Dies ist der Befehl hmmalign, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
hmmalign - Sequenzen an einem Profil ausrichten HMM
ZUSAMMENFASSUNG
hmalign [Optionen]
BESCHREIBUNG
Führen Sie ein Mehrfachsequenz-Alignment aller Sequenzen in durch indem man sie ausrichtet
individuell an das Profil HMM an . Die neue Ausrichtung wird ausgegeben stdout in
Stockholmer Format.
Das sollte nur ein einziges Profil enthalten. Wenn es mehr enthält, nur das erste
Das Profil in der Datei wird verwendet.
Entweder or (aber nicht beides) kann „-“ (Bindestrich) sein, was bedeutet, dass dies gelesen wird
Eingabe von Standard statt einer Datei.
Die Sequenzen in werden im lokalen Unihit-Ausrichtungsmodus ausgerichtet. Deshalb sie
Es sollte bereits bekannt sein, dass es nur eine einzelne Domäne (oder ein Fragment davon) enthält. Der
Eine optimale Ausrichtung kann einige Reste als nicht homolog (N- und C-Zustände) zuweisen
In diesem Fall sind diese Reste immer noch in der resultierenden Ausrichtung enthalten, werden jedoch nach außen verschoben
Kanten. Informationen zum Entfernen dieser nicht ausgerichteten, nicht homologen Reste aus dem Ergebnis finden Sie unter --trimmen
.
OPTIONAL
-h Hilfe; Drucken Sie eine kurze Erinnerung an die Verwendung der Befehlszeile und alle verfügbaren Optionen.
-o Richten Sie die Ausgabeausrichtung auf eine Datei aus , anstatt zu stdout.
--mapali
Führen Sie die vorhandene Ausrichtung in der Datei zusammen in das Ergebnis, wo ist genau das
Dieselbe Ausrichtung, die zum Einbau des Modells verwendet wurde . Dies geschieht mit a
Zuordnung von Ausrichtungsspalten zu Konsensprofilpositionen, die im gespeichert ist
. Die Mehrfachausrichtung in wird in seiner exakt wiedergegeben
Konsensspalten (wie durch das Profil definiert), aber die angezeigte Ausrichtung in
Einfügungsspalten können geändert werden, da Einfügungen relativ zu einem Profil geändert werden
gelten vereinbarungsgemäß als nicht ausgerichtete Daten.
--trimmen Trimmen Sie nicht homologe Reste (in den optimalen Ausrichtungen den N- und C-Zuständen zugeordnet)
aus der resultierenden Mehrfachausrichtungsausgabe.
--amino
Geben Sie an, dass alle Sequenzen in sind Proteine. Standardmäßig ist der Alphabettyp
automatisch anhand der Rückstandszusammensetzung erkannt.
--DNA Geben Sie an, dass alle Sequenzen in sind DNAs.
--rna Geben Sie an, dass alle Sequenzen in sind RNAs.
--informatieren
Erklären Sie, dass die Eingabe ist im Format . Akzeptierte Sequenzdateiformate
Dazu gehören FASTA, EMBL, GenBank, DDBJ, UniProt, Stockholm und SELEX. Die Standardeinstellung ist „to“.
das Format der Datei automatisch erkennen.
--outformat
Geben Sie an, dass die ausgegebene Mehrfachausrichtung im Format vorliegt . Derzeit
Zu den akzeptierten Dateiformaten für mehrere Alignment-Sequenzen gehören nur Stockholm und SELEX.
Verwenden Sie hmmalign online über die Dienste von onworks.net
