HPCdaligner - Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

HPCdaligner - Generieren Sie ein Skript zum Ausführen daligner(1)

ZUSAMMENFASSUNG

HPCdaligner [-vbAI] [-kint(14)] [-wint(6)][-hint(35)] [-tint] [-Mint] [-edoppelt (.70)]
[-lint(1000)] [-sint(100)] [-Hint] [-mverfolgen sind ]+ [-dalint(4)] [-Gradint(25)] Pfad:db|dam
[zuerst:int[-zuletzt:int]]

BESCHREIBUNG

HPCdaligner schreibt ein UNIX-Shell-Skript in die Standardausgabe, die aus einer Sequenz besteht
von Befehlen, die effektiv ausgeführt werden daligner(1) auf alle Blockpaare einer geteilten Datenbank
und dann extern sortiert und zusammengeführt mit LAsort(1) und LZusammenführen(1) in eine Sammlung
von Alignment-Dateien mit Namen Pfad.#.las wobei # von 1 bis zur Anzahl der Blöcke reicht, die
Datenbank ist aufgeteilt in. Diese sortierten Dateien werden mit say . verkettet LAkat(1) würde enthalten
alle Ausrichtungen in sortierter Reihenfolge (von a-read, dann b-read usw.). Außerdem alle
Überschneidungen für einen gegebenen a-read werden garantiert nicht auf Dateien aufgeteilt, so dass man laufen kann
Artefaktanalysatoren oder Fehlerkorrektur für jede sortierte Datei parallel.

Die Datenbank muss zuvor geteilt worden sein durch DBsplit(1) und alle Parameter, außer
-v, -dal und -Grad, werden an die Anrufe an daligner(1). Die Voreinstellungen für
diese Parameter sind wie für daligner(1). Das -v Flag für den Verbose-Modus wird auch an . übergeben
alle anrufe an LAsort(1) und LZusammenführen(1). -dal und -Grad Optionen werden später beschrieben.

Für eine Datenbank, die in N Unterblöcke unterteilt ist, werden die Aufrufe an daligner(1) wird insgesamt produzieren
2TN^2 .las-Dateien unter der Annahme, dass daligner mit T-Threads ausgeführt wird. Diese werden dann sortiert und
in N^2 sortierte .las-Dateien zusammengeführt, eine für jedes Blockpaar. Diese werden dann zusammengeführt in
ceil(log_deg N) Phasen, in denen die Anzahl der Dateien geometrisch abnimmt in -Grad bis
es gibt 1 Datei pro Zeile der N x N Blockmatrix. Am Ende hat man also N sortiert .las
Dateien, die bei Verkettung eine einzelne große sortierte Überlappungsdatei ergeben würden.

Das -dal Option (Standard 4) gibt die gewünschte Anzahl von Blockvergleichen pro Aufruf an
daligner(1). Einige müssen enthalten von-1 Vergleiche und der erste von-2 Blockvergleiche
noch weniger, aber die HPCdaligner "planer" tut sein Bestes, um eine durchschnittliche Belastung von
dal Blockvergleiche pro Befehl. Die -Grad Option (Standard 25) gibt die maximale Anzahl an
von Dateien, die in einer einzigen zusammengeführt werden LZusammenführen(1) Befehl. Der Planer macht das Beste
sogar k-ärer Baum von Zusammenführungen, wobei die Anzahl der Ebenen ceil(log_deg N) ist.

Wenn die ganzen Zahlen zuerst und letzte fehlen, dann ist das erzeugte Skript für jeden Block in
die Datenbank. Wenn zuerst vorhanden ist, dann HPCdaligner erzeugt ein inkrementelles Skript, das
vergleicht Blöcke zuerst bis letzte (letzte = zuerst falls nicht vorhanden) gegeneinander und
alle vorherigen Blöcke 1 bis zuerst-1 und aktualisiert dann inkrementell die .las-Dateien für
Blöcke 1 bis zuerst-1 und erstellt die .las-Dateien für Blöcke zuerst bis letzte.

Jede UNIX-Befehlszeilenausgabe des HPCdaligner kann ein Batch-Job sein (wir verwenden die &&
Operator, um mehrere Befehle in einer Zeile zusammenzufassen, um dies zu erreichen). Abhängigkeiten zwischen
Jobs können einfach verwaltet werden, indem zuerst alle daligner(1) Jobs, dann alle
ersten Sortierjobs und dann alle Jobs in jeder Phase der externen Zusammenführungssortierung. Jeder
dieser Phasen ist durch eine informative Kommentarzeile für Ihr Skript getrennt
Bequemlichkeit.

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