Dies ist der Befehl hmm2align, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
hmm2align – Sequenzen an einem HMM-Profil ausrichten
ZUSAMMENFASSUNG
hmm2align [Optionen] hmm2file seqfile
BESCHREIBUNG
hmm2align liest eine HMM-Datei aus hmmdatei und eine Reihe von Sequenzen aus seqfile, richtet die
Sequenzen an das Profil-HMM und gibt ein Mehrfachsequenz-Alignment aus.
seqfile können in jedem von HMMER akzeptierten nicht ausgerichteten oder ausgerichteten Dateiformat vorliegen. Wenn es in einem ist
Mehrere Ausrichtungsformate (z. B. Stockholm, MSF, SELEX, ClustalW), die vorhandene Ausrichtung
wird ignoriert (d. h. die Sequenzen werden so gelesen, als ob sie nicht ausgerichtet wären – hmm2align wird ausgerichtet
sie so, wie es will).
OPTIONAL
-h Kurze Hilfe ausdrucken; enthält Versionsnummer und Zusammenfassung aller Optionen, einschließlich
Expertenoptionen.
-m Beziehen Sie in die Ausrichtung nur die Symbole ein, die auf übereinstimmende Zustände ausgerichtet sind. Nicht zeigen
Symbole, die den Einfügezuständen zugewiesen sind.
-o Ausrichtung in Datei speichern statt zur Standardausgabe.
-q ruhig; Unterdrückt alle Ausgaben außer der Ausrichtung selbst. Nützlich für Rohrleitungen oder
Umleitung der Ausgabe.
EXPERTISE OPTIONAL
--informatieren
Stellen Sie sicher, dass die Eingabe seqfile ist im Format ; Führen Sie das Babelfish-Format nicht aus
Autoerkennung. Dies erhöht die Zuverlässigkeit des Programms etwas, da die
Babelfish kann Fehler machen; besonders empfehlenswert für unbeaufsichtigte, hochintensive
Durchsatzläufe von HMMER. Zu den gültigen Formatzeichenfolgen gehören FASTA, GENBANK, EMBL, GCG,
PIR, STOCKHOLM, SELEX, MSF, CLUSTAL und PHYLIP. Siehe das Benutzerhandbuch für a
vollständige Liste.
--mapali
Liest eine Ausrichtung aus einer Datei und richtet es als einzelnes Objekt am HMM aus; z.B
die Ausrichtung in festgehalten wird. Dadurch können Sie Sequenzen an einem Modell ausrichten
mit hmm2align und betrachten Sie sie im Kontext eines bestehenden vertrauenswürdigen Multiples
Ausrichtung. Die Ausrichtung zur Ausrichtung wird durch eine im HMM gespeicherte „Karte“ definiert.
und ist daher schnell und stimmt garantiert mit der Art und Weise überein, wie das HMM konstruiert wurde
aus der Ausrichtung. Die Ausrichtung in der Datei muss genau der Ausrichtung entsprechen
aus dem das HMM gebaut wurde. Vergleich die --withali .
--eine Linie
Geben Sie die Ausrichtung mit einer Zeile pro Sequenz aus, anstatt sie zu verschachteln
Sequenzausrichtungsblöcke. Betrifft nur die Ausgabe im Stockholm-Format.
--outformat
Geben Sie die Ausrichtung im Format aus . Die Standardeinstellung ist das Stockholm-Format. Gültige Formate
Dazu gehören Stockholm, SELEX, MSF, Clustal, Phylip und A2M.
--withali
Liest eine Ausrichtung aus einer Datei und richtet es als einzelnes Objekt am HMM aus; z.B
die Ausrichtung in festgehalten wird. Dadurch können Sie Sequenzen an einem Modell ausrichten
mit hmm2align und betrachten Sie sie im Kontext eines bestehenden vertrauenswürdigen Multiples
Ausrichtung. Die Ausrichtung auf die Ausrichtung erfolgt mit einer Heuristik (nicht optimal)
dynamisches Programmierverfahren, das etwas langsam sein kann und nicht garantiert wird
vollständig mit der Art und Weise übereinstimmen, wie das HMM konstruiert wurde (obwohl es so sein sollte).
ganz in der Nähe). Es kann jedoch jede Ausrichtung verwendet werden, nicht nur die Ausrichtung, die die
HMM wurde aus gebaut. Vergleich die --mapali .
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