Dies ist der Befehl hmm-assembler.pl, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
hmm-assembler.pl - SNAP-Modul hmm-assembler.pl
ZUSAMMENFASSUNG
hmm-assembler.pl [-OPTIONEN [-MEHR OPTIONEN]] [--] [PROGRAM_ARG1 ...]
OPTIONAL
Das Folgende Einzelzeichen Optionen sind akzeptiert:
Mit Argumenten: -i -e -A -D -M -S -C -I -N -a -3 -5 -Z -c
Boolescher Wert (ohne Argumente): -r -o -x -p -t -1
Optionen können zusammengeführt werden. -- stoppt die Verarbeitung von Optionen. Platz ist nicht erforderlich
zwischen Optionen und ihren Argumenten.
Zubehör:
-i [500]
-e [1000]
-A [0:30]
-D [0:9]
-M [0:15]
-S [0:9]
-C [4]
-I [4]
-N [4]
-3 [] 3'UTR-Modell einschließen, erforderlich -a
-a [] PolyA-Modell einschließen, erforderlich -3
-5 [] umfassen 5'UTR moel, erforderlich -p
-p Generisches Promotermodell einschließen, erforderlich -5
-r Fügen Sie ein generisches Wiederholungsmodell hinzu
-o Schließen Sie das umgekehrte ORF-Modell ein
-x Verwenden Sie ein Intronmodell mit expliziter Dauer
-t einschließlich C.elegans-Transspleißung, erforderlich -p, -5
-Z legt kladenspezifische Werte fest (Wurm, Fliege, Pflanze)
-1 Einzelgenmodell
-c
umfassen das GC-AG-Spleißspendermodell
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