % Lücken sind Übereinstimmungsstatus

Andere Optionen:
-adss Fügen Sie vorhergesagte Sekundärstrukturinformationen von PSIPRED hinzu

Beispiel: hhconsensus -i Standard -s stdout

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