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idba - Online in der Cloud

Führen Sie idba im kostenlosen OnWorks-Hosting-Anbieter über Ubuntu Online, Fedora Online, Windows-Online-Emulator oder MAC OS-Online-Emulator aus

Dies ist die Befehls-IDba, die im kostenlosen OnWorks-Hosting-Provider mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, Windows-Online-Emulator oder MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann

PROGRAMM:

NAME


idba_hybrid - Iterative de Bruijn Graph Assembler für hybride Sequenzierungsdaten

ZUSAMMENFASSUNG


idba_hybrid -r lesen.fa -o Ausgabeverzeichnis [--Hinweis Ref.fa]

BESCHREIBUNG


IDBA-Tran ist ein iterativer De Bruijn Graph De Novo-Short-Read-Assembler für das Transkriptom.
Es ist ein reiner De-novo-Assembler, der nur auf RNA-Sequenzierungs-Reads basiert. IDBA-Tran verwendet local
Assemblierung zum Rekonstruieren fehlender k-mere in niedrig exprimierten Transkripten und verwendet dann
progressiver Cutoff für Contigs, um den Graphen in Komponenten zu unterteilen. Jede Komponente
entspricht in den meisten Fällen einem Gen und enthält nicht viele Transkripte. Eine Heuristik
Ein auf Pair-End-Reads basierender Algorithmus wird dann verwendet, um die Isoformen zu finden.

OPTIONAL


-o, --aus arg (=aus)
Ausgabe Verzeichnis

-r, --lesen arg
Fasta-Lesedatei (<=128)

--read_level_2 arg
Paired-End liest Fasta für Gerüste der zweiten Ebene

--read_level_3 arg
Paired-End liest Fasta für Gerüste der dritten Ebene

--read_level_4 arg
Paired-End liest Fasta für Gerüste der vierten Ebene

--read_level_5 arg
Paired-End liest Fasta für Gerüste der fünften Ebene

-l, --long_read arg
fasta lange gelesene Datei (>128)

--Hinweis arg
Referenzgenom

--Nerz Argumente (=20)
minimaler k-Wert (<=124)

--maxk Argumente (=100)
maximaler k-Wert (<=124)

--Schritt Argumente (=20)
Inkrement von k-mer jeder Iteration

--inner_mink Argumente (=10)
innerer minimaler k-Wert

--inner_step Argumente (=5)
inneres Inkrement von k-mer

prefix Argumente (=3)
Präfixlänge, die verwendet wird, um die Unter-k-mer-Tabelle zu erstellen

--min_count Argumente (=2)
minimale Multiplizität zum Filtern von k-mer beim Erstellen des Graphen

--min_support Argumente (=1)
minimale Unterstützung in jeder Iteration

--num_threads Argumente (=0)
Anzahl der Themen

--seed_kmer Argumente (=30)
Seed-kmer-Größe für die Ausrichtung

--min_contig Argumente (=200)
Mindestgröße von Contig

--min_region Argumente (=500)
Mindestgröße der Region im Referenzgenom

--ähnlich Argumente (=0.95)
Ähnlichkeit für Ausrichtung

--max_mismatch Argumente (=3)
maximale Abweichung der Fehlerkorrektur

--min_pairs Argumente (=3)
Mindestanzahl an Paaren

--max_gap Argumente (=50)
maximale Referenzlücke

--no_local
keine lokale Montage verwenden

--no_coverage
nicht über die Abdeckung iterieren

--no_correct
korrigiere nicht

--pre_korrektur
Vorkorrektur vor der Montage durchführen

Verwenden Sie idba online mit den onworks.net-Diensten


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